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- PDB-4ynh: Structure of the C. elegans SAS-5 Implico dimerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ynh
タイトルStructure of the C. elegans SAS-5 Implico dimerization domain
要素Spindle assembly abnormal protein 5
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SAS-5 / Centriole / Dimerization domain
機能・相同性centriole assembly / centriole replication / centrosome duplication / centriole / cytoplasm / Spindle assembly abnormal protein 5
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1 Å
データ登録者Rogala, K.B. / Vakonakis, I. / Hatzopoulos, G.N.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: The Caenorhabditis elegans protein SAS-5 forms large oligomeric assemblies critical for centriole formation.
著者: Rogala, K.B. / Dynes, N.J. / Hatzopoulos, G.N. / Yan, J. / Pong, S.K. / Robinson, C.V. / Deane, C.M. / Gonczy, P. / Vakonakis, I.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle assembly abnormal protein 5
B: Spindle assembly abnormal protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1452
ポリマ－13,1452
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.180, 36.290, 42.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Spindle assembly abnormal protein 5 / SAS-5


分子量: 6572.445 Da / 分子数: 2 / 断片: dimerization domain, UNP residues 210-265 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sas-5, F35B12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20010
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.4, 10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.1 M carboxylic acids mixture

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→42.235 Å / Num. all: 44263 / Num. obs: 44263 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 6.78 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.108 / Net I/av σ(I): 2.588 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 305514
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1-1.056.80.7630.84332363640.3140.7634.298.3
1.05-1.126.90.4341.54159460170.1770.4346.298.7
1.12-1.26.90.272.43951957300.110.278.499.2
1.2-1.296.90.23.43715653650.0820.21099.5
1.29-1.416.90.1494.63396449050.0610.14911.699.9
1.41-1.586.90.1016.63118744930.0410.10114.7100
1.58-1.836.80.0946.72692639430.0390.09417.2100
1.83-2.246.70.078.82239733650.0290.0720.6100
2.24-3.167.20.068.91881626050.0240.0624.7100
3.16-18.4867.20.0945.11063214760.0380.09426.599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1→18.486 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1491 2232 5.04 %
Rwork0.1281 42016 -
obs0.1291 44248 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.71 Å2 / Biso mean: 11.6337 Å2 / Biso min: 2.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→18.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 0 124 1019
Biso mean---23.53 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1521420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.549420
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1-1.02170.18041270.18172559268698
1.0217-1.04550.20851630.15812584274798
1.0455-1.07170.15641530.13372558271198
1.0717-1.10060.1331210.12562614273599
1.1006-1.1330.14211430.11582620276399
1.133-1.16960.13271390.10952595273499
1.1696-1.21140.13741150.10722627274299
1.2114-1.25990.12481370.098326282765100
1.2599-1.31720.11891330.101726332766100
1.3172-1.38660.12281450.102526322777100
1.3866-1.47340.1351450.108726302775100
1.4734-1.58710.13331540.109226262780100
1.5871-1.74680.14581330.121926612794100
1.7468-1.99930.14971440.136126512795100
1.9993-2.51780.14511300.139826842814100
2.5178-18.48880.1731500.145127142864100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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