+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yni | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Iron free succinate bound rat cysteine dioxygenase | ||||||
![]() | Cysteine dioxygenase type 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / non-heme mono-iron / Cupin / succinate / iron free | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / : / lactation / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Iron free succinate bound rat cysteine dioxygenase 著者: Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 38.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4kwjS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24259.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SIN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: Hanging drops of 1 microL of 15 mg/mL WT-CDO (10mM sodiumphosphate, 20mM NaCl pH 7.5) and 3 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (25% (w/v) ...詳細: Hanging drops of 1 microL of 15 mg/mL WT-CDO (10mM sodiumphosphate, 20mM NaCl pH 7.5) and 3 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (25% (w/v) polyethylene glycol 1500, 13 mM succinate, 44 mM mono sodium phosphate, 44 mM glycine) and 0.6 microL WT-CDO seeds (grown in the reservoir buffer) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月2日 / 詳細: Osmic VariMax optics | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic VariMax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→41.89 Å / Num. obs: 15515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 85493 / Scaling rejects: 168 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KWJ 解像度: 2.404→41.89 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.03 Å2 / Biso mean: 39.297 Å2 / Biso min: 20.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.404→41.89 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
|