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万見
- PDB-4ykc: Crystal structure of cerebral cavernous malformation 2 C-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ykc
タイトルCrystal structure of cerebral cavernous malformation 2 C-terminal adaptor domain
要素Malcavernin
キーワードPROTEIN BINDING / adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / inner ear development / regulation of angiogenesis / vasculogenesis ...endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / inner ear development / regulation of angiogenesis / vasculogenesis / stress-activated MAPK cascade / integrin-mediated signaling pathway / multicellular organism growth / heart development / in utero embryonic development / protein-containing complex / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / PTB/PI domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cerebral cavernous malformations 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, X. / Wang, D.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Chinese Ministry of Science and Technology 973 program2011CB910304 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into the Molecular Recognition between Cerebral Cavernous Malformation 2 and Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3
著者: Wang, X. / Hou, Y. / Deng, K. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Ding, J.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malcavernin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6771
ポリマ－18,6771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)113.300, 113.300, 102.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Malcavernin / Cerebral cavernous malformations 2 protein


分子量: 18676.973 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal adaptor domain, UNP residues 290-444 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCM2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BSQ5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 45% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.41 Å / Num. all: 9435 / Num. obs: 9435 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 62.77 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→43.187 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2667 451 4.79 %Random
Rwork0.219 ---
obs0.2212 9422 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.347 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5078 Å2-0 Å20 Å2
2---3.5078 Å2-0 Å2
3---7.0157 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数844 0 0 0 844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7011153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-3.09070.35711580.29612923X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.89350.23941470.21522968X-RAY DIFFRACTION100
3.8935-43.19270.25861460.20363080X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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