PDB-4ye7: N-terminal domain of Orf22, a Cydia pomonella granulovirus envelo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ye7

タイトル

N-terminal domain of Orf22, a Cydia pomonella granulovirus envelope protein

要素

ORF22 similar to XcGV ORF19

キーワード

VIRAL PROTEIN / envelope / calyx

機能・相同性

Baculovirus polyhedron envelope protein PEP, N-terminal / Baculovirus polyhedron envelope protein PEP, C-terminal / Baculovirus polyhedron envelope protein, PEP, N terminus / Baculovirus polyhedron envelope protein, PEP, C terminus / viral capsid / viral envelope / structural molecule activity / ACETATE ION / ORF22 similar to XcGV ORF19

機能・相同性情報

生物種

Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Busby, J.N. / Metcalf, P.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of granulovirus envelope fibres.
著者: Busby, J.N. / Goldie, K.N. / Metcalf, P.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...

履歴

登録	2015年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4ye7.ent.gz	88.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ye7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ye7_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ye7_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	4ye7_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4ye7_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4ye7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4ye7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5lam-d 7aby-d 1rax-d 4zr7-3 2hqt-11 1jl3-3 2id1-2 7lgo-1 2p6v-d 4kuo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF22 similar to XcGV ORF19

B: ORF22 similar to XcGV ORF19

ヘテロ分子

24.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: ORF22 similar to XcGV ORF19

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ORF22 similar to XcGV ORF19

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.565, 61.212, 75.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ORF22 similar to XcGV ORF19 分子量: 12147.304 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain residues 2-106 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス) 株: isolate Mexico/1963 / 遺伝子: orf22 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P87582
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 8000, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.0612 M MES, 0.0388 M imidazole, 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9779, 0.9794, 0.9537

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月16日

放射

モノクロメーター: Double Si crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9779	1
2	0.9794	1
3	0.9537	1

Reflection

冗長度: 14.7 % / 数: 792724 / R_merge(I) obs: 0.092 / D res high: 1.4 Å / D res low: 47.49 Å / Num. obs: 53927 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Redundancy
1.4	1.42	1	3.252	14.3
7.66	47.49	1	0.021	10.9

反射

解像度: 1.4→47.49 Å / Num. obs: 53936 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.116 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 25.3 / Num. measured all: 792724

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.4-1.42	14.5	3.104	1	37051	2596	0.339	0.877	93.7
7.66-47.49	10.9	0.021	127.1	4296	393	1	0.007	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
Aimless	0.3.11	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.4→37.13 Å / SU ML: 0.179252574456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.5005368728

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2071	2467	4.928 %	Random selection
R_work	0.1817	97879	-	-
obs	0.183	53873	98.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.8896746069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1655	0	4	268	1927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0151324602193	1899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6405897701	2602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.12019885625	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083538489538	338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3492324336	695

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4149	0.328339466024	165	0.333061786759	3003	X-RAY DIFFRACTION	90.9038737446
1.4149-1.4316	0.384768457094	134	0.341633145333	3271	X-RAY DIFFRACTION	96.925704526
1.4316-1.449	0.355249361095	141	0.331751280761	3255	X-RAY DIFFRACTION	96.1767204758
1.449-1.4674	0.333965162211	152	0.312532834752	3190	X-RAY DIFFRACTION	97.2359615944
1.4674-1.4867	0.280453583927	169	0.295659788034	3230	X-RAY DIFFRACTION	97.1975979411
1.4867-1.507	0.314557923964	169	0.286014487857	3210	X-RAY DIFFRACTION	96.4877213021
1.507-1.5286	0.309082034034	179	0.26565081585	3303	X-RAY DIFFRACTION	97.6718092567
1.5286-1.5514	0.261696003839	147	0.252249031288	3212	X-RAY DIFFRACTION	97.2777295106
1.5514-1.5756	0.274096700539	180	0.261135767576	3225	X-RAY DIFFRACTION	97.2023979446
1.5756-1.6015	0.260940853609	178	0.24764327955	3270	X-RAY DIFFRACTION	97.5941126521
1.6015-1.6291	0.305485987317	228	0.238849456689	3159	X-RAY DIFFRACTION	97.8901734104
1.6291-1.6587	0.297162442717	152	0.239530457821	3291	X-RAY DIFFRACTION	97.8125
1.6587-1.6906	0.251773979649	144	0.218196470573	3287	X-RAY DIFFRACTION	98.0846197827
1.6906-1.7251	0.185581488677	145	0.202219738843	3291	X-RAY DIFFRACTION	98.0593607306
1.7251-1.7626	0.236750344724	165	0.199513873571	3258	X-RAY DIFFRACTION	98.2491389208
1.7626-1.8036	0.232174342687	112	0.194422519555	3354	X-RAY DIFFRACTION	98.2704848313
1.8036-1.8487	0.171675184449	186	0.182920863742	3226	X-RAY DIFFRACTION	98.4420080785
1.8487-1.8987	0.228615087323	161	0.180293931841	3318	X-RAY DIFFRACTION	98.5552407932
1.8987-1.9546	0.186683122027	195	0.184116332542	3228	X-RAY DIFFRACTION	98.7024221453
1.9546-2.0177	0.202356664952	153	0.173219860646	3286	X-RAY DIFFRACTION	98.7367212173
2.0177-2.0898	0.184231495513	190	0.172205359667	3277	X-RAY DIFFRACTION	98.6344238976
2.0898-2.1734	0.197554229911	161	0.172505353342	3307	X-RAY DIFFRACTION	99.2842828514
2.1734-2.2723	0.190387983536	250	0.16348815082	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.203187251
2.2723-2.3921	0.211798375771	146	0.164700900723	3344	X-RAY DIFFRACTION	99.3170176437
2.3921-2.542	0.194510250243	152	0.175004276653	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.4242947611
2.542-2.7382	0.171631861088	203	0.175556394688	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.6282527881
2.7382-3.0136	0.219687566905	160	0.170081710988	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.6575342466
3.0136-3.4494	0.223897679024	151	0.167106004105	3364	X-RAY DIFFRACTION	99.8295938654
3.4494-4.3448	0.194394543781	177	0.147680831521	3297	X-RAY DIFFRACTION	99.913718723
4.3448-37.1475	0.16075144451	228	0.146338542687	3272	X-RAY DIFFRACTION	99.8858447489

