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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yei | ||||||
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タイトル | Beta1mut synthetic solenoid protein | ||||||
![]() | beta1mut | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / solenoid / scaffold | ||||||
機能・相同性 | E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murray, J.W. / Kraatz, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension. 著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 234 / Label seq-ID: 20 - 234
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24628.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 80 mM MES pH 6.5, 128 mM magnesium sulfate. / PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.55→37.43 Å / Num. all: 12716 / Num. obs: 12716 / % possible obs: 98.03 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.66 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/av σ(I): 10.631 / Net I/σ(I): 4.8321 |
反射 シェル | 解像度: 3.55→3.65 Å / 冗長度: 4.69 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 97.98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 105.716 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.55→37.43 Å
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拘束条件 |
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