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- PDB-4yco: E. coli dihydrouridine synthase C (DusC) in complex with tRNAPhe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yco
タイトルE. coli dihydrouridine synthase C (DusC) in complex with tRNAPhe
要素
  • tRNA-dihydrouridine synthase C
  • tRNAphe
キーワードOXIDOREDUCTASE / tRNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-dihydrouridine16 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrouridine synthase, C-terminal recognition domain / tRNA-dihydrouridine(16) synthase / tRNA-dihydrouridine(16) synthase, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / Bacteriocin As-48; Chain A / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I ...Dihydrouridine synthase, C-terminal recognition domain / tRNA-dihydrouridine(16) synthase / tRNA-dihydrouridine(16) synthase, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / Bacteriocin As-48; Chain A / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / : / RNA / RNA (> 10) / tRNA-dihydrouridine(16) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Byrne, R.T. / Jenkins, H.T. / Peters, D.T. / Whelan, F. / Stowell, J. / Aziz, N. / Kasatsky, P. / Rodnina, M.V. / Koonin, E.V. / Konevega, A.L. / Antson, A.A.
資金援助 英国, ロシア, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust098230 英国
RFBR13-04-40212-H comfi ロシア
RSF14-34-00023 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
著者: Byrne, R.T. / Jenkins, H.T. / Peters, D.T. / Whelan, F. / Stowell, J. / Aziz, N. / Kasatsky, P. / Rodnina, M.V. / Koonin, E.V. / Konevega, A.L. / Antson, A.A.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: tRNA-dihydrouridine synthase C
B: tRNA-dihydrouridine synthase C
C: tRNA-dihydrouridine synthase C
D: tRNAphe
E: tRNAphe
F: tRNAphe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,93837
ポリマ－180,7976
非ポリマー2,14131
水11,061614
1
A: tRNA-dihydrouridine synthase C
D: tRNAphe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,97112
ポリマ－60,2662
非ポリマー70610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
2
B: tRNA-dihydrouridine synthase C
E: tRNAphe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,99613
ポリマ－60,2662
非ポリマー73011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
3
C: tRNA-dihydrouridine synthase C
F: tRNAphe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,97112
ポリマ－60,2662
非ポリマー70610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.585, 176.895, 238.413
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 tRNA-dihydrouridine synthase C


分子量: 35779.992 Da / 分子数: 3 / 変異: C98A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dusC, yohI, b2140, JW2128 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli Bl21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33371, 酸化還元酵素
#2: RNA鎖 tRNAphe


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 3 / 変異: C3G, G70C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 731469900

-
非ポリマー , 4種, 645分子

#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 11% w/v PEG 6K, 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, 10 mM MnCl2,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.25 Å / Num. obs: 123558 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.209 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 556847 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.1-2.144.70.9991.72844660730.5230.522100
11.5-49.254.30.0259.835968420.9990.01198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BFA, 3L0U