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.39280712361	-2.87829729026	0.114344026173	8.28616988807	-0.204585548629	5.09749907623	0.0207615494354	-0.326932171426	-0.711607727071	0.309228707782	-0.126727863644	-0.303719004346	0.942047780402	-0.189479487333	0.050697840856	0.301092830123	-0.0805456147541	-0.00552939019064	0.192611519176	-0.0240406056682	0.343311208579	32.4005762121	23.5680762531	22.1510946237
2	7.64206246429	-3.26809578135	3.84349918881	4.71396989932	-2.33413238815	3.06564630431	-0.045585057205	0.321658808885	-0.0940638444536	0.239162515806	-0.240469014072	0.354179537768	0.0775542923437	-0.256730479596	0.222684377781	0.18291901853	0.00149912214222	0.00399066598055	0.179286917886	-0.0557435423058	0.186413360371	31.2298372465	31.3406172178	17.867379508
3	1.28186074567	0.18027115356	0.0885121857932	0.0264438588768	0.0103778094228	0.00895241572521	-0.245664842513	-1.207756846	-0.405453454136	2.33251816575	0.536979242007	-0.455853602587	0.851897570588	-0.0942567650136	-0.206338631546	0.65879623737	0.0619299660404	-0.143173806185	0.250530101476	0.00535817152269	0.209873347199	38.7806518885	29.0323998658	31.3875418338
4	1.60405262713	-1.49801343298	0.794664297721	8.50310252481	-3.06192153973	6.0720632663	-0.0453866324242	0.133083416037	0.0505688691104	-0.111046334299	0.0488598272357	0.151178280842	-0.141045284878	-0.265892580652	0.00777890956959	0.07759843563	0.0171970235909	0.00214363243443	0.124886742155	-0.00826847541584	0.1379642653	34.888697866	38.3172491709	15.4574573356
5	7.89630602301	-2.85449178643	5.60149162066	4.37758603867	-1.54102672765	7.23829079695	-0.042695857336	0.771644798959	0.327661879632	-0.429797358119	-0.216895306908	-0.517949606582	-0.716023361628	0.818020785595	0.204991421426	0.194035580837	-0.00410635490387	0.0426091548231	0.18424811191	0.0283136013289	0.182047546116	40.9530501067	45.0497626862	13.4403815103
6	0.0185720491008	0.15392000227	-0.0180196920711	8.67364512027	5.99374880205	4.85175635535	-0.0636078558569	0.0134782532085	-0.0651281086283	0.0691945194153	0.126512375879	-0.422619435732	0.291977310158	0.517117517593	-0.0737908336215	0.152851354186	0.0757998989518	-0.00777768445284	0.207059681513	-0.0198438862667	0.236694071032	46.3016401347	34.1232626056	20.895903665
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15	8.20832509529	-4.92901925147	-1.88521927955	6.84330899826	5.04848061347	4.38743607139	0.187399695727	0.512272755525	1.22291394645	-1.06766295184	-0.345119786346	-0.116308578561	-1.26258885913	0.0485470597912	0.278979612763	0.3614590507	-0.0905116630361	-0.0340456394847	0.305959860113	0.0484659003676	0.462147855772	46.1023862384	52.983747673	26.4089967389
16	1.69386230508	-0.439053771346	0.734651943732	0.802375773976	-0.854821991681	3.40623033292	0.114119971167	-0.225563531063	0.230323618543	0.0613201599305	0.133374514891	-0.0300220369003	0.463468330328	1.13501787594	0.0268718112881	0.152610636407	0.087697142398	-0.0398350049182	0.238144406153	-0.0314201065371	0.192383289772	45.2119984538	42.2733361816	36.8208126487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 20 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 21 through 28 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 29 through 39 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 40 through 50 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 51 through 60 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 61 through 71 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 72 through 90 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 91 through 106 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 11 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 12 through 39 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 40 through 50 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 51 through 71 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 72 through 85 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 86 through 90 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 91 through 106 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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