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- PDB-4ys2: RCK domain with CDA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ys2
タイトルRCK domain with CDA
要素Na+/H+ antiporter-like protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / RCK domain / CDA
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / proton transmembrane transport / potassium ion transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / Sodium:proton antiporter / Monovalent cation antiporter-2
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.968 Å
データ登録者Chin, K.H. / Chou, S.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: RCK domain with CDA
著者: Chin, K.H. / Chou, S.H.
履歴
登録2015年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na+/H+ antiporter-like protein
B: Na+/H+ antiporter-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7873
ポリマ－20,1282
非ポリマー6581
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.195, 45.843, 69.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Na+/H+ antiporter-like protein / Sodium:proton antiporter


分子量: 10064.084 Da / 分子数: 2 / 断片: RCK C-terminal domain (UNP RESIDUES 531-614) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pTRH1T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8TQN9, UniProt: Q2FZQ4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5 and 1.1M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 12747 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 24.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.968→18.788 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 946 10 %
Rwork0.2289 --
obs0.2362 9460 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.767 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5595 Å20 Å2-0 Å2
2--5.6533 Å2-0 Å2
3----0.0938 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.968→18.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 44 23 1281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1761670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.843470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9681-2.07170.25661260.21981124X-RAY DIFFRACTION91
2.0717-2.20130.26471250.24051158X-RAY DIFFRACTION93
2.2013-2.3710.28841330.24021184X-RAY DIFFRACTION96
2.371-2.6090.29911330.25871218X-RAY DIFFRACTION97
2.609-2.98530.28591380.26741229X-RAY DIFFRACTION98
2.9853-3.75620.29111400.24031268X-RAY DIFFRACTION99
3.7562-100.28131510.25241333X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.9767 Å / Origin y: -0.2102 Å / Origin z: -6.6127 Å
111213212223313233
T0.2213 Å2-0.0186 Å2-0.002 Å2-0.1853 Å2-0.0049 Å2--0.1886 Å2
L2.1389 °2-0.4913 °2-0.737 °2-1.4125 °2-0.0692 °2--1.2486 °2
S-0.0937 Å °0.0208 Å °-0.1091 Å °-0.0145 Å °0.0246 Å °0.0926 Å °0.0997 Å °0.0061 Å °0.0741 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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