PDB-4yh2: Glutathione Transferase E6 from Drosophila melanogaster

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yh2

タイトル

Glutathione Transferase E6 from Drosophila melanogaster

要素

Glutathione S transferase E6

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Drosophila

機能・相同性

機能・相同性情報

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ /

glutathione transferase activity / glutathione metabolic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Wongsantichon, J. / Robinson, R.C. / Ketterman, A.J.

引用

ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Epsilon glutathione transferases possess a unique class-conserved subunit interface motif that directly interacts with glutathione in the active site
著者: Wongsantichon, J. / Robinson, R.C. / Ketterman, A.J.

履歴

登録	2015年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yh2.cif.gz	375.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yh2.ent.gz	309.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yh2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4pnf-2 4png-d 4pnf-1 4pnf-4 3vwx-1 6n69-d 2vcw-1 5ywx-2 6f05-3 3ay8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S transferase E6

B: Glutathione S transferase E6

C: Glutathione S transferase E6

D: Glutathione S transferase E6

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glutathione S transferase E6

C: Glutathione S transferase E6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glutathione S transferase E6

D: Glutathione S transferase E6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.350, 58.860, 122.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 128.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glutathione S transferase E6 分子量: 25042.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: GstE6, CG17530, Dmel_CG17530 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A1ZB71, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG3350, Sodium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月20日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→96.44 Å / Num. obs: 105003 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		位相決定

精密化

解像度: 1.72→96.44 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1884	5247	5 %	Random selection
R_work	0.1571	99753	-	-
obs	0.1587	105000	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.07 Å² / B_iso mean: 25.5411 Å² / B_iso min: 8.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.72→96.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7040	0	80	979	8099
B_iso mean	-	-	23.1	34.68	-
残基数	-	-	-	-	881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	9904
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1123
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1261
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.658	2646

