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万見
- PDB-4yj0: Crystal structure of the DM domain of human DMRT1 bound to 25mer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yj0
タイトルCrystal structure of the DM domain of human DMRT1 bound to 25mer target DNA
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / Protein-DNA Complex / double Zn-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


male sex differentiation / Sertoli cell differentiation / regulation of nodal signaling pathway / negative regulation of meiotic nuclear division / male germ cell proliferation / positive regulation of meiosis I / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / Sertoli cell development ...male sex differentiation / Sertoli cell differentiation / regulation of nodal signaling pathway / negative regulation of meiotic nuclear division / male germ cell proliferation / positive regulation of meiosis I / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / Sertoli cell development / germ cell migration / male sex determination / meiosis I / female germ cell nucleus / oocyte development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of mitotic nuclear division / cell morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1-like / Double-sex mab3 related transcription factor 1 / DM DNA-binding domain / DMRT family / DM DNA-binding domain superfamily / DM DNA binding domain / DM DNA-binding domain signature. / DM DNA-binding domain profile. / Doublesex DNA-binding motif
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.814 Å
データ登録者Murphy, M.W. / Lee, J.K. / Rojo, S. / Gearhart, M.D. / Kurahashi, K. / Banerjee, S. / Loeuille, G. / Bashamboo, A. / McElreavey, K. / Zarkower, D. ...Murphy, M.W. / Lee, J.K. / Rojo, S. / Gearhart, M.D. / Kurahashi, K. / Banerjee, S. / Loeuille, G. / Bashamboo, A. / McElreavey, K. / Zarkower, D. / Aihara, H. / Bardwell, V.J.
資金援助 米国, フランス, 7件
組織認可番号国
National Institutes of HealthGM59152 米国
National Institutes of HealthGM50399 米国
National Institutes of HealthAI087098 米国
National Institutes of HealthGM095558 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)P41 GM103403 米国
COSAction DSDnet BM1303 フランス
Institut PasteurProgram Blanc Assistance Publique フランス
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: An ancient protein-DNA interaction underlying metazoan sex determination.
著者: Murphy, M.W. / Lee, J.K. / Rojo, S. / Gearhart, M.D. / Kurahashi, K. / Banerjee, S. / Loeuille, G.A. / Bashamboo, A. / McElreavey, K. / Zarkower, D. / Aihara, H. / Bardwell, V.J.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info ...pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1
B: Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1
C: Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1
D: DNA (25-MER)
E: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,20811
ポリマ－39,8165
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.185, 138.926, 141.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Doublesex- and mab-3-related transcription factor 1 / DM domain expressed in testis protein 1


分子量: 8153.620 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 70-131 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SPRLPKCARCRNHGYASPLKGHKRFCMWRDCQCKKCNLIAERQRVMAAQVALRRQQAQEEEL
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMRT1, DMT1 / プラスミド: peSUMOPRO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5R6
#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7703.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7650.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BitsTris pH 7.5, 10% MPD, 7-11% PEG 3350, 10uM zinc chloride
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.23 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月13日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.814→49.897 Å / Num. all: 8170 / Num. obs: 8170 / % possible obs: 98.59 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 128.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.81→4.05 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1801精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
RESOLVE位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.814→34.731 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3.87 / 位相誤差: 31.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 809 9.9 %Random selection
Rwork0.2289 ---
obs0.2323 8170 98.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.814→34.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1509 1019 6 0 2534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8953803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2891111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.021348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8137-4.05230.39361240.3561135X-RAY DIFFRACTION94
4.0523-4.36470.32781340.30331224X-RAY DIFFRACTION100
4.3647-4.80290.28981350.26761223X-RAY DIFFRACTION100
4.8029-5.49550.29241360.26111250X-RAY DIFFRACTION100
5.4955-6.91480.28821410.23511247X-RAY DIFFRACTION100
6.9148-34.73290.18851390.15921282X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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