PDB-4yo5: EAEC T6SS TssA-Cterminus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yo5

タイトル

EAEC T6SS TssA-Cterminus

要素

TssA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Type VI secretion system / TssA

機能・相同性

Type VI secretion system-associated, VCA0119 / Type VI secretion, EvfE, EvfF, ImpA, BimE, VC_A0119, VasJ / ImpA, N-terminal / ImpA, N-terminal, type VI secretion system / identical protein binding / ImpA N-terminal domain-containing protein / Type VI secretion protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli 042 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Durand, E. / Zoued, A. / Spinelli, S. / Douzi, B. / Brunet, Y.R. / Bebeacua, C. / Legrand, P. / Journet, L. / Mignot, T. / Cambillau, C. / Cascales, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Priming and polymerization of a bacterial contractile tail structure.
著者: Abdelrahim Zoued / Eric Durand / Yannick R Brunet / Silvia Spinelli / Badreddine Douzi / Mathilde Guzzo / Nicolas Flaugnatti / Pierre Legrand / Laure Journet / Rémi Fronzes / Tâm Mignot / ...
要旨: Contractile tails are composed of an inner tube wrapped by an outer sheath assembled in an extended, metastable conformation that stores mechanical energy necessary for its contraction. Contraction ...

履歴

登録	2015年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月14日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_conn Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yo5.cif.gz	596.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yo5.ent.gz	525 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4yo5_validation.pdf.gz	517.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yo5_full_validation.pdf.gz	564.3 KB	表示
XML形式データ	4yo5_validation.xml.gz	58.2 KB	表示
CIF形式データ	4yo5_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yo5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3282C 4yo3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4906 2igt-2 1g3k-1 1key-1 9391 5ovu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TssA

B: TssA

C: TssA

D: TssA

E: TssA

F: TssA

G: TssA

H: TssA

I: TssA

J: TssA

K: TssA

L: TssA

177 kDa, 12 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.280, 90.630, 120.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TssA 分子量: 14767.509 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 401-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 042 (大腸菌) / 遺伝子: EC55989_3324 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7LFT5, UniProt: D3GUX1*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 300 nL of protein at 4.7 mg/mL with 100 nL of 20% PEG 8000, 0.2M Calcium Acetate, 0.1 M MES pH 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→46.2 Å / Num. obs: 33982 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 111.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 3.35→3.45 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.35→46.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9211 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8913 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.504

