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万見
- PDB-4yfy: X-ray structure of the Viof N-formyltransferase from Providencia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yfy
タイトルX-ray structure of the Viof N-formyltransferase from Providencia alcalifaciens O30 in complex with THF and TDP-Qui4N
要素VioF
キーワードTRANSFERASE / lipopolysaccharide O-antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
N-formyltransferase dimerization C-terminal domain / N-formyltransferase dimerization C-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose / Chem-1YJ / VioF
類似検索 - 構成要素
生物種Providencia alcalifaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Genthe, N.A. / Thoden, J.B. / Benning, M.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Molecular structure of an N-formyltransferase from Providencia alcalifaciens O30.
著者: Genthe, N.A. / Thoden, J.B. / Benning, M.M. / Holden, H.M.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Structure summary
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32015年6月3日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VioF
B: VioF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4388
ポリマ－59,3552
非ポリマー2,0836
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.000, 132.000, 161.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 VioF


分子量: 29677.713 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 9-252 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Providencia alcalifaciens (バクテリア)
遺伝子: vioF / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosettas2(DE3) / 参照: UniProt: M9P0Q2

-
非ポリマー , 5種, 454分子

#2: 化合物 ChemComp-0FX / dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose / チミジン5′-二りん酸β-(4-アミノ-4,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノシル)


分子量: 547.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H27N3O14P2
#3: 化合物 ChemComp-1YJ / N-[4-({[(6R)-2-amino-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / (6R)-テトラヒドロ葉酸


分子量: 445.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O6
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % / 解説: six-sided stellate rods
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8-10% PEG-8000, 1 M tetramethylammonium chloride 100 mM Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月23日
放射モノクロメーター: Ni-filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 42792 / Num. obs: 42792 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/av σ(I): 14.3 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YFV

4yfv


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.978 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24391 2161 5.1 %RANDOM
Rwork0.18658 ---
obs0.18948 40605 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20.37 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3956 0 139 448 4543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1211.9995673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89139212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0135482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.03726.176204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78215769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.302158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 154 -
Rwork0.246 2908 -
obs--97.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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