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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yei | ||||||
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タイトル | Beta1mut synthetic solenoid protein | ||||||
要素 | beta1mut | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / solenoid (ソレノイド) / scaffold (足場) | ||||||
機能・相同性 | E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å | ||||||
データ登録者 | Murray, J.W. / Kraatz, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension. 著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yei.cif.gz | 252.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yei.ent.gz | 211.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4yei | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 20 - 234 / Label seq-ID: 20 - 234
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24628.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): KRX |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 80 mM MES pH 6.5, 128 mM magnesium sulfate. / PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.55→37.43 Å / Num. all: 12716 / Num. obs: 12716 / % possible obs: 98.03 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.66 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/av σ(I): 10.631 / Net I/σ(I): 4.8321 |
反射 シェル | 解像度: 3.55→3.65 Å / 冗長度: 4.69 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 97.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.55→37.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 81.918 / SU ML: 0.516 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.561 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 105.716 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.55→37.43 Å
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拘束条件 |
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