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2597	1698	5 %	RANDOM
R_work	0.2248	-	-	-
obs	0.2265	33971	99.32 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 105.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3968 Å²	0 Å²	11.5407 Å²
2-	-	10.0991 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.7022 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.852 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.35→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12109	0	0	146	12255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	12253	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.17	16594	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4467	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		335	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1763	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12253	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.62
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1620	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14321	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.45 Å / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	145	4.99 %
R_work	0.2498	2761	-
all	0.2508	2906	-
obs	-	-	99.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1432	0.0438	-0.05	0	0.0917	0.0323	0.0029	-0.0005	-0.0044	0.0031	0.0024	0.0029	-0.0039	-0.0068	-0.0053	-0.0131	-0.0387	0.0069	0.0151	-0.0188	0.0107	-18.5224	39.4943	36.1005
2	0.0926	0.1424	0.2794	0.0977	0.1507	0.4027	0.0037	0.008	-0.0014	-0.0043	-0.0008	0.0034	-0.0161	-0.0213	-0.0029	0.0224	-0.0402	-0.0164	-0.0024	0.0045	-0.0102	-13.2022	41.4503	28.2531
3	0.1087	0.1665	0.0411	0.0452	0.1832	0.0125	-0.0003	0.011	-0.0005	0.0015	0.0027	0.0017	0.0056	-0.0017	-0.0024	0.0082	-0.0721	-0.0069	-0.0184	0.0181	-0.0006	-9.9103	45.6302	36.9845
4	-0.034	-0.2702	0.002	0.0178	-0.0219	0.7382	0.0039	-0.0019	-0.0034	-0.0004	0.0014	-0.0063	-0.0042	0.0081	-0.0053	0.0343	-0.0418	0.006	-0.0116	0.0171	-0.0223	-1.4623	48.8135	38.5802
5	-0.0299	0.441	0.4812	0.4039	1.0915	1.0073	-0.0029	0.0066	-0.006	0.004	0.0026	0.0021	0.0152	-0.0101	0.0003	0.05	-0.0631	-0.0146	-0.0143	0.0224	-0.0217	-3.2875	47.6501	47.365
6	0.2344	0.1249	-0.5287	0.1125	-0.4568	-0.2326	0.0025	0.0066	-0.0124	0.0039	0.01	-0.0059	0.0137	0.0237	-0.0125	0.0214	-0.0276	-0.018	-0.0018	0.0243	0.0003	5.8293	47.9343	51.2976
7	0.0913	0.0418	-0.1938	0	-0.1394	0.0241	-0.0008	0.0025	0.001	0.0061	0.0017	0.0026	0.0065	-0.0026	-0.0009	-0.0058	-0.0066	0.0154	0.0051	0.0143	0.0056	-4.1049	49.7086	58.9658
8	0.102	0.342	0.0432	0.0468	0.4122	0.0137	-0.0005	-0.0033	0.0011	0.0002	0.0024	0.0103	0.0117	0.0017	-0.0019	0.036	-0.0517	-0.0584	-0.023	-0.069	-0.0121	11.8985	33.7883	3.599
9	-0.0774	0.0847	0.3064	0.0984	0.4156	0.5431	0.0036	0.0191	0.0039	-0.0011	0.0075	0.0007	-0.0063	-0.0018	-0.0111	0.0283	0.001	-0.0456	-0.0126	-0.0619	-0.0184	18.6835	40.5888	3.3911
10	0.3026	0.384	0.3743	0.2723	0.4426	0.1451	0	0.0017	0.0001	-0.0011	0.0085	-0.0112	0.0002	0.0092	-0.0086	0.0579	-0.0423	-0.0858	-0.077	-0.0545	0.0115	12.9082	40.5321	11.6881
11	0.3707	0.639	0.2356	0.4002	0.1004	0.0849	0.0056	-0.0096	0.0026	0.0186	0.0067	-0.0028	0.002	0.0126	-0.0123	0.0403	-0.0254	-0.0864	-0.0395	-0.0371	0.005	14.9155	44.4632	19.6727
12	0.0047	0.5005	0.168	0.5984	1.1856	1.205	0.0019	0.0147	-0.0023	0.0078	0.0091	-0.0166	0.0062	-0.0153	-0.011	0.0797	-0.015	-0.0931	-0.0681	0.0021	-0.0124	9.1953	38.5561	23.3622
