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万見
- PDB-4yni: Iron free succinate bound rat cysteine dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yni
タイトルIron free succinate bound rat cysteine dioxygenase
要素Cysteine dioxygenase type 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme mono-iron / Cupin / succinate / iron free
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to cAMP / response to amino acid / lactation / response to glucocorticoid / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Cysteine dioxygenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.404 Å
データ登録者Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Iron free succinate bound rat cysteine dioxygenase
著者: Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine dioxygenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4003
ポリマ－24,2591
非ポリマー1412
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.690, 57.690, 121.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I


分子量: 24259.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / プラスミド: pPR-IBA1/RatCDO/WT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: Hanging drops of 1 microL of 15 mg/mL WT-CDO (10mM sodiumphosphate, 20mM NaCl pH 7.5) and 3 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (25% (w/v) ...詳細: Hanging drops of 1 microL of 15 mg/mL WT-CDO (10mM sodiumphosphate, 20mM NaCl pH 7.5) and 3 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (25% (w/v) polyethylene glycol 1500, 13 mM succinate, 44 mM mono sodium phosphate, 44 mM glycine) and 0.6 microL WT-CDO seeds (grown in the reservoir buffer)

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月2日 / 詳細: Osmic VariMax optics
放射モノクロメーター: Osmic VariMax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.89 Å / Num. obs: 15515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 85493 / Scaling rejects: 168
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.4-2.498.60.7563.672668470.8680.275100
9-41.897.60.06117.116392150.9950.02299.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KWJ

4kwj


解像度: 2.404→41.89 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 779 5.14 %Random selection
Rwork0.175 14390 --
obs0.1776 15169 99.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.03 Å2 / Biso mean: 39.297 Å2 / Biso min: 20.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.404→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 9 87 1615
Biso mean--45.65 41.16 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0682171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.542593
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.404-2.55470.30711450.242423522497100
2.5547-2.75190.31271290.226824262555100
2.7519-3.02880.30291140.209724302544100
3.0288-3.46690.24351110.18972409252099
3.4669-4.36720.2151550.15662359251499
4.3672-41.89960.1441250.13612414253999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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