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- PDB-4yb8: Ca. Korarchaeum cryptofilum dinucleotide forming Acetyl-coenzyme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yb8
タイトルCa. Korarchaeum cryptofilum dinucleotide forming Acetyl-coenzyme A synthetase 1 in complex with phosphate and ADP
要素
  • alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)
  • beta subunit of Acetyl-coenzyme A synthetase (dinucleotide-forming) 3
キーワードLIGASE / Dinucleotide forming acetyl-CoA synthetase / complex / ACD
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase (ADP-forming) activity / ligase activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ligase-CoA domain / Ligase-CoA domain / : / Succinyl-CoA synthetase-like, flavodoxin domain / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA ligase like flavodoxin domain / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase domains / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain ...Ligase-CoA domain / Ligase-CoA domain / : / Succinyl-CoA synthetase-like, flavodoxin domain / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA ligase like flavodoxin domain / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase domains / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Acyl-CoA synthetase (NDP forming) / ATP-grasp domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Korarchaeum cryptofilum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Weisse, R.H.-J. / Scheidig, A.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of NDP-forming Acetyl-CoA synthetase ACD1 reveals a large rearrangement for phosphoryl transfer.
著者: Weie, R.H. / Faust, A. / Schmidt, M. / Schonheit, P. / Scheidig, A.J.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)
B: beta subunit of Acetyl-coenzyme A synthetase (dinucleotide-forming) 3
C: alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)
D: beta subunit of Acetyl-coenzyme A synthetase (dinucleotide-forming) 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,22513
ポリマ－150,0634
非ポリマー1,1629
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10740 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area51630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.071, 110.615, 125.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 alpha subunit of Acyl-CoA synthetase (NDP forming)


分子量: 49354.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Korarchaeum cryptofilum (strain OPF8) (古細菌)
遺伝子: Kcr_0198 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1L3C9
#2: タンパク質 beta subunit of Acetyl-coenzyme A synthetase (dinucleotide-forming) 3


分子量: 25676.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Korarchaeum cryptofilum (strain OPF8) (古細菌)
遺伝子: Kcr_0115 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1L7P8

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非ポリマー , 5種, 302分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 % / 解説: rod-like appearance
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.7, 14% (w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→110.61 Å / Num. all: 116787 / Num. obs: 116787 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 4.603 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSSeptember 26, 2012データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→83.043 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 5872 5.04 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1835 116487 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→83.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10420 0 69 293 10782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20114505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4083933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.38421840.38113467X-RAY DIFFRACTION96
1.9216-1.94420.36171920.35693625X-RAY DIFFRACTION99
1.9442-1.96790.37791790.33713654X-RAY DIFFRACTION99
1.9679-1.99280.34351930.32473643X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.01910.33612000.31723667X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.04670.33242040.30693642X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.0760.36281880.30173636X-RAY DIFFRACTION100
2.076-2.1070.29811790.27923671X-RAY DIFFRACTION100
2.107-2.13990.30841780.26283685X-RAY DIFFRACTION100
2.1399-2.1750.30412030.25413672X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.21250.27381790.23923695X-RAY DIFFRACTION100
2.2125-2.25270.28042090.22423669X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.2960.25262270.21643591X-RAY DIFFRACTION100
2.296-2.34290.2641880.21033661X-RAY DIFFRACTION100
2.3429-2.39390.26051820.20213735X-RAY DIFFRACTION100
2.3939-2.44950.25142110.20073623X-RAY DIFFRACTION100
2.4495-2.51080.25071820.19213727X-RAY DIFFRACTION100
2.5108-2.57870.23462060.17983673X-RAY DIFFRACTION100
2.5787-2.65460.23141840.18923691X-RAY DIFFRACTION100
2.6546-2.74030.25082030.18923678X-RAY DIFFRACTION100
2.7403-2.83820.23082050.18533701X-RAY DIFFRACTION100
2.8382-2.95190.22512100.18823665X-RAY DIFFRACTION100
2.9519-3.08620.24021800.1933699X-RAY DIFFRACTION100
3.0862-3.24890.26132040.20113723X-RAY DIFFRACTION100
3.2489-3.45250.22292030.18083704X-RAY DIFFRACTION100
3.4525-3.7190.23011990.16473732X-RAY DIFFRACTION100
3.719-4.09330.1751970.15283755X-RAY DIFFRACTION100
4.0933-4.68560.16892020.12693751X-RAY DIFFRACTION100
4.6856-5.90310.17532000.14463813X-RAY DIFFRACTION100
5.9031-83.12250.14942010.14013967X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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