ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (phenix.refine: 1.7.2_869)精密化 | Aimless | | データスケーリング | |
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精密化 | 解像度: 2.4→21.487 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2672 | 692 | 4.99 % |
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Rwork | 0.2279 | - | - |
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obs | 0.2298 | 13873 | 93.11 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.3 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.0691 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 2.0691 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.1383 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.487 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2048 | 0 | 0 | 21 | 2069 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 2090 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.368 | 2843 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.616 | 795 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.085 | 326 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.012 | 371 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.4-2.5853 | 0.3326 | 123 | 0.2954 | 1932 | X-RAY DIFFRACTION | 70 | 2.5853-2.8449 | 0.3259 | 158 | 0.2618 | 2658 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 2.8449-3.2554 | 0.3231 | 134 | 0.2669 | 2809 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2554-4.0968 | 0.2587 | 138 | 0.2284 | 2849 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.0968-21.4883 | 0.2185 | 139 | 0.193 | 2933 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 73.4759 Å / Origin y: 45.8617 Å / Origin z: 5.5007 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1409 Å2 | -0.0435 Å2 | -0.0284 Å2 | - | 0.3025 Å2 | 0.0493 Å2 | - | - | 0.1611 Å2 |
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L | 2.9133 °2 | 1.299 °2 | -0.8032 °2 | - | 1.0376 °2 | -0.6117 °2 | - | - | 0.6783 °2 |
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S | -0.1136 Å ° | 0.4242 Å ° | 0.2251 Å ° | 0.0192 Å ° | 0.0406 Å ° | 0.0462 Å ° | -0.0852 Å ° | 0.0224 Å ° | 0.0391 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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