PDB-4ywj: Crystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ywj

タイトル

Crystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase (HTPA reductase) from Pseudomonas aeruginosa

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase (HTPA reductase) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ywj.cif.gz	225.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ywj.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ywj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ywj_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ywj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4ywj_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	4ywj_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/4ywj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/4ywj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1arzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6smy-d 1dih-1 1drw-1 4ae0-1 5i82-1 6wxx-2 3qy9-d 5mzu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PsaeA.00820.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.010, 101.500, 144.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-550- HOH
2	1	A-585- HOH
3	1	B-538- HOH
4	1	B-565- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase 分子量: 29392.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: dapB, PA4759 / プラスミド: PsaeA.00820.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P38103, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

#1: タンパク質

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase

分子量: 29392.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: dapB, PA4759 / プラスミド: PsaeA.00820.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P38103, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase

-
非ポリマー , 5種, 363分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus D9: 20mM of each: 1,6-Hexanediol; 1-Butanol, 1,2-Propanediol (racemic); 2-Propanol; 1,4-Butanediol; 1,3-Propanediol; 100mM Tris Base / Bicine pH 8.5, 30% each PEG 550MME, PEG 20000; ...詳細: Morpheus D9: 20mM of each: 1,6-Hexanediol; 1-Butanol, 1,2-Propanediol (racemic); 2-Propanol; 1,4-Butanediol; 1,3-Propanediol; 100mM Tris Base / Bicine pH 8.5, 30% each PEG 550MME, PEG 20000; PsaeA.00820.a.B1.PW37541 at 22.65 mg/ml; cryo: direct; tray 259740d90, puck hxm4-4

結晶

マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus D9: 20mM of each: 1,6-Hexanediol; 1-Butanol, 1,2-Propanediol (racemic); 2-Propanol; 1,4-Butanediol; 1,3-Propanediol; 100mM Tris Base / Bicine pH 8.5, 30% each PEG 550MME, PEG 20000; ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 63326 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 24.1 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 18.11 / Num. measured all: 316725

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	5.2	0.837	0.517	2.9	24010	4656	4654	0.578	100
1.85-1.9		0.914	0.419	3.55	23598	4569	4562	0.468	99.8
1.9-1.95		0.949	0.298	5.04	22630	4408	4401	0.333	99.8
1.95-2.01		0.972	0.226	6.55	21785	4284	4278	0.252	99.9
2.01-2.08		0.975	0.189	7.92	21287	4189	4182	0.21	99.8
2.08-2.15		0.982	0.158	9.3	20353	4044	4040	0.176	99.9
2.15-2.23		0.988	0.123	11.64	19435	3885	3879	0.137	99.8
2.23-2.32		0.991	0.101	13.95	18666	3771	3755	0.113	99.6
2.32-2.43		0.993	0.088	15.93	17719	3584	3572	0.098	99.7
2.43-2.55		0.996	0.072	18.77	16764	3437	3426	0.08	99.7
2.55-2.68		0.996	0.064	20.56	16064	3310	3288	0.072	99.3
2.68-2.85		0.997	0.053	24.78	14907	3118	3086	0.059	99
2.85-3.04		0.998	0.044	28.84	14015	2925	2900	0.049	99.1
3.04-3.29		0.999	0.038	32.82	13096	2754	2721	0.043	98.8
3.29-3.6		0.999	0.032	38.65	12149	2520	2491	0.036	98.8
3.6-4.02		0.999	0.028	42.54	11258	2297	2273	0.031	99
4.02-4.65		0.999	0.024	46.05	10234	2055	2030	0.026	98.8
4.65-5.69		1	0.022	45.97	8743	1743	1717	0.024	98.5
5.69-8.05		1	0.02	45.74	6665	1359	1326	0.023	97.6
8.05-50		0.999	0.018	46.34	3347	808	745	0.02	92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_1980	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ARZ

