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- PDB-4ysj: Calcium-Dependent Protein Kinase from Eimeria tenella in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ysj
タイトルCalcium-Dependent Protein Kinase from Eimeria tenella in complex with ADP
要素Calmodulin-like domain protein kinase
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine protein kinase / calcium-binding / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Calmodulin-like domain protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Merritt, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089441 米国
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: CDPK is a druggable target in the apicomplexan parasite Eimeria
著者: Ojo, K.K. / Vidadala, R. / Maly, D.J. / Van Voorhis, W.C. / Merritt, E.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L.M.J. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C.
#2: ジャーナル: ACS Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Potent and Selective Inhibitors of CDPK1 from T. gondii and C. parvum Based on a 5-Aminopyrazole-4-carboxamide Scaffold
著者: Zhang, Z. / Ojo, K.K. / Vidadala, R. / Huang, E. / Geiger, J.A. / Scheele, S. / Choi, R. / Reid, M.C. / Keyloun, K. / Parsons, M. / Merritt, E.A. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L.M.J. / Van Voorhis, W.C. / Fan, E.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-like domain protein kinase
B: Calmodulin-like domain protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,56114
ポリマ－111,3372
非ポリマー1,22412
水362
1
A: Calmodulin-like domain protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2807
ポリマ－55,6691
非ポリマー6126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calmodulin-like domain protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2807
ポリマ－55,6691
非ポリマー6126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.536, 108.415, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 481 / Label seq-ID: 12 - 485

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Calmodulin-like domain protein kinase


分子量: 55668.504 Da / 分子数: 2 / 変異: A410D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cleaved N-terminal His-tag
由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)
プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3HNM4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATED THAT THE UNP REFERENCE Q3HNM4 IS INCORRECT AT RESIDUE 410. THE RESIDUE IDENTITY OF ...AUTHOR STATED THAT THE UNP REFERENCE Q3HNM4 IS INCORRECT AT RESIDUE 410. THE RESIDUE IDENTITY OF 410 SHOULD BE ASP INSTEAD OF ALA BECAUSE THIS RESIDUE IS IN BINDING TO CALCIUM AND CONSERVED ACROSS THE LARGER FAMILY OF CDPKS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein buffer: 25 mM HEPES pH 7.0, 5% glycerol, 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 175 ??M EtCDPK1, 17.5 mM MgATP; crystallization buffer: 100 mM BIS/TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350, 20 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→38.57 Å / Num. obs: 31660 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.363 / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 417423 / Scaling rejects: 123
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.68-2.8211.43.4510.94554639810.5181.04895.2
8.91-38.5711.80.06519.6115409740.9990.0298.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.25 Å38.57 Å
Translation6.25 Å38.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→38.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.2703 / WRfactor Rwork: 0.2249 / FOM work R set: 0.6623 / SU B: 45.303 / SU ML: 0.409 / SU R Cruickshank DPI: 0.3367 / SU Rfree: 0.4017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2917 1522 4.9 %RANDOM
Rwork0.2464 ---
obs0.2486 29593 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.88 Å2 / Biso mean: 78.058 Å2 / Biso min: 28.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å2-0 Å20 Å2
2--3.75 Å20 Å2
3----5.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→38.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7343 0 64 2 7409
Biso mean--50.55 40.75 -
残基数----921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9810133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.955316719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8075915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8424.77348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.342151414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2531540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9933.3383685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9923.3383684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2565.0054587
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29065 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 117 -
Rwork0.399 2024 -
all-2141 -
obs--93.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25690.79791.62543.8862.17571.95280.0455-0.24170.05840.27-0.22110.2826-0.0047-0.22850.17560.3479-0.01680.03670.0637-0.07490.842641.74557.475142.761
22.42890.20722.04871.95711.38692.61220.10960.13730.0461-0.2057-0.17210.0043-0.17440.04990.06250.2887-0.0380.06770.0465-0.03430.920537.0155.838129.122
35.1404-1.074-0.32092.84741.16573.74070.21560.3550.1083-0.0565-0.27570.1816-0.0706-0.19540.06010.19170.0226-0.00310.0499-0.08450.821721.97754.947119.288
41.87840.40020.57143.25661.07243.15440.10130.0216-0.0461-0.0845-0.0662-0.09660.07350.1308-0.03510.2954-0.04040.02050.01990.0410.873249.62436.477134.803
51.75040.0723.7331.2294-0.991119.2861-0.00370.0042-0.6450.3419-0.5587-0.09671.41591.86230.56240.94560.2787-0.00310.60460.20741.309460.70335.348152.753
62.8092-0.47291.25725.21190.14413.3352-0.0041-0.2430.11590.21340.0370.2082-0.2616-0.1675-0.03290.2452-0.04460.02170.0393-0.06930.789642.87498.48989.733
71.9038-0.12591.69271.53391.19933.5330.1642-0.11640.044-0.0127-0.19130.1154-0.0417-0.0310.02710.2837-0.05780.06270.0975-0.05240.91434.73294.10475.963
83.2368-0.4336-0.29023.12340.59463.93160.1680.35140.0883-0.1762-0.31190.1358-0.0232-0.22160.14390.18960.00580.01260.0707-0.0350.769223.52393.83762.453
92.53370.56681.23274.36512.42382.63990.0980.3062-0.05-0.6033-0.0091-0.09730.04690.3228-0.08890.48820.0359-0.01980.09860.02040.914249.03673.80974.227
105.11710.8605-2.33653.0875-0.43897.9082-0.0251-0.6029-0.27350.3216-0.1235-0.29480.45780.60770.14860.5426-0.0496-0.0740.18630.09350.896356.00478.28996.777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2A90 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4A286 - 456
5X-RAY DIFFRACTION4A501
6X-RAY DIFFRACTION4A502
7X-RAY DIFFRACTION4A503
8X-RAY DIFFRACTION5A457 - 481
9X-RAY DIFFRACTION5A504
10X-RAY DIFFRACTION6B8 - 78
11X-RAY DIFFRACTION7B79 - 194
12X-RAY DIFFRACTION8B195 - 290
13X-RAY DIFFRACTION9B293 - 409
14X-RAY DIFFRACTION9B501
15X-RAY DIFFRACTION9B502
16X-RAY DIFFRACTION10B410 - 481
17X-RAY DIFFRACTION10B503
18X-RAY DIFFRACTION10B504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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