PDB-4yd8: Bardet-Biedl Syndrome 9 Protein (aa1-407), Homo sapiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yd8

タイトル

Bardet-Biedl Syndrome 9 Protein (aa1-407), Homo sapiens

要素

Protein PTHB1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / BETA PROPELLER / STRUCTURAL PROTEIN / BBSOME / COAT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

BBSome / ciliary transition zone / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / protein localization to cilium / ciliary membrane / pericentriolar material / fat cell differentiation / centriolar satellite / cilium assembly / visual perception ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of Bardet-Biedl Syndrome 9 Protein (BBS9).
著者: Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.

履歴

登録	2015年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yd8.cif.gz	301.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yd8.ent.gz	245.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yd8_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yd8_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	4yd8_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	4yd8_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4yd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4yd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hwr-d 5hwo-d 5hwp-d 4rx6-d 4exv-d 5oj5-d 3kw8-d 2b5n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein PTHB1

B: Protein PTHB1

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein PTHB1

登録者が定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein PTHB1

登録者が定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.417, 81.878, 85.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-654- HOH
2	1	A-682- HOH
3	1	B-692- HOH

#1: タンパク質	Protein PTHB1 / Bardet-Biedl syndrome 9 protein / Parathyroid hormone-responsive B1 gene protein 分子量: 46517.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBS9, PTHB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q3SYG4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 10% w/v PEG 4000, 0.1M tri-sodium citrate pH 6.1, and 0.15M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.7 Å / Num. obs: 171175 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.99 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→36.936 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1997	2054	2.3 %	Random Selection
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.1697	171157	99.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5200	0	0	717	5917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	7635
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.18	2061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	882
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8206	0.3356	134	0.2976	5882	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8206-1.8436	0.2775	139	0.3	5947	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8436-1.8679	0.3013	144	0.2815	6016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8679-1.8935	0.2527	147	0.2628	5949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8935-1.9205	0.2357	139	0.252	6045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9205-1.9492	0.3224	152	0.2384	5962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9492-1.9796	0.2556	147	0.2347	5962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9796-2.0121	0.2112	128	0.2169	6036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0121-2.0468	0.2788	156	0.205	5994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0468-2.084	0.2089	130	0.1971	6000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.084-2.1241	0.2431	156	0.1927	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1241-2.1674	0.2227	135	0.1821	5987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2146	0.2141	130	0.1834	6012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2146-2.2661	0.2357	143	0.1785	5986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2661-2.3227	0.2011	153	0.1793	6015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3227-2.3855	0.185	143	0.1769	5950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3855-2.4557	0.2119	141	0.1768	5986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4557-2.5349	0.2072	143	0.1695	6018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5349-2.6255	0.1905	142	0.1639	6021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6255-2.7306	0.1951	142	0.161	5993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7306-2.8548	0.2001	139	0.1654	5982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8548-3.0053	0.3245	140	0.1746	6002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0053-3.1935	0.1661	148	0.1653	5986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1935-3.4399	0.1839	137	0.1541	5912	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4399-3.7858	0.1699	132	0.1416	5897	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7858-4.3328	0.1638	144	0.1269	5961	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3328-5.4561	0.1355	129	0.1264	5879	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4561-36.9442	0.2075	128	0.1834	5901	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4567	-0.5385	0.8933	2.1277	-1.1694	3.4769	0.1154	-0.1695	-0.4218	0.0008	-0.0235	0.0635	0.1731	-0.1755	-0.1105	0.1625	0.0198	-0.0125	0.2419	-0.0015	0.2636	36.7411	70.4489	105.4835
2	2.9364	-0.5952	-0.9506	0.6045	0.02	1.3321	0.1296	0.4451	-0.0066	-0.0532	-0.0526	0.1044	-0.0199	-0.1935	-0.0617	0.2298	0.0917	-0.016	0.354	-0.0082	0.223	35.8689	83.6807	90.229
3	0.8004	-0.1539	1.1294	1.1791	-0.8823	2.7105	0.2981	0.9364	0.2724	-0.5717	-0.3724	0.3557	-0.1771	-0.3657	-0.1259	0.3914	0.1681	-0.0132	0.6765	0.0924	0.3495	46.07	91.4674	77.622
4	2.7898	0.7048	-0.8706	1.4622	-1.0619	1.3677	0.1142	-0.1336	-0.1955	0.1047	-0.1801	-0.1228	-0.0961	0.2431	0.0473	0.2084	0.0423	-0.0257	0.3025	-0.0139	0.21	56.4422	76.1677	101.4058
5	1.6775	-0.0256	0.682	2.3868	-1.7767	3.4367	-0.0481	0.1596	-0.0523	-0.3791	0.22	0.2654	0.3084	-0.3212	-0.1452	0.2776	-0.0918	-0.0346	0.2183	0.0216	0.247	44.2723	57.9839	47.1116
6	1.4371	0.8679	0.1063	3.7207	0.1547	1.9065	0.1225	-0.1524	-0.3054	0.0901	-0.0946	-0.3191	0.1944	0.0372	-0.0725	0.1806	0.008	0.0148	0.173	0.0396	0.2436	58.2	53.3188	65.3707
7	1.5563	0.7071	1.1842	1.8058	0.1066	1.0147	-0.2262	0.3506	0.1333	-0.2889	0.155	0.0336	-0.2647	0.3061	0.0419	0.287	-0.0985	0.0139	0.3025	0.015	0.2223	58.1199	73.6447	51.1529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 236 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 237 through 369 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 85 through 236 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 237 through 369 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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