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- PDB-4yn1: THE ATOMIC STRUCTURE OF ANOMALA CUPREA ENTOMOPOXVIRUS (ACEPV) FUS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yn1
タイトルTHE ATOMIC STRUCTURE OF ANOMALA CUPREA ENTOMOPOXVIRUS (ACEPV) FUSOLIN SPINDLES
要素Fusolin
キーワードVIRAL PROTEIN / INTRACELLULAR PROTEIN MICRO-CRYSTAL / CHITIN-B DOMAIN / STRUCTURAL PROTEIN / N-GLYCOSYLATION
機能・相同性Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Immunoglobulin E-set / Fusolin
機能・相同性情報
生物種Anomala cuprea entomopoxvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chiu, E. / Bunker, R.D. / Metcalf, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the enhancement of virulence by viral spindles and their in vivo crystallization.
著者: Chiu, E. / Hijnen, M. / Bunker, R.D. / Boudes, M. / Rajendran, C. / Aizel, K. / Olieric, V. / Schulze-Briese, C. / Mitsuhashi, W. / Young, V. / Ward, V.K. / Bergoin, M. / Metcalf, P. / Coulibaly, F.
履歴
登録2015年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _software.classification
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2746
ポリマ－41,4391
非ポリマー8355
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Fusolin
ヘテロ分子

A: Fusolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,54712
ポリマ－82,8782
非ポリマー1,67010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area8230 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.887, 71.887, 127.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-564-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fusolin


分子量: 41438.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Anomala cuprea entomopoxvirus (ウイルス)
参照: UniProt: O70709
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 26

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell / pH: 7
詳細: NATURALLY OCCURRING INTRACELLULAR FUSOLIN MICRO-CRYSTALS WERE PURIFIED FROM EPV-INFECTED LARVAE OF ANOMALA CUPREA MOTHS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→62.68 Å / Num. obs: 27160 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 18.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELXDE位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BEM

2bem


解像度: 1.9→62.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.114 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 1324 4.99 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 25222 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1184 Å20 Å20 Å2
2--0.1184 Å20 Å2
3----0.2368 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.153 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→62.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 0 55 209 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014241HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.047633HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d881SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4241HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd8SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion291SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4854SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1795 131 4.61 %
Rwork0.1687 2713 -
all0.1692 2844 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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