13	0.1914	0.6907	-0.0606	0.7539	-0.4041	0.1584	-0.0031	-0.0071	0.006	0.0003	0.0083	0.0049	0.0108	0.017	-0.0052	0.0664	-0.0168	-0.088	-0.0117	0.0266	-0.0218	11.8298	39.1916	32.9062
14	0.0962	0.2065	-0.0353	0.0909	0.0091	-0.0193	-0.0019	-0.0017	-0.0043	-0.0004	-0.001	0.0001	0.0044	0.0041	0.0029	0.009	-0.0372	-0.0087	0.0042	-0.0081	-0.001	0.4978	34.2255	30.2392
15	0.1936	0.0743	0.0259	0	0.0847	0.0023	0.0002	0.0011	-0.0009	-0.0005	0.0011	0.0044	0.0028	-0.0043	-0.0013	-0.0263	-0.0182	0.0132	0.0255	-0.0138	0.0163	-27.709	77.4698	45.322
16	0.1781	-0.0124	-0.3794	0	-0.0749	0.2253	-0.0005	-0.0056	-0.0016	0.0078	0.0014	0.0014	0.0193	-0.0007	-0.0009	-0.0239	-0.0096	0.0284	0.0216	-0.012	0.0039	-19.7121	79.5833	50.5014
17	0.3725	0.4258	-0.1152	0.008	0.0076	-0.0655	0.0018	-0.0126	0.007	-0.0015	-0.0033	0.0039	-0.0076	0.0018	0.0015	-0.0574	-0.0328	0.0334	0.023	-0.011	0.0422	-18.0849	76.5847	40.9899
18	0.4725	0.4841	0.2267	0.2599	0.1986	0.0749	0.0028	0.0079	0.0035	-0.0015	0.0066	-0.0089	-0.0019	0.0127	-0.0094	-0.0633	-0.0211	0.0168	0.0192	-0.012	0.0445	-10.4363	77.9024	36.0993
19	0.1431	0.4676	0.5658	0.0062	0.1722	0.6109	0.0055	-0.0105	0.0031	0.0024	-0.0022	0.0031	-0.0017	-0.0289	-0.0034	-0.0062	0.0025	-0.0466	0.0021	0.0152	-0.006	-15.9054	76.4377	28.6733
20	-0.3521	-0.0562	0.8717	0.0008	-0.4148	0.3851	0.0064	0.0057	0.003	-0.0054	0.0067	-0.0026	-0.0096	0.0116	-0.013	0.0062	0.0265	-0.0117	-0.0187	0.0354	-0.0095	-10.3682	80.1131	21.3346
21	-0.0001	0.084	0.0804	0	0.0017	0.035	0.001	-0.0014	0.0016	-0.0052	-0.0026	0.0019	-0.0029	-0.0047	0.0016	-0.0055	0.0063	-0.0086	0.0092	-0.0171	0.0021	-19.9805	73.148	18.1225
22	0.0036	0.0396	0.1946	0	0.4181	0.0824	-0.0023	0.0074	0.0022	-0.0034	0.0047	0.0011	0.0093	0.0008	-0.0024	-0.0002	-0.0183	-0.0135	0.013	-0.0317	0.0026	-19.5945	57.1655	6.1624
23	0.3959	0.6175	-0.009	0.254	-0.0277	-0.0216	-0.0025	-0.0048	-0.0077	0.0016	-0.0027	0.0034	0.0147	-0.0013	0.0052	0.0025	-0.0159	-0.0101	-0.0015	-0.0108	0.0217	-19.6688	58.4912	15.7596
24	-0.078	0.2313	0.3418	0.2377	0.2982	0.1483	-0.0015	0.0054	0.0028	0.0079	-0.0031	0.0121	0.009	-0.0114	0.0045	0.0364	-0.0011	-0.0592	0.0053	-0.0232	-0.0389	-11.0989	61.357	10.9091
25	-0.0416	-0.2986	0.0294	0.0009	0.3033	0.6497	-0.0013	-0.0076	0.0031	-0.0048	0.0018	-0.006	-0.0051	0.0216	-0.0006	0.0578	0.0608	-0.0717	-0.0015	0.0054	-0.0588	-4.4625	67.0441	14.3396
26	0.0544	0.1207	0.2917	0.2336	0.4363	0.6585	-0.0091	0.014	-0.0105	-0.0042	0.0053	-0.0031	0.0196	-0.0004	0.0038	0.0761	-0.0087	-0.1021	-0.0301	0.0736	-0.0572	-2.3439	68.7061	5.7365
27	-0.8879	-0.8378	1.9194	0.0276	0.072	1.7866	0.0042	-0.0176	0.0132	0.002	-0.0032	0.0044	-0.0023	0.0106	-0.001	0.0818	0.0203	-0.1305	-0.0128	0.0109	-0.0491	3.001	76.9214	6.5203
28	-0.0349	0.0328	0.0631	0	0.0896	0.1821	0	0.0053	0.0043	-0.0014	0.0009	0.0023	-0.0011	-0.0035	-0.0009	0.0196	-0.0082	-0.0148	0.0075	-0.0152	-0.0241	4.0544	70.1522	-4.1313
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81	0.5954	-0.0771	-0.7229	0.0536	-0.1279	0.1274	0.0025	0.0005	-0.0144	0.0084	0.0005	-0.0006	0.003	-0.0065	-0.003	-0.0449	0.033	0.0222	0.0308	-0.0667	0.0259	45.1047	68.5285	40.163
82	0.1542	-1.3736	-0.3975	0.289	1.0925	0.3164	0.006	0.0132	-0.0139	-0.005	0.0061	-0.0089	0.0021	0.0104	-0.0121	-0.0291	0.084	0.0187	0.0173	-0.1252	0	49.8815	62.0661	36.0268
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84	0.1144	-0.0695	-0.1169	0.0032	0.1116	-0.0434	0.0004	-0.0001	-0.0044	0.0048	0.0007	-0.0019	0.0084	0.0027	-0.0011	-0.0235	0.006	0.0134	0.0228	-0.0316	0.016	53.1988	53.914	28.1483