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.72-1.7395	0.3323	168	0.2479	3266	3434	100
1.7395-1.76	0.2693	167	0.2382	3292	3459	100
1.76-1.7815	0.2687	170	0.2328	3385	3555	100
1.7815-1.804	0.2482	180	0.223	3240	3420	100
1.804-1.8278	0.257	160	0.2217	3326	3486	100
1.8278-1.8528	0.2617	160	0.2035	3350	3510	100
1.8528-1.8793	0.273	164	0.2024	3306	3470	100
1.8793-1.9073	0.2245	154	0.2006	3356	3510	100
1.9073-1.9371	0.2406	204	0.1846	3286	3490	100
1.9371-1.9689	0.2081	181	0.1797	3275	3456	100
1.9689-2.0029	0.2198	157	0.1744	3344	3501	100
2.0029-2.0393	0.2094	182	0.1751	3303	3485	100
2.0393-2.0785	0.2155	175	0.1724	3339	3514	100
2.0785-2.1209	0.21	165	0.1714	3338	3503	100
2.1209-2.1671	0.2043	184	0.1593	3318	3502	100
2.1671-2.2175	0.1777	177	0.1534	3285	3462	100
2.2175-2.2729	0.195	176	0.1567	3365	3541	100
2.2729-2.3344	0.1898	184	0.1562	3253	3437	100
2.3344-2.4031	0.177	201	0.1505	3312	3513	100
2.4031-2.4807	0.2128	191	0.1537	3324	3515	100
2.4807-2.5693	0.1943	166	0.1485	3338	3504	100
2.5693-2.6722	0.2016	161	0.1613	3378	3539	100
2.6722-2.7938	0.1986	164	0.1716	3332	3496	100
2.7938-2.9411	0.1872	158	0.1674	3339	3497	100
2.9411-3.1254	0.2224	173	0.1627	3332	3505	100
3.1254-3.3667	0.1958	191	0.1622	3300	3491	99
3.3667-3.7056	0.1951	174	0.148	3346	3520	99
3.7056-4.2418	0.1371	190	0.1267	3331	3521	99
4.2418-5.3442	0.1348	192	0.1191	3367	3559	100
5.3442-96.5967	0.1449	178	0.1311	3427	3605	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1679	-0.157	-0.1021	0.1507	-0.0325	0.0718	-0.0007	-0.0229	0.1119	0.0611	0.0375	0.1064	-0.1436	-0.0704	0.002	0.1215	0.0123	0.0205	0.111	-0.0184	0.1652	-40.6388	-3.2408	25.1474
2	0.0032	-0.0256	0.0126	0.0203	-0.006	0.0031	0.0573	-0.2086	-0.0496	0.2074	0.1435	0.2612	-0.0006	-0.1983	-0.0002	0.2591	-0.0002	0.0644	0.2677	0.02	0.2089	-38.8082	-14.6113	36.7596
3	0.03	-0.0303	-0.0322	0.0491	-0.0072	0.0855	-0.0559	-0.0569	-0.1081	0.0117	-0.0006	0.1784	0.1328	-0.1242	-0	0.1506	-0.0154	0.0249	0.1655	-0.0136	0.1823	-38.8898	-14.467	25.8728
4	0.1473	0.0574	0.0265	0.4798	0.102	0.083	0.037	0.2727	-0.0485	-0.04	-0.0616	0.2034	0.0855	0.0482	-0.0214	0.1306	0.0087	-0.0237	0.2131	-0.0395	0.1428	-37.3379	-9.0064	10.4495
5	0.0637	0.039	-0.0198	0.1256	-0.0348	0.0195	0.0944	0.1773	0.0017	0.0165	-0.1	-0.002	-0.0488	0.0541	0.004	0.1344	0.0173	-0.0107	0.2002	0.0001	0.1179	-24.6223	-8.7759	10.848
6	0.0279	0.0119	0.0012	0.0689	0.0116	0.0224	-0.078	-0.0758	-0.0596	0.2152	0.0366	-0.0795	0.0554	-0.0177	-0.0025	0.2236	-0.0084	-0.025	0.1875	-0.022	0.1408	-20.0768	-3.6928	34.3988
7	0.0605	0.018	-0.0436	0.0363	0.001	0.026	0.0737	0.0257	0.1663	0.0585	-0.007	-0.2509	-0.0587	0.2781	0.0001	0.1612	-0.025	-0.0203	0.218	0.0072	0.2331	-13.4037	1.0075	21.8927
8	0.1087	-0.1406	0.0653	0.1677	-0.0624	0.0193	0.0159	0.1604	0.2922	0.0029	-0.0689	-0.0645	-0.0166	0.049	-0.0001	0.1417	-0.0141	-0.0023	0.1851	0.0452	0.2046	-23.3843	4.1668	15.6007
9	0.0351	0.0278	0.0935	0.1276	0.201	0.3691	-0.1102	0.1304	0.3811	0.0222	-0.0456	-0.0166	-0.2046	-0.0456	-0.0645	0.1773	0.0009	-0.0048	0.1474	0.0593	0.2671	-30.4387	8.9663	15.8346
10	0.0445	0.1022	-0.0844	0.2225	-0.2133	0.1625	-0.0751	-0.0415	0.3809	0.1946	0.1343	-0.0151	-0.1259	0.2185	0.0402	0.2286	0.0231	-0.0483	0.1884	-0.0899	0.2765	-24.0484	6.8772	34.4903
11	0.0181	-0.0324	0.0017	0.0479	0.0304	0.0301	0.0296	-0.0049	0.1321	-0.0318	0.0048	0.2328	-0.0567	-0.034	-0	0.1399	0.0142	-0.0099	0.128	0.0193	0.1553	13.716	7.8364	26.5699
