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- PDB-4ylm: Structure of PvcB, an Fe, alpha-ketoglutarate dependent oxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ylm
タイトルStructure of PvcB, an Fe, alpha-ketoglutarate dependent oxygenase from an isonitrile synthetic pathway
要素Pyoverdine biosynthesis protein PvcB
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxygenase / Fe/a-ketoglutarate
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine isonitrile desaturase / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine isonitrile desaturase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhu, J. / Lippa, G.M. / Gulick, A.M. / Tipton, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1158169 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Examining Reaction Specificity in PvcB, a Source of Diversity in Isonitrile-Containing Natural Products.
著者: Zhu, J. / Lippa, G.M. / Gulick, A.M. / Tipton, P.A.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Pyoverdine biosynthesis protein PvcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6584
ポリマ－33,3811
非ポリマー2763
水2,702150
1
X: Pyoverdine biosynthesis protein PvcB
ヘテロ分子

X: Pyoverdine biosynthesis protein PvcB
ヘテロ分子

X: Pyoverdine biosynthesis protein PvcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,97312
ポリマ－100,1443
非ポリマー8299
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
2
X: Pyoverdine biosynthesis protein PvcB
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,94724
ポリマ－200,2896
非ポリマー1,65818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area19500 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area62330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.950, 124.950, 107.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-463-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pyoverdine biosynthesis protein PvcB


分子量: 33381.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (PAK) (緑膿菌)
株: PAK / 遺伝子: PAK_03057, Y880_0112155 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S0I3V6, UniProt: A0A0M3KL23*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M BTP pH 7.5, 5% PEG 20000, 0.1 M sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0323 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→40.9 Å / Num. all: 32890 / Num. obs: 32890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EAT

3eat


解像度: 2.05→40.9 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 1606 5.1 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1889 31489 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.293 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9146 Å2-0 Å20 Å2
2---5.9146 Å2-0 Å2
3---11.8292 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 18 150 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0553108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.934840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11620.22181630.21032643X-RAY DIFFRACTION100
2.1162-2.19180.25531230.1982689X-RAY DIFFRACTION100
2.1918-2.27960.22761400.1952664X-RAY DIFFRACTION100
2.2796-2.38330.26131250.18842684X-RAY DIFFRACTION100
2.3833-2.5090.22881500.19662672X-RAY DIFFRACTION100
2.509-2.66610.21921230.1892711X-RAY DIFFRACTION100
2.6661-2.87190.23281590.19472688X-RAY DIFFRACTION100
2.8719-3.16080.19821590.19042701X-RAY DIFFRACTION100
3.1608-3.6180.20161550.18352720X-RAY DIFFRACTION100
3.618-4.55730.19591460.16482778X-RAY DIFFRACTION100
4.5573-40.90.24011630.19792933X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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