PDB-4ybg: Crystal structure of the MAEL domain of Drosophila melanogaster M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ybg

タイトル

Crystal structure of the MAEL domain of Drosophila melanogaster Maelstrom

要素

Protein maelstrom

キーワード

HYDROLASE / Transposons / Endoribonucleases / Gene Silencing / Ribonuclease H-like Fold / Zinc

機能・相同性

機能・相同性情報

oocyte fate commitment / oocyte nucleus localization involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / oocyte anterior/posterior axis specification / oocyte microtubule cytoskeleton organization / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / regulation of miRNA-mediated gene silencing / dorsal appendage formation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / germ-line stem cell population maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Matsumoto, N. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Activity of the Endoribonuclease Domain of the piRNA Pathway Factor Maelstrom
著者: Matsumoto, N. / Sato, K. / Nishimasu, H. / Namba, Y. / Miyakubi, K. / Dohmae, N. / Ishitani, R. / Siomi, H. / Siomi, M.C. / Nureki, O.

履歴

登録	2015年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ybg.cif.gz	112.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ybg.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ybg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ybg_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ybg_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	4ybg_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	4ybg_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/4ybg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/4ybg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3r3d-d 3tea-d 1q4t-d 4jj8-1 5t18-d 5ufa-2 3r3f-d 5zz4-4 4m0z-d 3mte-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein maelstrom

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.892, 71.892, 88.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH

#1: タンパク質	Protein maelstrom 分子量: 29107.365 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 84-333 / 変異: C228S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: mael, CG11254 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VNS0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31077 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SHARP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: The MAEL domain solved by Zn-SAD

解像度: 1.602→33.353 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2155	1556	5.01 %
R_work	0.1944	-	-
obs	0.1955	31075	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→33.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1893	0	9	82	1984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.289	2629
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.508	712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6017-1.6534	0.2928	137	0.2519	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6534-1.7125	0.2557	139	0.2286	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7125-1.7811	0.256	140	0.2207	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7811-1.8621	0.2347	138	0.2067	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8621-1.9603	0.2515	141	0.1983	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9603-2.0831	0.2199	139	0.1987	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0831-2.2439	0.2139	141	0.1867	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2439-2.4696	0.2213	141	0.2026	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4696-2.8269	0.2137	143	0.1981	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8269-3.5609	0.2032	144	0.1937	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5609-33.3599	0.2001	153	0.1791	2862	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3122	-1.0342	2.8086	3.5468	-1.8617	5.243	-0.1555	0.2979	0.2562	-0.3506	0.0456	0.2469	-0.3755	-0.1348	0.0909	0.2067	-0.0154	0.0011	0.2503	0.0169	0.1503	16.4234	29.7921	15.7455
2	4.8215	-0.4841	1.6696	1.4474	-0.7917	2.91	-0.1435	0.1768	0.0901	0.0308	-0.0467	-0.0144	-0.1811	0.3218	0.0924	0.1539	-0.0152	0.0053	0.166	-0.0005	0.1383	25.1229	19.6069	26.0878
3	4.1849	-0.0735	-1.1625	2.2945	-0.9903	2.1812	-0.0095	-1.02	-0.1241	0.4656	0.0627	-0.3737	0.106	0.9818	-0.0794	0.2433	0.0151	-0.0481	0.4118	0.0311	0.211	33.2109	15.1757	38.0035
4	2.9958	-1.8256	0.0172	3.2032	0.21	4.1294	0.1561	0.6186	-0.1032	-0.3646	-0.2329	-0.1308	0.2054	0.336	0.0812	0.19	-0.01	0.0611	0.2736	0.0065	0.1583	29.3722	20.187	16.5408
5	4.6717	0.4344	-1.634	5.2329	-1.0329	4.6235	-0.1502	0.0417	0.0827	-0.2213	0.1051	-0.3134	-0.4566	0.8867	0.0314	0.2372	-0.1213	-0.0212	0.3234	0.0026	0.1471	33.0338	27.6638	25.0379
6	4.9628	-2.581	2.451	3.567	-1.1149	3.7506	-0.1746	-0.0138	0.1215	0.0091	0.2111	0.4297	-0.2914	-0.4538	-0.0357	0.1856	0.0113	0.0132	0.181	0.046	0.1789	11.8619	31.0785	19.5365
7	5.5973	1.7976	3.8743	4.3471	2.0525	7.0901	-0.2899	0.0847	0.6983	-0.3082	0.0178	0.6699	-0.4531	-0.4347	0.3446	0.2695	-0.0099	0.0627	0.2612	-0.0129	0.4401	3.5871	32.4319	25.818
8	5.9044	-2.1367	1.3959	2.9242	-0.0052	2.7237	-0.0553	-0.6023	-0.7147	0.4184	0.1511	0.3981	0.2704	-0.1721	-0.1025	0.2619	-0.0325	0.0678	0.2192	0.0523	0.2763	16.918	12.0999	35.6089
9	5.2183	-0.6042	0.569	4.7076	-0.0429	2.0995	0.1165	0.4608	-0.633	-0.5029	-0.0095	0.9726	0.1689	-0.299	-0.1132	0.2186	-0.0382	-0.0413	0.2588	-0.0251	0.3456	8.868	17.126	23.0638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 84 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 185 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 213 through 238 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 239 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 277 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 278 through 300 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 301 through 332 )

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