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|399 - A\|413}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|414 - A\|431}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|432 - A\|450}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|451 - A\|471}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|472 - A\|497}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|498 - A\|519}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|520 - A\|529}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|399 - B\|413}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|414 - B\|431}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|432 - B\|450}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|451 - B\|471}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|472 - B\|497}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|498 - B\|519}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|520 - B\|529}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|399 - C\|413}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{C\|414 - C\|431}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{C\|432 - C\|450}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{C\|451 - C\|471}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{C\|472 - C\|497}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{C\|498 - C\|519}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{C\|520 - C\|529}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{D\|399 - D\|413}
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{D\|414 - D\|431}
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{D\|432 - D\|450}
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{D\|451 - D\|471}
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{D\|472 - D\|497}
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{D\|498 - D\|519}
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{D\|520 - D\|529}
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{E\|399 - E\|413}
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{E\|414 - E\|431}
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{E\|432 - E\|450}
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{E\|451 - E\|471}
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{E\|472 - E\|497}
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{E\|498 - E\|519}
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{E\|520 - E\|529}
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{F\|399 - F\|413}
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{F\|414 - F\|431}
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{F\|432 - F\|450}
39	X-RAY DIFFRACTION	39	{F\|451 - F\|471}
40	X-RAY DIFFRACTION	40	{F\|472 - F\|497}
41	X-RAY DIFFRACTION	41	{F\|498 - F\|519}
42	X-RAY DIFFRACTION	42	{F\|520 - F\|529}
43	X-RAY DIFFRACTION	43	{G\|399 - G\|413}
44	X-RAY DIFFRACTION	44	{G\|414 - G\|431}
45	X-RAY DIFFRACTION	45	{G\|432 - G\|450}
46	X-RAY DIFFRACTION	46	{G\|451 - G\|471}
47	X-RAY DIFFRACTION	47	{G\|472 - G\|497}
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	{H\|414 - H\|431}
52	X-RAY DIFFRACTION	52	{H\|432 - H\|450}
53	X-RAY DIFFRACTION	53	{H\|451 - H\|471}
54	X-RAY DIFFRACTION	54	{H\|472 - H\|497}
55	X-RAY DIFFRACTION	55	{H\|498 - H\|519}
56	X-RAY DIFFRACTION	56	{H\|520 - H\|529}
57	X-RAY DIFFRACTION	57	{I\|399 - I\|413}
58	X-RAY DIFFRACTION	58	{I\|414 - I\|431}
59	X-RAY DIFFRACTION	59	{I\|432 - I\|450}
60	X-RAY DIFFRACTION	60	{I\|451 - I\|471}
61	X-RAY DIFFRACTION	61	{I\|472 - I\|497}
62	X-RAY DIFFRACTION	62	{I\|498 - I\|519}
63	X-RAY DIFFRACTION	63	{I\|520 - I\|529}
64	X-RAY DIFFRACTION	64	{J\|399 - J\|413}
65	X-RAY DIFFRACTION	65	{J\|414 - J\|431}
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