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万見
- PDB-4yl6: Crystal structure of truncated cerebral cavernous malformation 2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yl6
タイトルCrystal structure of truncated cerebral cavernous malformation 2 C-terminal adaptor domain in complex with an internal helix of mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
要素
  • Malcavernin
  • Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
キーワードPROTEIN BINDING / adaptor-partner complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / pericardium development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / positive regulation of p38MAPK cascade ...endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / pericardium development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / blood vessel development / negative regulation of cellular senescence / inner ear development / MAP kinase kinase kinase activity / vasculogenesis / regulation of angiogenesis / stress-activated MAPK cascade / integrin-mediated signaling pathway / multicellular organism growth / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / heart development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain ...Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / PTB/PI domain / PH-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 / Cerebral cavernous malformations 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, X. / Wang, D.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Chinese Ministry of Science and Technology 973 program2011CB910304 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into the Molecular Recognition between Cerebral Cavernous Malformation 2 and Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3
著者: Wang, X. / Hou, Y. / Deng, K. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Ding, J.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malcavernin
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8972
ポリマ－13,8972
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.210, 61.210, 68.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Malcavernin / Cerebral cavernous malformations 2 protein


分子量: 11302.810 Da / 分子数: 1
断片: truncated fragment of C-terminal adaptor domain, UNP residues 290-376
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCM2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BSQ5
#2: タンパク質・ペプチド Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 / MAPK/ERK kinase kinase 3 / MEKK 3


分子量: 2593.955 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-22 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99759
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.78 Å / Num. obs: 8073 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YKD

4ykd


解像度: 2.1→45.78 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 370 4.6 %Random
Rwork0.2033 ---
obs0.2049 8036 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.954 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2116 Å2-0 Å20 Å2
2---4.2116 Å2-0 Å2
3---8.4233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数858 0 0 70 928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6361170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.001328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.40390.27021250.20642440X-RAY DIFFRACTION98
2.4039-3.02850.23411230.20512533X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-45.79460.2291220.20162693X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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