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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ycr
タイトルStructure determination of an integral membrane protein at room temperature from crystals in situ
要素Tellurite resistance protein TehA homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / In situ data collection / multiple datasets / synchrotron beamline
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation efflux transmembrane transporter activity / response to tellurium ion / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent anion channel / Tellurite resistance protein TehA/malic acid transport protein / Tellurite resistance protein TehA / : / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / Voltage-dependent anion channel / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tellurite resistance protein TehA homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Axford, D. / Hu, N.J. / Foadi, J. / Choudhury, H.G. / Iwata, S. / Beis, K. / Evans, G. / Alguel, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure determination of an integral membrane protein at room temperature from crystals in situ.
著者: Axford, D. / Foadi, J. / Hu, N.J. / Choudhury, H.G. / Iwata, S. / Beis, K. / Evans, G. / Alguel, Y.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0523
ポリマ－33,4671
非ポリマー5852
水1,27971
1
A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子

A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子

A: Tellurite resistance protein TehA homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1569
ポリマ－100,4023
非ポリマー1,7546
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area33820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.605, 98.605, 136.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tellurite resistance protein TehA homolog


分子量: 33467.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: tehA, HI_0511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44741
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: of 0.1M NaCl, 120 mM Tris pH 9.4, and 20 % v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20429 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 90.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.188 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1010 4.94 %
Rwork0.1559 19419 -
obs0.1581 20429 92.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.22 Å2 / Biso mean: 29.4975 Å2 / Biso min: 7.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→36.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 40 71 2486
Biso mean--50.3 34.68 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3643473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.253876
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.42140.261540.20492723287791
2.4214-2.5730.20751440.16842790293494
2.573-2.77160.23491460.16342832297895
2.7716-3.05040.19921440.15012825296994
3.0504-3.49150.1981450.14362785293093
3.4915-4.39770.19231390.1412775291493
4.3977-36.19260.17971380.1582689282790

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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