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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ymc | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(CCGGATCCGG)2 | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / ruthenium / complex / intercalation | 機能・相同性 | : / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Gurung, S.P. / Hall, J.P. / Cardin, C.J. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Reversal of a single base pair step controls guanine photo-oxidation by an intercalating Ru(II) dipyridophenazine complex. 著者: Keane, P.M. / Gurung, S.P. / Niyazi, H. / Poynton, F.E. / Hall, J.P. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Teixeira, S. / Mitchell, E. / Forsyth, T. / Gunnlaugsson, T. / Quinn, S.J. / Cardin, C.J. / Kelly, J.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 772.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-BA / |
#3: 化合物 | ChemComp-RKL / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: The crystals were grown, using the sitting drop method, by adding 1 uL of 2mM d(CCGGATCCGG) and 1 uL 4 mM rac-[Ru(TAP)2(dppz)].2Cl to 6 uL of a solution containing 10% (v/v) 2-methyl-2,4- ...詳細: The crystals were grown, using the sitting drop method, by adding 1 uL of 2mM d(CCGGATCCGG) and 1 uL 4 mM rac-[Ru(TAP)2(dppz)].2Cl to 6 uL of a solution containing 10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 12 mM spermine-tetraHCL, 20mM BaCl2, 80mM KCl and 40 mM Na-cacodylate pH 7. This was equilibrated, at 18 C, against 500 uL 2-methyl-2,4-pentanediol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→33.83 Å / Num. obs: 3423 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.469 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.88→33.83 Å
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拘束条件 |
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