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万見
- PDB-4ys6: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ys6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM CLOSTRIDIUM PHYTOFERMENTANS (Cphy_1585, TARGET EFI-511156) WITH BOUND BETA-D-GLUCOSE
要素Putative solute-binding component of ABC transporter
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / beta-D-glucopyranose / Putative solute-binding component of ABC transporter
機能・相同性情報
生物種Clostridium phytofermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM CLOSTRIDIUM PHYTOFERMENTANS (Cphy_1585, TARGET EFI-511156) WITH BOUND BETA-D-GLUCOSE
著者: Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / ...著者: Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen ...chem_comp / entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / reflns / reflns_shell
Item: _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative solute-binding component of ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0129
ポリマ－39,6461
非ポリマー3668
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.686, 80.686, 170.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-697-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative solute-binding component of ABC transporter


分子量: 39646.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phytofermentans (strain ATCC 700394 / DSM 18823 / ISDg) (バクテリア)
株: ATCC 700394 / DSM 18823 / ISDg / 遺伝子: Cphy_1585 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9KQP6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 5 mM D-glucose); Reservoir (MCSG2 B1)(1.1 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5 %(v/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0); Cryoprotection (100% Reservoir, dehydration)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→100 Å / Num. obs: 36742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / CC1/2: 0.01 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.03305 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 2098044 / Scaling rejects: 509
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible allCC1/2Rpim(I) all
1.69-1.731102.46547202399.4
7.12-32.8634.20.22925.52109761698.70.9670.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.698→23.938 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 1077 2.92 %
Rwork0.1495 35758 -
obs0.1504 36742 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.64 Å2 / Biso mean: 24.5065 Å2 / Biso min: 8.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.698→23.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 0 19 197 2679
Biso mean--20.69 35.16 -
残基数----324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2543442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.029924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.698-1.77530.27151200.21374328444898
1.7753-1.86880.23371430.173243564499100
1.8688-1.98590.19031440.145443844528100
1.9859-2.13910.151210.126844384559100
2.1391-2.35420.1651340.122144404574100
2.3542-2.69450.16391280.135345034631100
2.6945-3.39320.16731420.153245264668100
3.3932-23.94090.19241450.157447834928100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5546-0.40080.12950.9575-0.181.1555-0.0198-0.10730.25910.0264-0.00710.0096-0.1398-0.04950.02720.1824-0.00150.0060.1655-0.02280.1844-29.502551.859314.494
21.6071-0.9483-0.36971.16870.15580.24050.02570.001-0.03240.0228-0.02030.1102-0.0381-0.1074-0.00020.11690.00340.01010.16510.00560.1226-33.751339.063611.2394
32.1516-0.8843-0.47151.76431.00632.83230.0170.0292-0.31070.10750.0080.01050.3058-0.05620.00210.1172-0.03140.00210.08770.02210.1692-15.452820.14329.2484
41.0221-0.18890.14141.1750.28380.8926-0.0023-0.1082-0.18630.15460.0528-0.03420.05210.0777-0.03960.0985-0.0077-0.00380.09870.02510.113-14.887625.020215.0791
50.90780.00670.31980.36630.00210.49870.01350.14310.0502-0.0473-0.0265-0.0324-0.08770.06360.00490.1466-0.00420.01320.16620.01390.1392-21.770239.90782.6582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 69 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 134 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 155 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 239 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 240 through 339 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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