12	0.1843	0.0451	-0.1935	0.1276	0.0862	0.5308	-0.0671	0.1428	0.079	-0.1393	0.0042	0.1707	-0.0399	-0.2793	-0.0276	0.1305	0.0095	-0.0343	0.2124	0.017	0.2053	8.5463	1.1111	21.1866
13	0.1419	-0.0654	-0.016	0.1718	0.004	0.0801	-0.0002	0.0559	0.1515	-0.0605	-0.0003	-0.0063	-0.0335	-0.0393	0	0.1436	-0.0069	-0.0136	0.147	0.0425	0.156	23.8756	6.8242	20.3559
14	0.0793	-0.176	0.0195	0.3365	0.1988	0.3322	-0.0129	0.0094	0.1178	0.0057	-0.0181	0.1106	0.0798	-0.1072	0.0001	0.1204	-0.0218	0.012	0.111	-0.0052	0.1048	19.2275	-5.6917	35.9426
15	0.068	-0.0679	-0.0014	0.049	0.0038	0.0503	-0.0285	-0.157	-0.1879	0.1869	0.0388	-0.1128	0.0447	0.0993	-0.0003	0.2268	0.0008	0.0337	0.156	0.0015	0.1425	22.4374	-5.8815	46.4295
16	0.0171	0.0082	0.0086	0.0006	-0.008	0.0168	-0.0935	0.0895	0.2099	0.0999	-0.0979	-0.2531	-0.2891	0.2197	0.0002	0.1918	-0.0315	-0.0419	0.1485	-0.011	0.1607	32.302	9.3172	39.3961
17	0.0112	0.0694	-0.0205	0.1046	0.0478	0.0489	-0.0216	0.0017	0.1484	0.0311	-0.0405	0.0274	-0.0099	-0.0984	0.0018	0.1475	-0.0216	0.0162	0.1236	-0.0209	0.1247	19.4231	3.1064	43.5464
18	0.0475	-0.0016	-0.0506	0.0755	0.0289	0.0548	0.049	-0.0529	0.082	0.1812	0.0293	0.1562	-0.1032	-0.0226	0.0003	0.1913	-0.0041	0.0299	0.1385	-0.0045	0.1641	20.0485	12.9387	40.7954
19	0.0243	-0.0027	-0.0408	0.0329	0.0508	0.0837	-0.0468	-0.0336	0.0244	0.0223	-0.0113	0.2252	0.0116	-0.2794	-0.0006	0.1858	-0.0002	0.0873	0.2479	-0.0191	0.3354	5.8965	-0.2589	43.383
20	0.0675	-0.0087	-0.0588	0.085	-0.0252	0.1663	0.0638	0.311	-0.1601	-0.0091	-0.2057	-0.0447	0.0865	0.1648	-0.2154	0.1522	0.0754	-0.0014	0.2659	-0.0688	0.0871	-13.4734	-22.9794	10.0308
21	0.0536	0.0703	-0.0837	0.0426	0.0578	0.0819	-0.0175	0.545	0.4457	0.1407	-0.4226	-0.5086	-0.063	0.6236	-0.1079	0.0748	0.0768	0.1117	0.4246	-0.057	-0.0746	-7.8256	-14.6771	8.9963
22	0.015	-0.021	-0.0035	0.0286	0.0119	0.0199	0.0471	0.2048	-0.0085	-0.099	-0.0181	0.1132	0.0377	0.1043	-0.0248	0.208	0.0132	0.0074	0.3535	0.0027	0.101	-15.8618	-13.3336	3.1428
23	0.0375	0.0006	0.0069	0.0468	0.0359	0.0357	0.1113	0.1514	-0.0091	0.0128	-0.1192	0.1463	0.0751	-0.0391	0.0001	0.1651	0.0391	-0.0287	0.2597	-0.0703	0.1359	-27.8048	-21.5147	6.548
24	0.0819	-0.2676	0.0603	0.2418	-0.0329	-0.0131	-0.0505	0.0509	0.0782	0.0337	-0.0698	0.0137	-0.0436	0.0748	-0.0008	0.13	-0.0136	-0.0058	0.1403	0.0036	0.0964	-18.3433	-15.7325	24.4939
25	0.0513	-0.0332	-0.0141	0.0522	-0.0477	0.0443	-0.0306	-0.2433	-0.0929	0.0795	-0.0171	0.0761	-0.0798	-0.0705	-0.0001	0.1987	0.0005	-0.011	0.167	0.0112	0.1445	-21.4638	-20.5574	34.1291
26	0.0646	0.042	-0.0347	0.191	0.0083	0.073	0.1106	0.0381	-0.2047	0.0037	-0.0523	0.0195	0.1425	0.0772	0.0003	0.1958	-0.0133	-0.0182	0.1533	-0.0149	0.1881	-23.7624	-28.1804	24.7884
27	0.0544	-0.0104	0.0572	-0.0099	0.0011	0.0554	0.0893	0.0089	-0.346	0.0425	-0.0445	0.0723	0.2111	0.149	0.0051	0.2392	0.0308	-0.0203	0.1816	-0.0558	0.2548	-20.4724	-34.2569	19.9173
28	0.0364	-0.0031	-0.0105	0.0918	-0.074	0.0461	0.1451	-0.0844	-0.1479	0.0106	-0.0801	-0.1983	0.0532	0.1659	-0.001	0.1776	0.0469	-0.0199	0.2222	-0.0089	0.1933	-5.4822	-24.5251	28.6851
29	0.0975	-0.0893	-0.0124	0.0732	-0.0253	0.0568	0.0405	0.0257	-0.0714	0.0895	-0.0472	-0.1162	-0.0372	0.0278	0.001	0.1423	-0.0172	-0.0053	0.093	0.0098	0.1656	41.2231	-14.732	28.4158
30	0.2239	-0.0413	0.0062	0.1129	0.0221	0.0314	0.043	-0.1838	-0.1405	0.1163	-0.0384	-0.2049	0.0238	0.0042	-0.0001	0.1911	-0.014	-0.0359	0.1909	0.0492	0.213	40.4855	-13.704	38.4407
31	0.1307	0.07	-0.0089	0.1831	0.0284	0.1085	-0.0214	0.0316	0.0928	0.032	-0.0164	-0.1467	-0.0431	0.0153	-0.0001	0.1372	-0.009	-0.0061	0.1086	0.0136	0.1364	39.8619	-4.2195	25.0165
