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- PDB-4yvd: Crytsal structure of human Pleiotropic Regulator 1 (PRL1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yvd
タイトルCrytsal structure of human Pleiotropic Regulator 1 (PRL1)
要素Pleiotropic regulator 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / WD40 repeat / mRNA processing / mRNA splicing / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Prp19 complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / protein localization to nucleus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / fibrillar center / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear membrane ...Prp19 complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / protein localization to nucleus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / fibrillar center / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear membrane / nuclear speck / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WD repeat Prp46/PLRG1-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat ...WD repeat Prp46/PLRG1-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pleiotropic regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dong, A. / Zeng, H. / Xu, C. / Tempel, W. / Li, Y. / He, H. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. ...Dong, A. / Zeng, H. / Xu, C. / Tempel, W. / Li, Y. / He, H. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crytsal structure of human Pleiotropic Regulator 1 (PRL1).
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Xu, C. / Tempel, W. / Li, Y. / He, H. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2015年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,87419
ポリマ－41,6741
非ポリマー20018
水2,630146
1
A: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子

A: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,74938
ポリマ－83,3482
非ポリマー40136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.330, 34.185, 48.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-611-

UNX

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 41674.148 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-514 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLRG1 / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O43660
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M CaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月29日
放射モノクロメーター: CCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 29598 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GNQ

2gnq


解像度: 1.7→41.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.109
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 908 3.07 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 29532 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6936 Å20 Å20 Å2
2--2.931 Å20 Å2
3----8.6247 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.291 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 0 6 146 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.073300HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d808SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes43HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes367HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2412HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion325SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2820SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 58 2.52 %
Rwork0.2349 2243 -
all0.2345 2301 -
obs--96.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.8843 Å / Origin y: 7.0762 Å / Origin z: 14.0994 Å
111213212223313233
T-0.1361 Å20.056 Å2-0.0025 Å2--0.076 Å2-0.0254 Å2---0.0677 Å2
L4.3082 °2-1.7831 °2-1.0435 °2-1.4128 °20.3263 °2--0.7447 °2
S0.3285 Å °0.7256 Å °-0.0516 Å °-0.1398 Å °-0.3131 Å °0.0851 Å °-0.1309 Å °-0.2393 Å °-0.0154 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|190 - A|492 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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