4bfa

3l0u


解像度: 2.1→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2234 / WRfactor Rwork: 0.1924 / FOM work R set: 0.8521 / SU B: 8.962 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.1706 / SU Rfree: 0.1516 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 1241 1 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1927 122260 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 267.77 Å2 / Biso mean: 46.048 Å2 / Biso min: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.41 Å20 Å20 Å2
2--3.34 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7257 4533 240 495 12525
Biso mean--46.64 44.58 -
残基数----1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008128420.016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.00195420.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.263185791.683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.993221003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9329635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30435623.455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.375130415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1257615
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.07720080.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007115290.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.00129050.02
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 88 -
Rwork0.311 8955 -
all-9043 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62291.33710.60292.35020.07021.9782-0.056-0.1269-0.10540.18290.01940.09540.0341-0.11430.03660.27070.04550.0250.01940.01870.122221.971140.5762270.5453
21.510.19460.08831.33780.51381.54540.0139-0.1348-0.14880.21190.0516-0.22380.10070.1941-0.06550.29040.0384-0.02010.05750.05110.168233.764340.3191277.5671
33.89840.68690.55072.06290.68751.52110.04690.23690.1431-0.2241-0.1296-0.0649-0.10990.04530.08270.37630.0239-0.00930.03490.04140.20883.550887.6199284.8484
42.5619-0.53380.54541.419-0.21751.49030.06450.4647-0.1691-0.2498-0.09650.14410.1114-0.02370.0320.43020.0097-0.00520.0955-0.03210.2531-2.065377.5338277.4581
51.45480.853-0.15262.84940.11861.9608-0.04970.18990.10210.00130.02110.104-0.0913-0.0540.02860.21280.0191-0.00210.03420.02710.106925.053448.1212244.9988
69.238912.8677-2.456817.9231-3.42070.665-0.87890.4754-0.7112-1.24180.64-0.99960.2328-0.19480.23890.6778-0.0073-0.01910.7158-0.04050.561732.692857.2086229.8689
71.9327-0.15640.02812.28340.57472.1082-0.01460.33340.0736-0.19390.0632-0.2714-0.19780.3461-0.04870.245-0.03340.01770.14850.0370.165642.367849.4185240.5076
84.2279-0.62971.31811.076-0.45081.9310.0850.2327-0.4038-0.11410.0170.02270.2994-0.0673-0.1020.2986-0.01520.0250.0564-0.07240.183922.061130.1109233.7914
92.75451.32920.21281.14730.7660.9292-0.0711-0.2232-0.31770.1946-0.0303-0.02540.2307-0.00960.10140.39190.09250.04730.34130.07290.28879.889337.3708290.5439
1011.47821.60546.75420.23730.94243.9767-0.38040.5750.4604-0.06530.0967-0.0173-0.23180.3060.28370.5901-0.1254-0.10940.61350.10970.624-11.537649.4203270.3699
115.827-2.66092.5888.5425-1.20821.1716-0.7506-0.8088-0.35950.8571.02551.9479-0.3959-0.2911-0.27490.8532-0.04740.24760.7097-0.10791.05075.528248.9169290.6335
124.03711.4687-2.54271.6603-1.75532.5110.0526-0.2694-0.30350.0402-0.19720.07150.0910.01570.14460.3777-0.009-0.0160.31870.01790.205616.68539.8654302.915
1312.2315-6.28722.385911.7251-9.475413.2262-0.5793-0.7967-0.71730.03970.2786-0.64541.2481-0.81350.30070.85490.0133-0.06050.7916-0.05281.083411.334113.211309.8901
141.15861.10230.54911.53790.11480.7259-0.19720.4489-0.3846-0.68770.3278-0.49370.1640.2993-0.13060.8369-0.04190.10240.2425-0.0280.48610.632294.4302263.5161
150.25840.1830.05847.54132.79252.55330.0609-0.3856-0.02040.2917-0.2573-0.00620.1565-0.37450.19640.4434-0.07770.00860.6347-0.03040.31910.4117116.0065281.8817
161.91492.3579-0.182710.034.38833.5190.6941.32282.5401-1.0607-0.18672.42-1.0238-2.2194-0.50731.1360.6530.63032.71931.92753.52743.0371106.3557265.3717
174.55361.4198-2.62432.6325-1.62422.1953-0.05470.3964-0.2119-0.2237-0.0619-0.3250.29090.0050.11660.6473-0.0091-0.02890.31080.00430.33744.13393.9258252.5458
180.32120.0980.4213.16981.31731.04350.00240.26910.2006-0.2199-0.0916-0.2853-0.16750.24120.08930.4290.09220.01460.3630.14880.361520.834460.7432225.306
191.2987-3.1378-2.83477.76366.99316.3086-0.0671-0.0011-0.14660.3818-0.27140.28570.2774-0.26220.33861.172-0.15440.14630.613-0.14750.769-0.393373.0521246.6178
205.6574-2.9906-1.48331.61830.76710.40250.93941.915-0.7124-0.492-1.00380.5414-0.2123-0.55960.06440.73430.0241-0.07580.92510.01560.82398.719658.8559226.6376
210.6760.1611-0.62635.6323-1.94642.593-0.07660.04290.2302-0.0738-0.0562-0.4966-0.16260.21430.13280.34230.0298-0.0160.29670.03790.27422.938354.7524212.376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4B108 - 312
5X-RAY DIFFRACTION5C0 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6C99 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7C108 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8C202 - 314
9X-RAY DIFFRACTION9D1 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10D29 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11D44 - 47
12X-RAY DIFFRACTION12D48 - 70
13X-RAY DIFFRACTION13D71 - 74
14X-RAY DIFFRACTION14E3 - 19
15X-RAY DIFFRACTION15E20 - 43
16X-RAY DIFFRACTION16E44 - 48
17X-RAY DIFFRACTION17E49 - 69
18X-RAY DIFFRACTION18F1 - 28
19X-RAY DIFFRACTION19F29 - 42
20X-RAY DIFFRACTION20F43 - 48
21X-RAY DIFFRACTION21F49 - 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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