PDB-4yeu: ELIC-GLIC chimera in the resting conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yeu

タイトル

ELIC-GLIC chimera in the resting conformation

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ion channel / low resolution structure

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya chrysanthemi (バクテリア)

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 4.6 Å

データ登録者

Schmandt, N. / Vivien, Y. / Lodowski, D. / Chakrapani, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: An ELIC-GLIC Chimera Reveals Distinct Pathways of Activation in the Cys-loop receptors
著者: Chakrapani, S. / Schmandt, N.T. / Lodowski, D.T. / Yee, V.C. / Talley, L. / Parker, M.D. / Phanindra, V. / Chalamalasetti, S.V. / Stein, R.A. / Bonner, R. / Mchaourab, H.S.

履歴

登録	2015年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yeu.cif.gz	647.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yeu.ent.gz	552.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yeu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yeu_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yeu_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	4yeu_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	4yeu_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yeu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yeu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5heu-1 5heo-2 3uq4-1 6v0b-d 5heu-2 3rqw-2 6cdu-1 4a97-1 3rqu-2 2vl0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel

181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.440, 217.960, 229.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Cys-loop ligand-gated ion channel,Proton-gated ion channel / ELIC / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36179.379 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Dickeya chrysanthemi (バクテリア), (合成) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 参照: UniProt: P0C7B7, UniProt: Q7NDN8

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Ammonium Sulfate, Sodium ADA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.6→20 Å / Num. obs: 18442 / B_iso Wilson estimate: 249.31 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS	November 3, 2014	データスケーリング
Coot	.8-pre	モデル構築
Aimless	1.9.2	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

解像度: 4.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8437 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.919

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2485	946	5.13 %	RANDOM
R_work	0.2417	-	-	-
obs	0.2421	18442	99.31 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 177.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.9376 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-25.5424 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.6048 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.543 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12825	0	0	0	12825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	13190	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	18000	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4385	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		310	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1890	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13190	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	1.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.35
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1765	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14853	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 4.6→4.88 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2633	161	5.47 %
R_work	0.2643	2785	-
all	0.2642	2946	-
obs	-	-	99.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0104	-3.2501	0.4462	16.5316	-5.2684	3.8121	0.3033	-0.1089	0.8372	1.0885	0.2033	-0.5074	-1.0885	0.177	-0.5067	0.1133	0.1238	-0.0919	-0.3344	-0.0746	-0.0636	51.8291	72.2217	-28.8956
2	5.6239	1.441	-0.9921	16.5244	-4.1742	6.7525	0.0549	-0.3469	0.2438	0.6175	-0.2849	-1.0788	-0.5009	0.4223	0.23	-0.3424	0.0879	-0.1533	-0.1248	0.0361	-0.432	50.17	27.4297	-9.4986
3	1.9638	-2.8344	-1.9526	4.0519	-0.1334	5.4071	0.1181	-0.1389	1.0555	0.7072	0.3806	1.0018	-0.6734	-0.263	-0.4987	0.4973	0.304	0.304	0.14	0.304	0.6079	25.8844	76.5143	-21.8534
4	7.9975	-2.7382	-1.0644	8.7845	-1.1531	6.0342	0.5547	-0.9142	0.6789	1.0885	-0.0208	0.4531	-0.9226	-1.0876	-0.5338	0.387	0.3002	0.304	0.1815	-0.0239	-0.2884	32.2372	33.46	0.2445
5	16.6309	-5.8208	-3.3922	7.7707	-5.8208	6.6312	0.0804	0.3473	-0.3685	-0.0131	-0.1518	1.0885	-0.4712	-1.0516	0.0714	-0.319	0.304	-0.0597	0.6079	0.304	0.6079	9.9886	64.8575	-40.5526
6	8.8857	-0.1554	1.6409	5.2897	-2.8986	8.481	-0.053	0.0046	0.2085	0.2904	0.3221	1.0885	0.0958	-1.0885	-0.2692	-0.2014	0.304	0.304	0.6023	0.304	0.2363	15.7634	26.2733	-11.2189
7	7.5929	3.9512	-0.6594	11.0354	-5.8208	6.353	0.1953	1.0864	0.0863	-1.0876	0.3696	0.5602	0.5673	-1.0885	-0.565	-0.1491	0.245	-0.304	0.6079	0.304	-0.2643	26.203	53.2182	-59.2767
8	7.5372	0.8942	-0.3097	8.4443	-4.4798	7.2363	0.1531	0.8133	-0.1702	-0.8828	0.6083	1.0885	0.5863	-1.0885	-0.7614	-0.1797	-0.1258	-0.304	0.4633	0.304	-0.0103	23.6228	15.7959	-28.078
9	2.5088	2.1964	-2.1524	16.6309	-5.5572	7.327	-0.0581	0.8867	0.2158	-0.8087	0.0318	-0.6457	0.0673	0.4616	0.0263	-0.6079	0.2569	-0.0086	-0.0118	0.2593	-0.1743	52.0027	57.808	-52.0825
10	7.9263	1.8093	-0.4798	7.4249	-4.0634	6.7864	-0.2903	0.7899	-0.1998	-1.0834	0.4009	-0.2884	1.0885	0.3681	-0.1106	0.0764	0.2547	0.0182	0.0367	-0.1217	-0.6025	44.8799	16.568	-26.963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|11 - A\|198 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|199 - A\|322 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|11 - B\|198 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|199 - B\|322 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|11 - C\|198 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|199 - C\|322 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|11 - D\|198 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|199 - D\|322 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|11 - E\|198 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|199 - E\|322 }

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関連情報:EMDBヘッダ

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