PDB-4ymp: Crystal structure of the Bacillus anthracis Hal NEAT domain in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ymp

タイトル

Crystal structure of the Bacillus anthracis Hal NEAT domain in complex with heme

要素

Internalin

キーワード

Heme-Binding Protein / Heme Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Torres, R. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Bacillus anthracis Hal NEAT domain in complex with heme
著者: Torres, R. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2015年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ymp.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ymp.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ymp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ymp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ymp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4ymp_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	4ymp_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ymp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ymp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tp5-d 6l7z-d 2k2b-d 6bs9-2 1rxe-d 6ufw-d 6d5b-3 2cdo-4 2n7c-d 5yyx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Internalin

C: Internalin

ヘテロ分子

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Internalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Internalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.850, 84.850, 178.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	VAL	VAL	chain A	A	A	10 - 128	12 - 130
2	ASP	ASP	chain C	C	B	12 - 128	14 - 130

#1: タンパク質	Internalin 分子量: 15162.348 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: HYU01_03010 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: A0A075KLA4, UniProt: A0A1C7D116*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis Tris pH 5.5, 21% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月17日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→89.14 Å / Num. obs: 7129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 3.15→3.37 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→46.206 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.326	709	10 %	Random selection
R_work	0.2755	6378	-	-
obs	0.2808	7087	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.02 Å² / B_iso mean: 111.5774 Å² / B_iso min: 57.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.15→46.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1788	0	86	0	1874
B_iso mean	-	-	100.68	-	-
残基数	-	-	-	-	215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	2600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.963	703

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	916	X-RAY DIFFRACTION	11.831	TORSIONAL
1	2	C	916	X-RAY DIFFRACTION	11.831	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
3.1501-3.3933	0.3619	137	0.3508	1226	1363
3.3933-3.7346	0.3793	136	0.3226	1238	1374
3.7346-4.2747	0.3455	139	0.2951	1253	1392
4.2747-5.3844	0.2823	143	0.2402	1270	1413
5.3844-46.2105	0.3259	154	0.2658	1391	1545

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8302	-1.188	0.8865	9.3621	-3.0957	5.6179	-0.5091	-0.2375	-0.3596	-0.802	0.1682	-0.1914	0.8697	0.0991	0.592	0.9476	0.1106	0.1938	0.7147	-0.072	0.8372	-7.673	20.3768	64.9717
2	9.7717	-0.8052	-2.0443	5.5546	-0.1749	8.1669	-0.2635	-0.1194	-0.4532	-0.1731	0.0896	-0.2135	-0.1511	0.3091	0.4069	0.8539	0.0424	-0.1519	0.4057	0.0415	0.901	-7.9709	30.002	72.4262
3	4.1989	4.765	-3.9925	7.1444	-1.6853	7.5632	0.0619	-0.8543	0.317	0.9108	-0.1504	0.218	0.1919	0.5741	0.0338	0.9433	0.0711	-0.0504	0.55	0.1535	0.9901	-12.0044	26.4725	73.5069
4	8.709	4.4784	-5.4049	5.4842	-4.6835	4.2502	-0.658	-0.4797	-0.6106	-0.0067	-0.2347	-0.8462	1.2985	0.6449	1.0013	0.9324	0.124	-0.0062	0.4944	-0.0085	0.917	-5.8752	21.4104	67.8682
5	2.9908	0.4074	0.2375	2.103	-2.7778	3.8629	0.2625	-0.9169	-0.7469	-0.4748	-0.071	-0.5562	0.6773	0.4865	0.2177	1.6699	-0.0413	-0.0416	0.4633	0.0724	1.23	-21.469	-5.5162	81.2121
6	3.1825	4.5633	0.2989	8.2774	2.0938	5.8167	-0.4544	-0.1755	-0.1236	-0.3331	-0.7355	0.5861	1.5914	-1.2873	-0.1205	1.7518	-0.3287	0.1447	0.7688	-0.043	0.9283	-27.9107	-5.0479	68.7493
7	2.0134	0.9101	0.6308	3.0204	-2.1977	2.491	0.5473	1.3012	-1.254	-0.9489	-0.1158	-0.4037	2.1419	1.5857	0.4981	1.8936	0.2776	-0.2073	0.2023	-0.0462	1.3919	-19.9266	-5.6545	75.8136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 35 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 73 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 111 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 128 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 12 through 51 )	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 52 through 84 )	C
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 85 through 128 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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