PDB-4yw3: Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC, complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yw3

タイトル

Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC, complex with Neu5Ac and Neu5Ac2en following soaking with Neu5Ac2en

要素

Neuraminidase C

キーワード

HYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase / Beta-propeller / CBM40

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Owen, C.D. / Lukacik, P. / Potter, J.A. / Walsh, M. / Taylor, G.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
著者: Owen, C.D. / Lukacik, P. / Potter, J.A. / Sleator, O. / Taylor, G.L. / Walsh, M.A.

履歴

登録	2015年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 2.0	2017年8月30日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.2	2021年6月30日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_name_com ...chem_comp / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yw3.cif.gz	537.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yw3.ent.gz	440.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/4yw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/4yw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yw1C 4yw2C 4yw5C 4yz1C 4yz2C 4yz4C 4yz5C 5f9tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yw2-1 4yw5-2 4yz1-1 4yz1-2 4yw4-2 4yz5-2 2vw0-d 4xj9-d 4xju-d 4yw1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (4) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase C

B: Neuraminidase C

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neuraminidase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.618, 74.729, 113.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 83 - 741 / Label seq-ID: 1 - 659

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Neuraminidase C / Putative neuraminidase 分子量: 73978.609 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 83-740 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1326,nanC / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UQE4, exo-alpha-sialidase

#1: タンパク質

Neuraminidase C / Putative neuraminidase

分子量: 73978.609 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 83-740 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1326,nanC / プラスミド: pET21b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UQE4, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈

-
非ポリマー , 3種, 732分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG8000, 20% glycerol, 40mM monopotassium phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 97981 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 2.066 / Net I/av σ(I): 17.666 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 333804

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	2.2	0.404	2874	1.951	55.3
2.09-2.12	2.2	0.379	3388	2.01	64.8
2.12-2.16	2.3	0.356	3858	2.016	74.4
2.16-2.21	2.4	0.33	4374	2.05	83.9
2.21-2.26	2.7	0.33	4836	2.119	92.3
2.26-2.31	3.3	0.335	5122	2.044	98.3
2.31-2.37	3.6	0.323	5195	2.112	99.9
2.37-2.43	3.6	0.28	5199	2.061	99.9
2.43-2.5	3.6	0.254	5257	2.058	100
2.5-2.58	3.6	0.235	5215	2.013	100
2.58-2.67	3.6	0.201	5236	2.017	100
2.67-2.78	3.6	0.182	5232	2.077	100
2.78-2.91	3.6	0.158	5228	2.145	99.9
2.91-3.06	3.7	0.124	5243	2.124	100
3.06-3.25	3.7	0.097	5269	2.135	100
3.25-3.5	3.8	0.073	5242	2.286	100
3.5-3.86	3.8	0.058	5243	2.233	100
3.86-4.41	3.7	0.049	5290	2.066	100
4.41-5.55	3.7	0.041	5291	1.886	100
5.55-30	3.7	0.039	5389	1.763	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	23.4 Å
Translation	3.5 Å	23.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.1742 / WR_factor R_work: 0.1497 / FOM work R set: 0.8585 / SU B: 7.348 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1776 / SU R_free: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2033	4880	5 %	RANDOM
R_work	0.1717	-	-	-
obs	0.1732	93033	93.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.84 Å² / B_iso mean: 25.339 Å² / B_iso min: 6.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10444	0	85	728	11257
B_iso mean	-	-	26.74	27.24	-
残基数	-	-	-	-	1318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	10786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	10029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.953	14624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	3	23119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.351	5	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.387	24.722	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.796	15	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.033	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.273	1.345	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.273	1.345	5279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.941	2.01	6600

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 82538 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	247	-
R_work	0.234	4106	-
all	-	4353	-
obs	-	-	56.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8758	-0.8698	0.2295	1.7413	-0.0334	0.9381	0.0093	-0.0226	-0.14	0.0238	0.0365	0.111	0.0673	0.0408	-0.0457	0.0411	0.0016	-0.031	0.0137	0.0009	0.0368	37.548	-5.098	46.149
2	1.1499	-0.3926	0.3598	1.2076	0.1247	1.7511	-0.0022	0.0306	0.0261	-0.0047	0.0304	0.0447	-0.1332	0.0442	-0.0282	0.0319	-0.016	-0.0175	0.0134	0.0143	0.0274	22.281	24.388	53.249
3	4.1929	-1.2791	0.1322	2.0102	0.569	2.0646	-0.1031	-0.2507	0.1507	0.118	-0.0167	0.2437	-0.2884	-0.2835	0.1198	0.1475	0.02	0.0016	0.132	-0.0143	0.0595	12.99	35.59	73.496
4	0.7127	-0.0998	0.4527	0.686	0.1389	1.3229	0.0238	0.0447	0.0122	-0.1137	-0.0413	0.1519	-0.1176	-0.1606	0.0175	0.0475	0.0103	-0.0425	0.0559	0.0256	0.0735	8.337	22.729	45.243
5	1.4495	0.8046	-0.2265	2.1119	-0.2576	1.147	-0.027	0.0326	-0.0633	-0.0104	-0.0041	0.0575	0.1677	-0.0875	0.0311	0.1539	-0.016	0.0061	0.0287	0.011	0.0327	11.203	-31.161	8.629
6	1.1973	0.4967	-0.0115	1.6032	-0.1445	1.7672	0.0348	0.0445	0.0701	0.0787	0.0276	0.0844	-0.1121	-0.0807	-0.0625	0.0564	0.0102	-0.0042	0.0241	0.0265	0.0374	19.783	-0.578	-4.157
7	2.564	-0.5636	0.2727	3.2162	-2.3135	4.0474	0.0934	0.0738	0.0117	0.0403	-0.0452	-0.013	-0.0787	0.0563	-0.0483	0.0808	-0.0038	0.0129	0.0669	0.0188	0.0252	25.968	14.361	-26.505
8	0.6829	0.0233	0.1233	0.7035	-0.4128	1.3776	0.0312	-0.0086	0.0414	0.0988	-0.0853	-0.11	-0.1313	0.222	0.054	0.0693	-0.0266	-0.0201	0.0521	0.0117	0.0461	32.758	0.414	-0.805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	83 - 273
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	274 - 389
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	390 - 483
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	484 - 741
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	83 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	277 - 395
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	396 - 455
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	456 - 741

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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