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- PDB-4yb1: 20A Mutant c-di-GMP Vc2 Riboswitch bound with 3',3'-cGAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yb1
タイトル20A Mutant c-di-GMP Vc2 Riboswitch bound with 3',3'-cGAMP
要素
  • RNA (91-MER)
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA/RNA BINDING PROTEIN / riboswitch / 3' / 3'-cGAMP / spinach / RNA structure / c-di-GMP / RNA-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BW / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.081 Å
データ登録者Ren, A.M. / Patel, D.J. / Rajashankar, R.K.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Molecular Discrimination by a 3',3'-cGAMP Sensing Riboswitch.
著者: Ren, A. / Wang, X.C. / Kellenberger, C.A. / Rajashankar, K.R. / Jones, R.A. / Hammond, M.C. / Patel, D.J.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (91-MER)
P: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8554
ポリマ－40,1562
非ポリマー6992
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.738, 46.836, 80.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (91-MER)


分子量: 29460.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 10695.579 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 7-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09012
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] / cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Na-citrate pH 5.5, 5% PEG1000, 35% iso-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→46.8 Å / Num. obs: 17467 / % possible obs: 75.2 % / Observed criterion σ(I): 0.6 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.08→2.14 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 42.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.081→43.722 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2985 882 5.07 %
Rwork0.2182 --
obs0.2223 17405 74.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.081→43.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数750 1954 46 11 2761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2234510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6781402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.081-2.21170.39541060.34311968X-RAY DIFFRACTION54
2.2117-2.38250.43341690.3633046X-RAY DIFFRACTION83
2.3825-2.62220.47341560.35892937X-RAY DIFFRACTION79
2.6222-3.00150.42791550.32112951X-RAY DIFFRACTION80
3.0015-3.78130.26491490.22854X-RAY DIFFRACTION77
3.7813-43.73210.22621470.15052767X-RAY DIFFRACTION72
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.7237 Å / Origin y: -2.7309 Å / Origin z: 48.4783 Å
111213212223313233
T0.3317 Å20.0207 Å20.0014 Å2-0.3677 Å2-0.0319 Å2--0.3527 Å2
L-0.1369 °20.0232 °2-0.0101 °2-0.1439 °2-0.1499 °2--0.648 °2
S0.0363 Å °-0.0135 Å °0.0096 Å °0.0475 Å °0.0639 Å °-0.0841 Å °-0.0414 Å °0.0708 Å °-0.085 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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