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- PDB-4ycj: Structure of Acetobacter aceti PurE Y154F -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ycj

タイトル

Structure of Acetobacter aceti PurE Y154F

要素

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

キーワード

ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.845 Å

データ登録者

Kappock, T.J. / Sullivan, K.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE
著者: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ycj.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ycj.ent.gz	111.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ycj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ycj_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ycj_full_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示
XML形式データ	4ycj_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4ycj_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ycbSC 4yccC 4ycdC 5clfC 5clgC 5clhC 5cliC 5cljC 5ctjC 5cvtC 1u11 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5clf-1 4zjy-1 2fwi-1 1u11-1 4zmb-1 5ctj-1 2fw7-1 4ycd-1 2fw6-1 5cvt-1 2fw1-1 2fwb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.761, 99.761, 165.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

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要素

#1: タンパク質	N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase 分子量: 18866.711 Da / 分子数: 2 / 変異: Y154F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア) 遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.842→50 Å / Num. obs: 36064 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 44.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / R_sym value: 0.421 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4YCB CHAIN A

解像度: 1.845→32.598 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1895	1510	4.19 %	same as 4YCB
R_work	0.1774	-	-	-
obs	0.178	36064	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.845→32.598 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2329	0	13	355	2697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2489
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	3424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.749	926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8454-1.9049	0.4356	2	0.2198	3198	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9049-1.973	0.3157	29	0.2165	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.052	0.2235	179	0.2077	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.1454	0.2361	158	0.2052	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1454-2.2585	0.2161	182	0.1885	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2585-2.3999	0.2439	154	0.19	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3999-2.5852	0.184	155	0.1874	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5852-2.8452	0.2158	168	0.1887	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8452-3.2566	0.186	169	0.1734	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2566-4.1016	0.1738	160	0.1568	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1016-32.6034	0.1459	154	0.153	3334	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5216	-0.4077	0.7933	3.2202	2.9859	3.1649	0.1596	-0.2756	-0.3854	0.5551	-0.1117	-0.0086	0.1829	-0.1422	0.0208	0.1882	-0.011	0.0071	0.1729	0.0594	0.194	105.704	69.3959	35.6291
2	5.6213	3.6533	-0.1202	5.3543	-0.2266	1.5012	-0.0021	-0.5087	0.011	0.1836	-0.0879	0.0759	-0.0747	-0.069	0.0718	0.1974	0.0045	0.0128	0.2222	0.0247	0.1326	100.8803	76.9671	41.0336
3	4.7659	1.6275	-0.9369	1.2729	-0.624	0.9908	0.0133	-0.4041	-0.1828	0.1431	-0.0537	0.0407	0.0047	0.0666	0.0549	0.1764	0.0098	0.013	0.1627	0.0373	0.1527	107.8885	72.0309	36.1655
4	3.0871	2.1502	0.7879	3.6056	0.615	0.8397	-0.0026	0.0923	-0.4133	0.1739	-0.0198	-0.2243	0.0258	0.1125	-0.0152	0.1717	0.034	0.0064	0.1819	0.031	0.2326	116.3398	69.0115	28.2783
5	2.041	0.0151	-0.2372	1.4031	-0.8066	1.6022	-0.043	0.0122	-0.2222	-0.0574	-0.0243	-0.0766	0.0969	0.0008	0.0732	0.1298	-0.0007	0.0064	0.1204	0.0167	0.146	107.2956	72.7576	27.0841
6	1.6312	0.593	0.4509	2.0634	-2.3103	3.5438	0.2193	-0.8737	0.5415	0.9491	-0.2318	0.2548	-0.4832	-0.0171	0.2798	0.3201	-0.0618	0.0314	0.297	-0.0653	0.2521	104.3331	93.957	34.5315
7	1.3539	0.6287	-0.0106	1.5573	0.1618	0.7434	-0.0273	-0.0055	-0.0301	0.0523	-0.0039	-0.0031	0.0836	-0.0397	0.0551	0.1416	-0.0027	0.0119	0.1451	0.0074	0.1344	98.814	78.4109	26.5318
8	2.3755	-2.7879	-1.0325	5.4847	1.5205	0.944	0.1096	-0.0044	-0.0475	-0.0916	-0.0686	-0.0315	-0.0582	-0.1146	-0.0389	0.1955	-0.0427	0.0311	0.2074	0.0436	0.1904	84.6602	67.5002	35.2078
9	9.8467	-4.047	-0.0697	8.4365	-0.466	4.0375	0.1343	-0.3656	0.3778	0.8301	-0.1613	0.3902	-0.6092	-0.2147	-0.0223	0.3277	0.0011	0.1081	0.2338	0.0357	0.1827	75.5372	85.2589	43.3856
10	4.1153	-1.3437	0.3556	5.3797	-2.9836	2.4526	0.0558	0.27	-0.2089	-0.3543	-0.0243	0.1015	0.0775	-0.0691	-0.037	0.202	-0.0166	0.0088	0.2013	-0.044	0.1494	85.9678	72.1848	11.3621
11	1.9704	-0.9293	0.2617	3.4501	-0.581	1.1754	0.0272	0.2831	0.021	-0.1596	-0.0428	-0.1904	0.0042	0.1916	0.0446	0.2303	-0.0117	0.0186	0.2622	-0.0043	0.1654	92.7571	77.344	6.0179
12	1.7266	-0.3268	0.0822	1.1413	0.169	1.0512	0.0128	0.0281	-0.142	-0.027	-0.0426	0.1694	0.053	-0.1486	0.0454	0.1568	-0.0264	0.0177	0.151	-0.0108	0.1642	83.2107	75.0435	17.5436
13	8.3672	2.4258	-3.3636	4.6403	2.6131	4.6679	0.1523	0.7532	0.4606	-0.823	-0.2031	-0.2402	-0.5419	-0.2502	-0.0598	0.2705	0.036	0.0319	0.2451	0.0373	0.2334	93.6823	94.9389	12.345
14	0.9542	-0.4207	0.0364	2.1013	-0.3442	0.6674	-0.0526	0.0329	-0.009	-0.0236	-0	-0.088	0.0302	-0.001	0.0366	0.1443	-0.0118	0.0113	0.1655	-0.0041	0.1508	95.2523	78.7836	20.3874
15	6.1619	4.4212	-1.4894	4.2356	-1.1119	0.457	-0.1974	0.0316	-0.3966	-0.1596	0.1248	-0.3491	0.1727	0.0976	0.0637	0.2646	0.0144	0.0482	0.2175	-0.0499	0.2189	105.8989	63.9746	12.4992
16	9.2738	2.2948	-0.4561	4.8964	0.3027	6.459	-0.1445	0.4888	0.3996	-0.6498	0.1323	-0.4486	-0.3867	0.2412	0.0481	0.3335	-0.0174	0.054	0.3167	-0.0332	0.2187	121.1676	81.7985	2.1353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 155 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 31 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 115 through 154 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 181 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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