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- PDB-4ypz: Crystal structure of TrmD, a M1G37 tRNA Methyltransferase with SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ypz
タイトルCrystal structure of TrmD, a M1G37 tRNA Methyltransferase with SAM-competitive compounds
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / TrmD / Haemophilus influenzae / Dimerization / SAM-binding / knot / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(1H-imidazol-2-yl)pyridine / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Elkins, P.A. / Bonnette, W.G. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TrmD, a M1G37 tRNA Methyltransferase with SAM-competitive compounds
著者: Elkins, P.A. / Bonnette, W.G. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5302
ポリマ－28,3851
非ポリマー1451
水2,468137
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0594
ポリマ－56,7692
非ポリマー2902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.773, 93.773, 179.162
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-497-

HOH

21A-529-

HOH

31A-535-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 28384.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: trmD, HI_0202 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*(DE3)pGro7
参照: UniProt: P43912, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-4FL / 4-(1H-imidazol-2-yl)pyridine / 4-(2-イミダゾリル)ピリジン


分子量: 145.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution:( 12/mg/mL in 100mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 10mM MgCl2 2mM DTT) Well solution: (20% PEG3,350 and 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate). 4uL of S-adenosyl methionine ...詳細: Protein solution:( 12/mg/mL in 100mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 10mM MgCl2 2mM DTT) Well solution: (20% PEG3,350 and 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate). 4uL of S-adenosyl methionine in water were added to 100uL of protein and allowed to incubate on ice for 1 hour before protein was mixed with well at 1:1 ratio.Seeding used to improve crystals. Compound stock solutions (either 100mM or 1M stocks) were added up to a final drop concentration of 4.8% DMSO. Crystals were soaked for 4-6 hours. 20% glycerol in well solution was used as cryoprotectant for a quick dip of crystal in liquid N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射モノクロメーター: unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 33022 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 26.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.056 / Net I/av σ(I): 32.949 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 272728
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.71-1.777.80.56932711.091100
1.77-1.848.40.43432531.074100
1.84-1.938.40.28632751.078100
1.93-2.038.40.19432811.03100
2.03-2.158.40.14432681.055100
2.15-2.328.40.12232861.028100
2.32-2.558.40.09332921.069100
2.55-2.928.40.06733201.041100
2.92-3.688.30.05233391.068100
3.68-507.90.0334371.02899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P9P

1p9p


解像度: 1.84→30.083 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 1609 6.06 %Random selection
Rwork0.1671 24963 --
obs0.1687 26572 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.82 Å2 / Biso mean: 33.2773 Å2 / Biso min: 14.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→30.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 11 137 1983
Biso mean--30.48 38.89 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0032654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.128757
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.89940.25721430.191522222365100
1.8994-1.96730.22871450.171322492394100
1.9673-2.0460.19891450.169722492394100
2.046-2.13910.22081450.166922522397100
2.1391-2.25190.20071460.163622522398100
2.2519-2.39290.23511440.178222452389100
2.3929-2.57760.22381460.176322652411100
2.5776-2.83680.20851470.183622722419100
2.8368-3.24690.19351470.1822942441100
3.2469-4.08910.17711480.154622992447100
4.0891-30.08720.16491530.1572364251799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8511.4061-1.39552.8351-1.90797.1143-0.12160.041-0.39330.0020.08520.19210.5155-0.5520.04460.1715-0.02630.02130.1442-0.01860.2003-25.298322.8406-2.9654
22.3008-1.4113-2.04172.41581.10414.67710.07880.0470.077-0.2122-0.00930.0994-0.3065-0.2474-0.0650.1786-0.0054-0.04640.1599-0.01810.1567-23.446233.913-16.8778
35.17611.1743-0.5224.3406-0.11243.99060.06030.00860.01950.1936-0.07260.2837-0.2006-0.2739-0.01280.16190.0294-0.01540.1821-0.0130.1398-26.327734.0479-1.4654
46.0964-3.872.14534.6568-2.13042.5937-0.1947-0.7219-0.29380.24930.45390.6048-0.1445-0.5651-0.22460.26770.07320.04050.34690.04420.265-33.219939.768826.9014
55.23582.4157-3.33475.3912-1.04648.1948-0.1095-0.36530.40050.02050.04910.2714-0.3793-0.06880.0540.18390.0758-0.04830.2552-0.02320.26-38.418352.255917.1979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:34)A-1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 35:132)A35 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 133:160)A133 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 173:209)A173 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 210:246)A210 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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