PDB-4yrz: Crystal Structure of LuxP In Complex With L-xylulofuranose-1,2-borate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yrz

タイトル

Crystal Structure of LuxP In Complex With L-xylulofuranose-1,2-borate

要素

Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / QUORUM SENSING / protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.571 Å

データ登録者

McDonough, M.A. / Sattin, S. / Gardner, P.M. / Liu, C. / Davis, B.G.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of Glycomimetic Agonists from a Protocell Metabolism, Proto-natural Product Libraries
著者: Sattin, S.

履歴

登録	2015年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yrz.cif.gz	287.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yrz.ent.gz	233.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yrz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yrz_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yrz_full_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示
XML形式データ	4yrz_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	4yrz_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yp9C 4yr7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mpt-2 4q6w-1 1nu5-d 2vwh-d 3lop-d 5xd7-d 3gd6-d 1qwr-2 4pag-2 2x1h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP

B: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP

ヘテロ分子

79.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.500, 85.036, 130.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP 分子量: 39341.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: luxP / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54300
#2: 化合物	ChemComp-A2B / L-xylulofuranose-1,2-borate 分子量: 192.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀BO₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% PEG 8000, 100mM sodium cacodylate pH 6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0719 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月2日 / 詳細: double mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0719 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→49.187 Å / Num. all: 26994 / Num. obs: 26994 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.197 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 280473
反射シェル	解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.929 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YR7

4yr7

解像度: 2.571→49.187 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1998	7.42 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.1745	26935	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.571→49.187 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5413	0	26	187	5626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.399	7609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.498	2041
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	825
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5706-2.6349	0.3178	126	0.2944	1582	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6349-2.7062	0.3227	139	0.2633	1732	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7062-2.7858	0.3342	143	0.2512	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7858-2.8757	0.2931	141	0.2248	1767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8757-2.9785	0.321	143	0.2188	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9785-3.0977	0.2992	141	0.2203	1762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0977-3.2386	0.3029	144	0.2136	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2386-3.4094	0.2519	143	0.1948	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4094-3.6229	0.2118	142	0.1681	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6229-3.9025	0.2105	145	0.1543	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9025-4.295	0.1973	143	0.1395	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
4.295-4.9161	0.1446	147	0.121	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9161-6.1918	0.2065	148	0.1565	1839	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1918-49.1961	0.2264	153	0.1678	1929	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.659	2.2077	2.6464	7.7148	1.0724	7.1017	0.1963	-0.0287	-0.5896	0.5719	0.4695	-1.5168	0.1285	1.7359	-0.5442	0.3267	0.0033	-0.1329	0.7196	0.0026	0.5567	9.8766	-26.5129	24.4419
2	1.2853	2.5199	-0.0233	4.8858	-0.5054	4.7268	-0.153	0.2395	-0.1554	0.2075	0.2249	0.1995	0.0306	-0.1256	-0.0098	0.2662	0.0474	-0.0632	0.4623	-0.0714	0.5065	-9.3309	-35.3082	15.8353
3	3.9931	1.2696	-2.0817	4.9342	0.6144	2.2956	-0.0589	-0.0209	0.0223	0.4054	0.0369	0.2271	0.0404	-0.1632	0.0297	0.3416	0.0419	-0.0484	0.3955	0.0481	0.3071	-10.6272	-26.6389	29.4137
4	0.8637	0.5023	-0.1037	4.1906	-1.2848	1.2052	0.0281	0.1241	-0.0996	-0.0788	-0.0677	-0.1651	-0.0596	0.2985	0.0305	0.2888	-0.0015	0.009	0.5571	-0.0219	0.3713	-1.8623	-13.7405	12.0612
5	7.9759	2.1362	2.9617	4.0758	2.4786	5.9861	0.7738	0.6142	-1.5373	-0.4073	0.1663	-0.4752	1.2442	0.3406	-0.9455	0.739	0.0868	-0.0865	0.3564	-0.1252	0.5459	-29.0519	-72.1411	8.5982
6	6.2929	1.5667	-0.3312	2.5206	-0.8864	5.7381	-0.0081	-0.0363	0.527	0.0302	-0.162	-0.6069	-0.0919	0.2725	0.1127	0.3615	-0.0068	-0.0767	0.3635	-0.0076	0.5134	-19.0588	-53.0787	16.1322
7	3.7066	-0.7734	0.4983	4.0293	-1.3022	4.3516	0.1699	0.5708	0.4124	-0.3748	-0.2813	-0.2779	0.0567	0.416	0.0018	0.4116	0.0008	-0.0104	0.5379	0.1015	0.3456	-28.4343	-51.8865	2.7992
8	5.8593	-0.0767	-1.2327	0.4629	0.1988	1.207	-0.0525	-0.0142	0.0863	0.0328	0.0779	-0.1148	0.0736	-0.1007	-0.0221	0.4182	0.0664	-0.0586	0.3072	0.016	0.3456	-41.0724	-59.5647	20.7153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 364 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 26 through 53 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 112 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 113 through 164 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 165 through 364 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)