[日本語] English
万見
- PDB-4yvm: X-ray structure of Helicobacter pylori CagL-K74 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yvm
タイトルX-ray structure of Helicobacter pylori CagL-K74
要素Cag pathogenicity island protein
キーワードPROTEIN BINDING / Helicobacter pylori / T4SS / CagL / RGD domain
機能・相同性Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1660 / : / T4SS protein CagL / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Cag pathogenicity island protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.791 Å
データ登録者Choi, J.M. / Choi, Y.H. / Cha, J.H. / Lee, S.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF)2013R1A12057465 韓国
National Research Foundation (NRF)2012R1A1A2008554 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of CagL from Helicobacter pylori K74 strain.
著者: Choi, J.M. / Choi, Y.H. / Sudhanva, M.S. / Devakumar, S. / Lee, K.H. / Cha, J.H. / Lee, S.H.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cag pathogenicity island protein
B: Cag pathogenicity island protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0642
ポリマ－50,0642
非ポリマー00
水1,47782
1
A: Cag pathogenicity island protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0321
ポリマ－25,0321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cag pathogenicity island protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0321
ポリマ－25,0321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.616, 97.616, 144.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Cag pathogenicity island protein / CagL


分子量: 25031.754 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: K74 / 遺伝子: HP0539 / プラスミド: pET28a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q75XL3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 % / 解説: small rod shape with edges
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na-citrate, 10% iso-propanol, 10% PEG 4000, 3% dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.791→50 Å / Num. obs: 17703 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 14 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Se-met K74 CagL

解像度: 2.791→37.346 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2671 904 5.12 %Random
Rwork0.1989 ---
obs0.2024 17653 98.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.791→37.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3243 0 0 82 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0774385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.491275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.791-2.96580.3341530.25432591X-RAY DIFFRACTION94
2.9658-3.19470.32621560.23372733X-RAY DIFFRACTION99
3.1947-3.5160.26891690.19332764X-RAY DIFFRACTION99
3.516-4.02420.25181390.18032808X-RAY DIFFRACTION99
4.0242-5.06810.221420.17042842X-RAY DIFFRACTION99
5.0681-37.34970.26441450.20673011X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る