1arz

解像度: 1.8→34.287 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2006	3153	5.01 %	Random selection
R_work	0.1677	59774	-	-
obs	0.1694	62927	99.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.18 Å² / B_iso mean: 36.7854 Å² / B_iso min: 10.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→34.287 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3872	0	121	356	4349
B_iso mean	-	-	40.04	39.06	-
残基数	-	-	-	-	536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	5580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	655
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.896	1466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8269	0.3228	126	0.2781	2425	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8269-1.8554	0.2773	155	0.2639	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8554-1.8858	0.2806	131	0.2435	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8858-1.9183	0.2804	134	0.2174	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9183-1.9532	0.2468	129	0.204	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9532-1.9908	0.219	128	0.1972	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9908-2.0314	0.2138	158	0.1868	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0314-2.0756	0.2518	138	0.1913	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0756-2.1239	0.1945	130	0.19	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.177	0.2	140	0.1876	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.177-2.2358	0.2318	139	0.1875	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2358-2.3016	0.2612	142	0.1793	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3016-2.3759	0.2073	134	0.1788	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3759-2.4608	0.2174	146	0.1655	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4608-2.5592	0.1975	129	0.1633	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5592-2.6757	0.2128	133	0.1745	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6757-2.8167	0.2075	147	0.1734	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8167-2.9931	0.2221	133	0.1728	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9931-3.224	0.1971	136	0.1732	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
3.224-3.5481	0.1832	140	0.159	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5481-4.0609	0.1697	131	0.1418	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0609-5.1135	0.1533	135	0.1285	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1135-50	0.1819	139	0.1539	2703	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2504	0.0212	-0.055	3.9624	-0.9154	5.5622	-0.0037	-0.1989	0.6663	0.2577	0.0037	-0.4499	-0.1231	0.791	0.015	0.2026	0.0561	-0.023	0.3963	-0.0434	0.4296	48.0383	43.7255	14.5955
2	1.1899	0.2519	-0.2716	3.1096	0.1042	3.4887	-0.0791	-0.0953	0.759	-0.0446	-0.0628	-0.6955	-0.1703	1.0476	0.0444	0.2824	0.0303	0.0134	0.6359	-0.0624	0.6838	55.1064	44.2709	13.2717
3	2.6422	0.3829	1.666	0.7444	-1.0368	3.3974	-0.0443	-0.1657	0.3802	0.2123	-0.0174	-0.8687	-0.0606	1.1057	0.0213	0.3027	0.1211	-0.0496	0.6293	-0.0656	0.557	53.9042	40.0051	16.5465
4	1.7298	-0.5435	0.6072	1.4021	0.1929	1.7454	-0.1043	-0.4092	-0.2246	0.3176	0.1943	-0.4189	0.6293	0.4734	-0.0623	0.4468	0.367	-0.0669	0.4351	-0.0492	0.3633	48.3662	28.3366	17.5002
5	1.1412	-0.4481	0.2087	0.5357	0.1031	1.157	-0.1681	-0.1624	-0.2754	0.1504	0.1454	-0.1184	0.3707	0.1339	-0.052	0.2833	0.0755	0.0288	0.1391	0.0089	0.2457	28.3197	33.0051	10.1336
6	1.7112	0.7256	-0.2241	1.1762	-0.325	1.1671	-0.0614	-0.0826	-0.663	0.1177	-0.0129	-0.1058	0.5452	0.0209	-0.0338	0.3411	0.0221	0.0571	0.1355	0.019	0.3496	18.8794	28.0207	6.5204
7	1.3094	-0.0814	0.0359	0.7218	-0.0973	1.4218	-0.117	0.0518	-0.285	-0.0726	0.0804	-0.0476	0.2303	-0.1174	0.0417	0.1993	-0.0187	0.0284	0.1177	-0.0185	0.1819	16.2854	38.1943	-0.448
8	2.7259	-0.6853	0.1665	3.1008	-1.3199	3.472	-0.1643	-0.47	0.0744	0.2274	0.1929	0.0229	0.3433	0.2362	0.0035	0.2667	0.1388	-0.0062	0.2789	-0.0411	0.2087	36.2905	37.647	20.3712
9	3.388	-0.0482	1.4501	3.257	-0.0604	2.8184	-0.0465	0.4393	-0.1776	-0.183	0.3365	1.064	0.202	-0.7189	-0.1286	0.2612	0.0025	-0.0093	0.7356	0.0929	0.5413	-15.2839	44.5773	12.7038
10	3.5638	1.0635	2.8839	1.3027	0.8908	2.4766	0.102	-0.0412	0.0046	0.0946	0.0648	1.0719	0.1805	-0.9528	-0.2387	0.3734	0.0101	0.1041	0.7354	0.0721	0.66	-18.0117	44.6763	17.6485
11	1.0789	-0.0111	0.1485	1.4066	-0.1098	1.4967	-0.143	-0.3605	0.1102	0.3071	0.117	0.0825	-0.0804	-0.2463	-0.0472	0.2257	0.0926	0.0239	0.2486	-0.0448	0.1285	9.861	54.3948	18.9743
12	2.0323	0.0706	-0.6137	2.377	-0.7871	5.4377	-0.2027	-0.4054	-0.213	0.3728	0.1692	0.1649	0.2808	-0.167	0.0733	0.2701	0.0239	0.0796	0.4006	0.0487	0.2319	-0.3495	41.5517	21.6489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 49 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 78 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 104 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 105 through 165 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 186 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 187 through 236 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 237 through 268 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 50 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 51 through 78 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 79 through 236 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 237 through 268 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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