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- PDB-4yhd: Staphylococcal alpha-hemolysin H35A mutant monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhd
タイトルStaphylococcal alpha-hemolysin H35A mutant monomer
要素Alpha-hemolysin
キーワードTOXIN / monomer / immunoglobulin like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Sugawara, T. / Kato, K. / Tanaka, Y. / Yao, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS26102501 日本
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2015
タイトル: Structural basis for pore-forming mechanism of staphylococcal alpha-hemolysin
著者: Sugawara, T. / Yamashita, D. / Kato, K. / Peng, Z. / Ueda, J. / Kaneko, J. / Kamio, Y. / Tanaka, Y. / Yao, M.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22018年3月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hemolysin
B: Alpha-hemolysin
C: Alpha-hemolysin
D: Alpha-hemolysin
E: Alpha-hemolysin
G: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,81311
ポリマ－206,6366
非ポリマー1775
水00
1
A: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4752
ポリマ－34,4391
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4752
ポリマ－34,4391
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4391
ポリマ－34,4391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4752
ポリマ－34,4391
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4752
ポリマ－34,4391
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
G: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4752
ポリマ－34,4391
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.930, 128.910, 135.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin


分子量: 34439.293 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 27-319 / 変異: H35A, D208E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: hly, hla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium cacodylate. calcium chloride, supermine, 2-propanol, ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.13 Å / Num. obs: 61440 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.62 % / Net I/σ(I): 10

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.801→37.393 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 3070 5 %
Rwork0.215 --
obs0.2174 61414 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→37.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13499 0 5 0 13504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77718666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8655079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0312003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8009-2.84460.37970.31621845X-RAY DIFFRACTION68
2.8446-2.89130.3421080.29332054X-RAY DIFFRACTION75
2.8913-2.94110.31991200.28642280X-RAY DIFFRACTION81
2.9411-2.99460.32461300.27622476X-RAY DIFFRACTION91
2.9946-3.05210.34421430.27612725X-RAY DIFFRACTION98
3.0521-3.11440.3461450.26942739X-RAY DIFFRACTION100
3.1144-3.18210.33661440.2592749X-RAY DIFFRACTION100
3.1821-3.25610.3031450.25552743X-RAY DIFFRACTION100
3.2561-3.33740.35351450.26612762X-RAY DIFFRACTION100
3.3374-3.42760.33671450.24762748X-RAY DIFFRACTION100
3.4276-3.52840.27291430.22682728X-RAY DIFFRACTION100
3.5284-3.64220.27971470.21682795X-RAY DIFFRACTION100
3.6422-3.77230.25061450.21822742X-RAY DIFFRACTION100
3.7723-3.92310.25911450.20682760X-RAY DIFFRACTION100
3.9231-4.10150.24871450.19222756X-RAY DIFFRACTION100
4.1015-4.31740.22941450.182758X-RAY DIFFRACTION100
4.3174-4.58750.17081460.16142772X-RAY DIFFRACTION100
4.5875-4.94090.19811450.15642767X-RAY DIFFRACTION100
4.9409-5.43680.21941460.17382782X-RAY DIFFRACTION100
5.4368-6.22040.24451470.19982781X-RAY DIFFRACTION100
6.2204-7.82520.25691450.20672771X-RAY DIFFRACTION100
7.8252-37.39680.24351490.22512811X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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