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- PDB-4yif: Crystal structure of Rv0880 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yif
タイトルCrystal structure of Rv0880
要素MarR family protein Rv0880
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MarR family / repressor / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv0880
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Gao, Y.R. / Feng, N. / Li, D.F. / Bi, L.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2011CB910302 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the MarR family protein Rv0880 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gao, Y.R. / Feng, N. / Chen, T. / Li, D.F. / Bi, L.J.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family protein Rv0880
B: MarR family protein Rv0880
C: MarR family protein Rv0880
D: MarR family protein Rv0880
E: MarR family protein Rv0880
F: MarR family protein Rv0880


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1996
ポリマ－107,1996
非ポリマー00
水9,530529
1
A: MarR family protein Rv0880
B: MarR family protein Rv0880


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7332
ポリマ－35,7332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
2
C: MarR family protein Rv0880
D: MarR family protein Rv0880


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7332
ポリマ－35,7332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
3
E: MarR family protein Rv0880
F: MarR family protein Rv0880


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7332
ポリマ－35,7332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.970, 69.600, 70.320
Angle α, β, γ (deg.)103.71, 111.06, 105.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
MarR family protein Rv0880


分子量: 17866.420 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0880, MTCY31.08 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P9WMF1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M HEPES, 5%(V/V) Hexylene Glycol ,12%(W/V) PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.2 Å / Num. obs: 55124 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 8.6 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HR3

2hr3


解像度: 2.002→37.108 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 2793 5.08 %Random
Rwork0.212 ---
obs0.2139 54971 94.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→37.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6181 0 0 529 6710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2228436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3582420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451017
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.002-2.03650.32161350.28212443X-RAY DIFFRACTION88
2.0365-2.07360.28351350.26392496X-RAY DIFFRACTION91
2.0736-2.11340.30911590.24812596X-RAY DIFFRACTION92
2.1134-2.15660.30161290.25292497X-RAY DIFFRACTION92
2.1566-2.20350.27091530.25142586X-RAY DIFFRACTION93
2.2035-2.25470.41181350.34482513X-RAY DIFFRACTION91
2.2547-2.31110.34711460.29892494X-RAY DIFFRACTION91
2.3111-2.37360.25511300.2352592X-RAY DIFFRACTION93
2.3736-2.44340.29171160.22492631X-RAY DIFFRACTION94
2.4434-2.52220.26331470.22332611X-RAY DIFFRACTION94
2.5222-2.61240.22961560.2232630X-RAY DIFFRACTION94
2.6124-2.71690.261340.23272608X-RAY DIFFRACTION95
2.7169-2.84050.29921240.24042629X-RAY DIFFRACTION95
2.8405-2.99020.26081350.23182684X-RAY DIFFRACTION95
2.9902-3.17750.27641350.23412659X-RAY DIFFRACTION96
3.1775-3.42270.26731400.21662702X-RAY DIFFRACTION96
3.4227-3.76680.24121590.19962640X-RAY DIFFRACTION96
3.7668-4.31120.19121380.16722713X-RAY DIFFRACTION97
4.3112-5.42890.19251490.17082721X-RAY DIFFRACTION98
5.4289-37.11440.19451380.15932733X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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