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- PDB-4yd2: Nicked complex of human DNA Polymerase Mu with 2-nt gapped DNA su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yd2
タイトルNicked complex of human DNA Polymerase Mu with 2-nt gapped DNA substrate
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
キーワードtransferase/dna / polymerase / DNA repair / NHEJ / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X ...DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / DNA / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.471 Å
データ登録者Moon, A.F. / Gosavi, R.A. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. / Bebenek, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIA ES102645-03 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065070 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Creative template-dependent synthesis by human polymerase mu.
著者: Moon, A.F. / Gosavi, R.A. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. / Bebenek, K.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,93811
ポリマ－45,5854
非ポリマー3537
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.083, 68.700, 114.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase


分子量: 39844.160 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 134-494
変異: deletion of residues P398-P410, replaced by glycine (labelled G410)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3054.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 149分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG8K, 0.2M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 24750 / Num. obs: 17102 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16.15
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YD1

4yd1


解像度: 2.471→22.613 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 858 5.02 %same as for 4YCX
Rwork0.2124 ---
obs0.214 17102 96.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.471→22.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 323 11 142 2973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5054123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.898971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4711-2.62570.4271280.28042301X-RAY DIFFRACTION84
2.6257-2.82810.28031440.29052721X-RAY DIFFRACTION99
2.8281-3.1120.28561350.26732740X-RAY DIFFRACTION99
3.112-3.56080.25291510.20432768X-RAY DIFFRACTION100
3.5608-4.48060.17181460.17452797X-RAY DIFFRACTION100
4.4806-22.61430.23211540.18412917X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7456-0.6306-1.42121.7768-0.89593.3530.14950.4437-0.2476-0.2007-0.1651-0.00550.1880.29670.01680.22130.046-0.03770.2754-0.03130.212512.1668-18.7676-14.1766
22.36410.4625-1.26252.66220.74294.65980.13090.36070.5457-0.5108-0.0593-0.2874-0.35510.3118-0.06280.3450.01140.07720.3670.13110.401816.33788.083-16.8811
34.92160.1882-0.52534.20240.09530.03030.1543-0.17890.6045-0.0119-0.1109-0.0601-0.0866-0.0464-0.03490.20620.0199-0.00460.1942-0.00120.2247-2.82618.6543-0.3445
42.8247-1.3149-0.00242.23110.38463.03710.09410.5298-0.0717-0.1526-0.15030.3065-0.0202-0.13580.03860.1777-0.0244-0.02580.220.01420.2146-11.5277-10.6842-11.2611
52.75380.8048-0.45881.6119-2.13363.79370.2270.92430.0934-0.6054-0.24380.2614-0.0813-0.36780.00220.42510.0348-0.0870.5939-0.00320.28710.5586-9.1799-23.5878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 138:231
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 232:289
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 290:423
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 424:494
5X-RAY DIFFRACTION5chain T or chain P or chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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