PDB-4yhu: Yeast Prp3 C-terminal fragment 296-469

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yhu

タイトル

Yeast Prp3 C-terminal fragment 296-469

要素

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Spliceosomal protein / DUF1115 / ferredoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

U4/U6 snRNP / U4 snRNP / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Liu, S. / Wahl, M.C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: A composite double-/single-stranded RNA-binding region in protein Prp3 supports tri-snRNP stability and splicing.
著者: Liu, S. / Mozaffari-Jovin, S. / Wollenhaupt, J. / Santos, K.F. / Theuser, M. / Dunin-Horkawicz, S. / Fabrizio, P. / Bujnicki, J.M. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2015年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site_gen.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yhu.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yhu.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yhu_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yhu_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	4yhu_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	4yhu_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yhvC 4yhwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ywu-d 5euh-3 2mv2-d 3qzm-1 6d48-4 1k6k-d 5jiz-d 3qzp-2 5meb-2 2iwr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

B: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

C: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

ヘテロ分子

63.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.663, 161.205, 105.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / Prp3 分子量: 21038.348 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 296-469 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PRP3, RNA3, YDR473C, D8035.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03338
#2: 化合物	ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION 分子量: 88.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 % 解説: 0.02 M yittrium (III) chloride hexahydrate or 0.02 M praseodymium (III) acetate hydrate 0.08 M succinic acid, pH 7.0 13 % PEG 3350
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20036 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 24.96
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 5.95 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 25.673 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26241	1032	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20663	-	-	-
obs	0.20946	18932	95.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.411 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3175	0	4	97	3276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.94	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.884	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.91	24.545	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.643	15	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.24	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.377	1.5	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.757	2	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.252	3	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.081	4.5	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.427	55	-
R_work	0.37	1146	-
obs	-	-	80.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7468	-0.08	-0.0527	4.683	-0.784	6.6073	0.3776	-0.113	0.2004	0.2512	-0.2711	-0.4444	0.1039	0.7585	-0.1066	0.1401	-0.0529	0.0202	0.1589	-0.0967	0.1635	51.069	18.735	7.397
2	2.4307	-0.8056	-0.6596	2.2115	-1.6137	6.4181	0.1345	0.011	-0.1563	-0.2718	-0.0534	-0.0892	0.7297	0.2535	-0.0811	0.1703	0.0017	-0.0307	0.09	-0.0626	0.0962	47.518	12.332	8.488
3	9.5986	2.0657	1.5377	5.0811	0.7402	12.7344	0.2193	-0.0759	1.2839	0.4236	-0.5048	0.1288	-0.7086	-0.3114	0.2855	0.2097	-0.0262	0.0958	0.0666	-0.0834	0.3043	45.661	29.78	6.376
4	5.6691	-0.3091	-0.1581	5.3712	1.0616	5.9006	-0.2451	-0.0459	-0.2607	-0.1653	0.2797	0.1167	-0.0211	-0.0721	-0.0346	0.1144	0.1147	0.0886	0.195	0.0763	0.1004	35.653	23.209	-17.537
5	2.7219	-7.5524	0.8072	20.8367	-1.1128	3.7856	-0.1318	-0.244	-0.6021	0.2687	0.2157	1.4019	0.8946	-0.5801	-0.0839	0.3382	0.0369	0.1606	0.4037	0.1738	0.4169	30.931	10.802	-14.873
6	7.3779	-2.9633	-1.0846	5.9084	-0.7794	8.2019	-0.495	-0.8765	0.1597	0.6251	0.4945	0.356	-0.8217	-0.6963	0.0005	0.2711	0.2777	0.1019	0.3837	0.0579	0.1383	31.696	30.598	-6.301
7	9.9346	-5.6577	-0.1556	12.0938	-1.7763	5.7828	1.0659	1.1084	-0.6624	-2.1366	-1.1403	-0.0152	0.1455	0.707	0.0744	0.6255	0.4519	-0.0473	0.4608	-0.0737	0.357	21.692	44.432	-22.082
8	12.0488	-3.8574	4.1464	6.806	-2.3947	5.8205	1.3603	2.0881	0.5299	-2.0913	-0.9761	-0.1171	-0.2938	0.5223	-0.3843	1.0947	0.5672	0.1438	0.7569	0.0386	0.4389	19.17	49.825	-24.648
9	10.2371	-5.5072	-0.642	12.8079	0.4568	5.6545	0.5249	0.2735	-1.2926	-0.5583	-0.5817	1.2201	0.1524	-0.1604	0.0568	0.2354	0.1863	-0.1368	0.1386	-0.0644	0.4865	15.705	41.664	-14.422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	335 - 375
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	376 - 430
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	431 - 467
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	335 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	407 - 428
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	429 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	335 - 373
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	374 - 404
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	405 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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