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- PDB-4yg8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CHS5-CHS6 EXOMER CARGO ADAPTOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yg8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CHS5-CHS6 EXOMER CARGO ADAPTOR COMPLEX
要素
  • Chitin biosynthesis protein CHS5
  • Chitin biosynthesis protein CHS6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / FN3 / BRCT / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / CARGO ADAPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


exomer complex / conjugation with cellular fusion / chitin biosynthetic process / cellular bud site selection / ascospore wall assembly / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / mating projection tip / chitin catabolic process / trans-Golgi network ...exomer complex / conjugation with cellular fusion / chitin biosynthetic process / cellular bud site selection / ascospore wall assembly / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / mating projection tip / chitin catabolic process / trans-Golgi network / small GTPase binding / protein transport / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type III domain, fungi / Chitin biosynthesis protein Chs5, N-terminal / : / Chitin biosynthesis protein CHS5 N-terminus / Fibronectin type III domain / Chs5p-Arf1p binding / ChAPs (Chs5p-Arf1p-binding proteins) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. ...Fibronectin type III domain, fungi / Chitin biosynthesis protein Chs5, N-terminal / : / Chitin biosynthesis protein CHS5 N-terminus / Fibronectin type III domain / Chs5p-Arf1p binding / ChAPs (Chs5p-Arf1p-binding proteins) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / TPR repeat region circular profile. / BRCT domain superfamily / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitin biosynthesis protein CHS5 / Chitin biosynthesis protein CHS6 / Chitin biosynthesis protein CHS5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Paczkowski, J.E. / Richardson, B.C. / Strassner, A.M. / Fromme, J.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: The exomer cargo adaptor structure reveals a novel GTPase-binding domain.
著者: Paczkowski, J.E. / Richardson, B.C. / Strassner, A.M. / Fromme, J.C.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年3月11日ID: 4GNS
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitin biosynthesis protein CHS5
B: Chitin biosynthesis protein CHS6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2034
ポリマ－118,8732
非ポリマー3302
水3,657203
1
A: Chitin biosynthesis protein CHS5
B: Chitin biosynthesis protein CHS6
ヘテロ分子

A: Chitin biosynthesis protein CHS5
B: Chitin biosynthesis protein CHS6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,4068
ポリマ－237,7464
非ポリマー6614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area7520 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area88650 Å2
手法PISA
2
A: Chitin biosynthesis protein CHS5
B: Chitin biosynthesis protein CHS6
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)715,21924
ポリマ－713,23712
非ポリマー1,98212
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area37320 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area251180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.750, 165.750, 263.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細Gel filtration SAXS MALS

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要素

#1: タンパク質 Chitin biosynthesis protein CHS5


分子量: 31781.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: SEY6210 / 遺伝子: CHS5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: B3RHK5, UniProt: Q12114*PLUS
#2: タンパク質 Chitin biosynthesis protein CHS6 / Protein CSD3


分子量: 87091.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: SEY6210 / 遺伝子: CHS6, CSD3, YJL099W, J0838 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P40955
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE OF CHAIN A IS: ...THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE OF CHAIN A IS: MDPEFSSVDVLLTVGKLDASLALLTTQDHHVIEFPTVLLPENVKAGSIIKMQVS QNLEEEKKQRNHFKSIQAKILEKYGTHKPESPVLKIVNVTQTSCVLAWDP LKLGSAKLKSLILYRKGIRSMVIPNPFKVTTTKISGLSVDTPYEFQLKLI TTSGTLWSEKVILRTHKMTDMSGITVCLGPLDPLKEISDLQISQCLSHIG ARPLQRHVAIDTTHFVCNDLDNEESNEELIRAKHNNIPIVRPEWVRACEV EKRIVGVRGFYLDADQSILKSYTFPPVNEEELSYSKENEPVAEVADENK. THE N-TERMINAL RESIUES 4-48 ARE IN THE REGION WITH POOR ELECTRON DENSITY AND REPRESENTED AS UNKNOWN RESIDUES (UNK) IN THE COORDINATES SINCE THE SEQUENCE REGISTER IS NOT KNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.35 M POTASSIUM CHLORIDE, 3 MM DITHIOTHREITOL, 10 MM HEPES PH 7.4, 150 MM NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 299K
PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月4日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 56095 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.708 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75→47.07 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 2841 -
Rwork0.193 --
obs0.194 56094 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7528 0 21 203 7752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006
LS精密化 シェル解像度: 2.7474→2.7947 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3737 144 -
Rwork0.2988 2555 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0009-0.0025-0.00010.0091-0.00810.005-0.07890.00840.03880.05920.02230.0214-0.06660.0028-00.45520.01640.08780.3693-0.00720.4844-12.7913-50.0076-43.524
20.04190.0249-0.0222-0.0050.01640.0090.01220.0552-0.0512-0.1947-0.0922-0.16980.02970.0188-0.06410.81670.57940.36060.460.06060.3904-47.0021-28.2635-23.7814
30.0311-0.010.01990.00880.00130.09480.0233-0.0338-0.0746-0.1221-0.03110.03380.20490.04890.00710.53810.16860.02430.24520.09510.3266-64.027-22.8524-7.2933
40.0899-0.03120.02530.03230.02470.05130.0574-0.0083-0.16230.03790.0729-0.0640.0176-0.0170.21840.22930.07860.08830.21310.01660.2742-27.1663-101.4027-23.9066
50.03650.0614-0.01050.0997-0.01760.03960.00770.04210.06040.0868-0.0066-0.10770.0066-0.0046-0.0660.13160.07360.03340.2508-0.03590.2457-21.4385-76.182-27.3197
60.00490.0088-0.00280.01570.00030.0153-0.03210.0797-0.0276-0.12330.018-0.1116-0.1070.0171-0.00040.20480.05790.04690.44860.03190.3808-19.2365-60.5779-45.5992
7-0.00330.0018-0.005-0-0.0020.00360.0480.03480.0462-0.02310.0262-0.0232-0.02030.00100.50810.14380.02190.5754-0.06340.4101-27.8072-77.4075-51.8129
80.04470.0156-0.02560.0941-0.01020.0290.01970.0627-0.1403-0.0318-0.02890.28470.0931-0.2075-0.01730.1944-0.01280.02620.4129-0.03140.3294-47.4658-96.6136-36.0235
90.0236-0.02390.00440.0520.00610.00740.04740.00330.0171-0.0976-0.0210.0441-0.0434-0.07880.08040.14530.29450.03370.54950.0290.1745-45.9195-70.6608-53.4503
100.01440.0140.01360.06860.01660.01130.1064-0.02170.12190.0207-0.02830.029-0.088-0.02850.02980.13490.16960.13020.4221-0.02840.1877-46.476-75.3645-24.8385
110.0002-0.0002-0.0017-0.00040.00020.00320.00420.00570.02280.00420.0056-0.0208-0.0269-0.034-00.49540.05670.21370.79860.0420.48996.9537-62.7583-73.2428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 50:78)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 79:188)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 189:285)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 31:161)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 162:309)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 310:388)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 389:418)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 419:522)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 523:642)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 643:743)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 4:48)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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