32	0.2216	-0.0265	-0.0152	0.2101	0.1525	0.0664	0.0684	0.0372	-0.0154	0.1254	-0.0643	0.0302	-0.073	0.0365	-0.0069	0.1479	-0.0235	0.0034	0.0889	0.0016	0.1134	23.2643	-14.0559	30.6931
33	0.0454	-0.0139	0.034	0.054	-0.002	0.0147	-0.0188	0.0684	-0.0641	-0.0461	0.0767	0.2383	-0.0218	-0.2561	0.0006	0.1429	-0.0238	0.0143	0.1598	-0.0021	0.1709	14.6815	-18.9447	25.1536
34	0.0231	0.003	0.0132	0.0071	-0.0149	0.002	-0.0527	0.3622	0.1768	-0.2483	0.0056	0.0777	0.0005	-0.0277	-0.0001	0.2071	-0.0063	-0.0119	0.2446	-0.0008	0.1409	26.2203	-11.7517	10.9406
35	0.0005	0.0087	-0.0731	0.0092	0.001	0.0524	-0.0584	0.1156	-0.073	-0.0591	0.0514	-0.0825	0.0854	-0.0315	-0	0.1497	-0.0202	0.002	0.1432	-0.0158	0.1348	23.7489	-21.5792	21.8375
36	0.0979	-0.0763	0.0393	0.2478	0.0107	0.1539	0.0101	0.1042	-0.254	-0.0394	-0.0049	-0.0385	0.1095	-0.0216	-0.0005	0.1774	-0.0107	0.0043	0.1295	-0.0184	0.1856	29.2273	-25.7596	23.7461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 38 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 49 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 67 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 68 through 89 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 104 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 105 through 128 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 129 through 145 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 146 through 182 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 183 through 202 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 203 through 222 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 24 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 25 through 56 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 57 through 89 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 128 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 129 through 145 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 146 through 158 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 159 through 182 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 183 through 202 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 203 through 221 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 3 through 24 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 25 through 56 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 57 through 67 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 68 through 89 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 90 through 128 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 129 through 145 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 146 through 182 )	C
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 183 through 202 )	C
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 203 through 222 )	C
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 1 through 24 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 25 through 56 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 57 through 89 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 90 through 128 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 129 through 145 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 146 through 158 )	D
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 159 through 182 )	D
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 183 through 221 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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