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万見
- PDB-4yu5: Crystal structure of selenomethionine variant of Bacillus anthrac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yu5
タイトルCrystal structure of selenomethionine variant of Bacillus anthracis immune inhibitor A2 peptidase zymogen
要素Immune inhibitor A, metalloprotease
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase / metzincin
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M6-like, domain / Peptidase M6, InhA / Immune inhibitor A peptidase M6, catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-(1-methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate / Immune inhibitor A, metalloprotease
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus var. anthracis
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Arolas, J.L. / Goulas, T. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Latency and Function of Immune Inhibitor A Metallopeptidase, a Modulator of the Bacillus anthracis Secretome.
著者: Arolas, J.L. / Goulas, T. / Pomerantsev, A.P. / Leppla, S.H. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2015年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immune inhibitor A, metalloprotease
B: Immune inhibitor A, metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,73521
ポリマ－168,2492
非ポリマー1,48619
水1,874104
1
A: Immune inhibitor A, metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,34514
ポリマ－84,1251
非ポリマー1,22113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immune inhibitor A, metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3897
ポリマ－84,1251
非ポリマー2656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.610, 102.410, 242.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Immune inhibitor A, metalloprotease


分子量: 84124.500 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 50-799 / 変異: E331A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The conflicts are due to the uniprot entry being for a different strain
由来: (組換発現) Bacillus cereus var. anthracis (strain CI) (バクテリア)
株: CI / 遺伝子: inhA2, BACI_c06810 / プラスミド: pHT43 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): WB800N
参照: UniProt: D8H130, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

-
非ポリマー , 6種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-KH2 / 3-(1-methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926, 0.93923
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.939231
反射解像度: 2.9→48.8 Å / Num. obs: 54813 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 74.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
SHELX位相決定
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→42.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9105 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9075 / SU R Cruickshank DPI: 0.529 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.5 / SU Rfree Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.268
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 706 1.29 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
obs0.1827 54706 99.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4017 Å20 Å20 Å2
2---25.8688 Å20 Å2
3---19.467 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.438 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→42.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10763 0 75 104 10942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111078HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1414973HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5007SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes311HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1599HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11078HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1362SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12043SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3637 50 1.26 %
Rwork0.2415 3917 -
all0.2429 3967 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2482-0.12640.18541.50040.99762.62750.13580.2892-0.1899-0.11560.0933-0.0757-0.12650.0254-0.2291-0.1532-0.01880.0005-0.0884-0.05-0.122483.879442.1481249.355
23.4851.6277-2.00692.7758-2.11418.1155-0.0064-0.03-0.27090.17230.15010.3590.6357-0.5908-0.14370.19-0.12930.1385-0.11840.01690.035196.241973.9219221.201
34.85960.82322.249901.62694.6003-0.05450.24730.21840.02760.3758-0.2405-0.06270.2392-0.3213-0.13910.0714-0.08020.1245-0.26710.3759103.21932.4421245.098
41.39050.12860.33241.6845-0.07273.0222-0.1433-0.4216-0.20030.64490.2387-0.23460.3695-0.0775-0.09540.34580.2033-0.0544-0.08810.0107-0.09986.255324.1315181.177
54.39510.6725-3.19212.3609-0.17246.0220.06490.16230.386-0.29340.1797-0.3163-0.37080.3622-0.24460.1723-0.11790.0755-0.06070.0453-0.021647.266914.1304199.106
60-1.532-0.42865.9498-1.6347.0394-0.015-0.0428-0.2158-0.0262-0.0272-0.1290.11270.01340.04220.58240.2749-0.117-0.0815-0.00330.335697.22153.3767181.354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|144 - 482 A|642 - 799 A|901 - 903 A|995 - 999}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|483 - 641}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|50 - 94}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|144 - 482 B|642 - 799 B|901 - 902 B|995 - 999}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|483 - 641}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|50 - 89}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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