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万見
- PDB-4yr9: mouse TDH with NAD+ bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yr9
タイトルmouse TDH with NAD+ bound
要素L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-threonine 3-dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine catabolic process to glycine / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者He, C. / Li, F.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural insights on mouse l-threonine dehydrogenase: A regulatory role of Arg180 in catalysis
著者: He, C. / Huang, X. / Liu, Y. / Li, F. / Yang, Y. / Tao, H. / Han, C. / Zhao, C. / Xiao, Y. / Shi, Y.
履歴
登録2015年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
B: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
C: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
D: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
E: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
F: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,66615
ポリマ－220,4096
非ポリマー4,2579
水1,35175
1
A: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
C: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9816
ポリマ－73,4702
非ポリマー1,5114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
2
B: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
D: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8895
ポリマ－73,4702
非ポリマー1,4193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
3
E: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
F: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7974
ポリマ－73,4702
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.150, 160.130, 194.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial


分子量: 36734.891 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 47-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdh / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8K3F7, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→123.572 Å / Num. all: 53532 / Num. obs: 53532 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 6.761 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 226819
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.9540.5871.32924873290.3060.5872.288.1
2.95-3.133.90.4111.92704869190.2170.4113.188.3
3.13-3.353.80.2512.92508965820.1360.2514.988.5
3.35-3.613.60.1584.82243161670.0870.1587.489.6
3.61-3.963.40.1076.72029259780.0640.10710.593.4
3.96-4.434.20.08682396156390.0460.08614.697.1
4.43-5.114.50.0679.82271550490.0350.06719.298.5
5.11-6.2650.065102219944100.0320.06518.999.6
6.26-8.856.10.05610.82113534640.0240.05623.7100
8.85-38.866.40.04513.41270119950.0190.0453398.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YY7

2yy7


解像度: 2.8→36.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / WRfactor Rfree: 0.2445 / WRfactor Rwork: 0.1947 / FOM work R set: 0.8189 / SU B: 16.42 / SU ML: 0.319 / SU Rfree: 0.4183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 2700 5 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.218 50776 92.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.74 Å2 / Biso mean: 49.791 Å2 / Biso min: 12.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→36.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14495 0 282 75 14852
Biso mean--33.56 27.67 -
残基数----1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01915176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9711.97920681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.95251826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80122.622679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96152342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.66615126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2195.0167343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2037.5149156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9324.9677833
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 194 -
Rwork0.31 3504 -
all-3698 -
obs--87.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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