[日本語] English
万見
- PDB-4yhb: Crystal structure of a siderophore utilization protein from T. fusca -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhb
タイトルCrystal structure of a siderophore utilization protein from T. fusca
要素Iron-chelator utilization protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Siderophore utilization
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Iron-chelator utilization protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca TM51 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8892 Å
データ登録者Li, K. / Bruner, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086570 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structure and Mechanism of the Siderophore-Interacting Protein from the Fuscachelin Gene Cluster of Thermobifida fusca.
著者: Li, K. / Chen, W.H. / Bruner, S.D.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Iron-chelator utilization protein
B: Iron-chelator utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,33710
ポリマ－61,1632
非ポリマー2,1758
水6,521362
1
A: Iron-chelator utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7876
ポリマ－30,5811
非ポリマー1,2055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Iron-chelator utilization protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5504
ポリマ－30,5811
非ポリマー9693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.541, 75.067, 73.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Iron-chelator utilization protein


分子量: 30581.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca TM51 (バクテリア)
遺伝子: TM51_09581 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: R9F6K7, UniProt: A0A0M3KL21*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: cuboid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.95 M ammonia sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 6.6 and 35% v/v 2-methyl-2, 4-pentanediol
PH範囲: 6.4 - 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.889→37.53 Å / Num. obs: 54927 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05742 / Rsym value: 0.06708 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.889→1.957 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 94.18

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDS10.5.8データ削減
Coot0.7モデル構築
PHASER2.1.2位相決定
Aimless0.5.4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GPJ

2gpj


解像度: 1.8892→36.744 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 2764 5.06 %Random selection
Rwork0.1888 ---
obs0.1903 54668 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8892→36.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4141 0 140 362 4643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3035983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5421587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8892-1.92180.46241420.44872270X-RAY DIFFRACTION87
1.9218-1.95670.38981200.33722593X-RAY DIFFRACTION99
1.9567-1.99430.27711340.22842632X-RAY DIFFRACTION100
1.9943-2.0350.22421110.20742648X-RAY DIFFRACTION100
2.035-2.07930.26151580.20052595X-RAY DIFFRACTION100
2.0793-2.12770.23491550.19782600X-RAY DIFFRACTION100
2.1277-2.18090.22521370.20672626X-RAY DIFFRACTION100
2.1809-2.23980.28961450.24172544X-RAY DIFFRACTION97
2.2398-2.30570.33381210.28092513X-RAY DIFFRACTION96
2.3057-2.38010.23081480.20122603X-RAY DIFFRACTION100
2.3801-2.46520.24121420.19772618X-RAY DIFFRACTION100
2.4652-2.56390.2471560.19632625X-RAY DIFFRACTION100
2.5639-2.68050.27931400.19642634X-RAY DIFFRACTION100
2.6805-2.82180.2391400.19782608X-RAY DIFFRACTION100
2.8218-2.99850.22451320.19972651X-RAY DIFFRACTION99
2.9985-3.22990.21391410.18852600X-RAY DIFFRACTION100
3.2299-3.55470.18031300.16852647X-RAY DIFFRACTION99
3.5547-4.06850.17531190.15182614X-RAY DIFFRACTION98
4.0685-5.12370.15521630.14172586X-RAY DIFFRACTION98
5.1237-36.75050.19081300.1652697X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る