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万見
- PDB-4yyp: Crystal structure of human PLK4-PB3 in complex with STIL-CC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yyp
タイトルCrystal structure of human PLK4-PB3 in complex with STIL-CC
要素
  • SCL-interrupting locus protein
  • Serine/threonine-protein kinase PLK4
キーワードTRANSFERASE / Polo-box / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


floor plate development / de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / trophoblast giant cell differentiation / embryonic axis specification / positive regulation of spindle assembly ...floor plate development / de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / trophoblast giant cell differentiation / embryonic axis specification / positive regulation of spindle assembly / notochord development / polo kinase / XY body / determination of left/right symmetry / protein localization to centrosome / neural tube development / smoothened signaling pathway / heart looping / centriole replication / cleavage furrow / centrosome duplication / cilium assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / forebrain development / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / regulation of mitotic spindle organization / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / neural tube closure / multicellular organism growth / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell cortex / in utero embryonic development / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SCL-interrupting locus protein / SCL-interrupting locus protein N-terminus / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 ...SCL-interrupting locus protein / SCL-interrupting locus protein N-terminus / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Cryptic Polo-Box 1 (CPB1) domain profile. / Cryptic Polo-Box 2 (CPB2) domain profile. / Plk4, C-terminal polo-box domain / Plk4, second cryptic polo-box domain / Plk4, first cryptic polo-box domain / Polo-like Kinase 4 Polo Box 1 / Polo-like Kinase 4 Polo Box 2 / POLO box domain / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PLK4 / SCL-interrupting locus protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Imseng, S. / Arquint, C. / Gabryjonczyk, A. / Boehm, R. / Sauer, E. / Hiller, S. / Nigg, E.A. / Maier, T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: STIL binding to Polo-box 3 of PLK4 regulates centriole duplication.
著者: Arquint, C. / Gabryjonczyk, A.M. / Imseng, S. / Bohm, R. / Sauer, E. / Hiller, S. / Nigg, E.A. / Maier, T.
履歴
登録2015年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK4
B: SCL-interrupting locus protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4553
ポリマ－13,4192
非ポリマー351
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.570, 136.330, 33.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase 18 / Serine/threonine-protein kinase Sak


分子量: 9572.777 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 884-970 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK4, SAK, STK18 / プラスミド: pETG-30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00444, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド SCL-interrupting locus protein / TAL-1-interrupting locus protein


分子量: 3846.417 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 720-751 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15468
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 % / 解説: Thin, plate-like crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Thin needles grew in precipitant solution containing 100 mM Hepes, pH 7.0, 20 mM MgCl2 and 22% Poly(acrylic acid sodium salt) 5100. After extensive optimization and seeding plate-like ...詳細: Thin needles grew in precipitant solution containing 100 mM Hepes, pH 7.0, 20 mM MgCl2 and 22% Poly(acrylic acid sodium salt) 5100. After extensive optimization and seeding plate-like crystals were grown in a drop consisting of 50% PLK4-PB3/STIL-CC complex solution, 33.3% precipitant solution (100 mM phosphate/citrate pH 4.2, 40% (v/v) Ethanol, 5% (w/v) PEG 1000) and 16.7% of seed stock solution.
PH範囲: 4.2 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→68.1 Å / Num. obs: 6428 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 89.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 2.37 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P34

3p34


解像度: 2.6→20.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8788 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.354 / SU Rfree Blow DPI: 0.255
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 631 9.85 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.2208 6409 99.72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.6337 Å20 Å20 Å2
2---56.763 Å20 Å2
3---29.1294 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.504 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→20.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 0 1 15 1845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011848HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.153304HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d413SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes29HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes265HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1848HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion125SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2037SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.91 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 190 10.71 %
Rwork0.2969 1584 -
all0.3055 1774 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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