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- PDB-4ytl: Structure of the KOW2-KOW3 Domain of Transcription Elongation Fac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ytl
タイトルStructure of the KOW2-KOW3 Domain of Transcription Elongation Factor Spt5.
要素Transcription elongation factor SPT5
キーワードTRANSCRIPTION / Spt5 / RNA processing / Transcription elongation.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / regulation of rRNA processing / RNA polymerase I core binding / intracellular mRNA localization / rDNA heterochromatin / DSIF complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / U4 snRNA binding ...negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / regulation of rRNA processing / RNA polymerase I core binding / intracellular mRNA localization / rDNA heterochromatin / DSIF complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / U4 snRNA binding / snRNP binding / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / spliceosomal complex assembly / RNA polymerase II complex binding / U5 snRNA binding / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / U1 snRNA binding / positive regulation of autophagy / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone binding / rRNA binding / chromatin remodeling / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / mitochondrion / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 ...Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / SH3 type barrels. - #30 / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / SH3 type barrels. / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor SPT5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Meyer, P.A. / Li, S. / ZHang, M. / Yamada, K. / Takagi, Y. / Hartzog, G.A. / Fu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100997 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures and Functions of the Multiple KOW Domains of Transcription Elongation Factor Spt5.
著者: Meyer, P.A. / Li, S. / Zhang, M. / Yamada, K. / Takagi, Y. / Hartzog, G.A. / Fu, J.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor SPT5
B: Transcription elongation factor SPT5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4368
ポリマ－21,8682
非ポリマー5686
水4,342241
1
A: Transcription elongation factor SPT5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0302
ポリマ－10,9341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription elongation factor SPT5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4066
ポリマ－10,9341
非ポリマー4725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.253, 54.243, 95.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / Chromatin elongation factor SPT5


分子量: 10934.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPT5, YML010W, YM9571.08 / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27692
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / Density meas: 1.36 Mg/m3 / 溶媒含有率: 52.9 % / 解説: Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.0), 0.5 M ammonium sulfate, and 1.0 M lithium sulfate
PH範囲: 4.8 - 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: rotation step: 0.5 degree
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日 / 詳細: rotation: 0.5 degree
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 28098 / Num. obs: 27657 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 82.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / % possible all: 52.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.601→35.768 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 1391 5.03 %Random
Rwork0.1851 ---
obs0.186 27657 89.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→35.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1491 0 32 241 1764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6552109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.305571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.135252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0.01

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6008-1.6580.2512980.1833158956
1.658-1.72440.21471050.19192467
1.7244-1.80290.23561190.1864230379
1.8029-1.89790.21371330.1921265391
1.8979-2.01680.19741490.17422919100
2.0168-2.17260.17981680.17162892100
2.1726-2.39110.21351770.18512903100
2.3911-2.7370.22241340.19912976100
2.737-3.44790.2131480.19722988100
3.4479-35.77660.18021600.17633119100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.1492 Å / Origin y: 61.7235 Å / Origin z: 11.3888 Å
111213212223313233
T0.0439 Å2-0.0008 Å2-0.003 Å2-0.0491 Å20.0064 Å2--0.0355 Å2
L0.6052 °20.1434 °2-0.1668 °2-0.5192 °2-0.2075 °2--0.479 °2
S0.0231 Å °-0.0722 Å °-0.0383 Å °0.0134 Å °-0.0307 Å °-0.0109 Å °-0.0123 Å °0.0364 Å °-0.0085 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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