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万見
- PDB-4ygx: Crystal Structure of D. melanogaster Ssu72+Symplekin bound to cis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ygx
タイトルCrystal Structure of D. melanogaster Ssu72+Symplekin bound to cis peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide
要素
  • LD40846p
  • Symplekin
  • cis peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / Peptidomimetic / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant ...Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Response regulator / Helix non-globular / Special / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Symplekin / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Mayfield, J.E. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Chemical Tools To Decipher Regulation of Phosphatases by Proline Isomerization on Eukaryotic RNA Polymerase II.
著者: Mayfield, J.E. / Fan, S. / Wei, S. / Zhang, M. / Li, B. / Ellington, A.D. / Etzkorn, F.A. / Zhang, Y.J.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Symplekin
B: LD40846p
C: Symplekin
D: LD40846p
E: cis peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5105
ポリマ－122,5105
非ポリマー00
水18010
1
A: Symplekin
B: LD40846p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6262
ポリマ－60,6262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Symplekin
D: LD40846p
E: cis peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8853
ポリマ－61,8853
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.880, 127.880, 105.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 Symplekin


分子量: 37495.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sym, CG2097 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MSU4
#2: タンパク質 LD40846p / Ssu72 ortholog / isoform A / isoform C


分子量: 23130.279 Da / 分子数: 2 / Mutation: C13D, D144N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ssu72, CG14216, Dmel_CG14216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VWE4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, protein-serine/threonine phosphatase, EC: 3.1.3.41
#3: タンパク質・ペプチド cis peptidomimetic CTD phospho-Ser5 peptide


分子量: 1259.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Optimized Ssu72-symplekin crystals were obtained with reservoir solution consisting of 12% PEG3350 (w/v) and 100 mM HEPE. To obtain the tertiary complex structure of Drosophila Ssu72- ...詳細: Optimized Ssu72-symplekin crystals were obtained with reservoir solution consisting of 12% PEG3350 (w/v) and 100 mM HEPE. To obtain the tertiary complex structure of Drosophila Ssu72-symplekin-Cis-locked peptide, crystals of Ssu72-symplekin were soaked in a mother solution containing 2 mM 11mer peptide overnight at room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 35810 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.35 / Net I/av σ(I): 20.452 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 245848
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.95-34.50.89916981.00796.2
3-3.065.40.92417631.04697.7
3.06-3.116.10.82918111.05598.7
3.11-3.186.70.70917831.07899.7
3.18-3.256.90.61917451.16499.4
3.25-3.3270.51217991.20799.3
3.32-3.417.10.38417891.21599.7
3.41-3.570.33917621.35499.5
3.5-3.67.10.26618151.32499.3
3.6-3.7270.20717741.43999.4
3.72-3.857.10.1818001.36299.3
3.85-47.10.15417851.47999.3
4-4.197.10.11417941.499.2
4.19-4.417.10.08917851.40798.7
4.41-4.687.20.07617741.48999.2
4.68-5.047.10.07918091.66699.6
5.04-5.557.20.07918201.54799.9
5.55-6.357.40.07318211.40199.8
6.35-87.60.0518201.421100
8-507.40.03418631.56899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 16.393 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.548 / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 1844 5.1 %RANDOM
Rwork0.2057 33965 --
obs0.2081 33965 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 218.67 Å2 / Biso mean: 87.964 Å2 / Biso min: 37.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8147 0 0 10 8157
Biso mean---62.6 -
残基数----1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.97111137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9318668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.07751023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.42325.051390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.963151583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1581555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5088.5674114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5088.5664113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.78912.8445132
LS精密化 シェル解像度: 2.949→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 139 -
Rwork0.327 2411 -
all-2550 -
obs--96.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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