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万見
- PDB-4yan: Crystal structure of LigE in complex with glutathione (GSH) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yan
タイトルCrystal structure of LigE in complex with glutathione (GSH) from Sphingobium sp. strain SYK-6
要素Beta-etherase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione-S-transferase B-etherase
機能・相同性Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / GLUTATHIONE / Beta-etherase
機能・相同性情報
生物種Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.593 Å
データ登録者Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Stereospecificity in the Bacterial Enzymatic Cleavage of beta-Aryl Ether Bonds in Lignin.
著者: Helmich, K.E. / Pereira, J.H. / Gall, D.L. / Heins, R.A. / McAndrew, R.P. / Bingman, C. / Deng, K. / Holland, K.C. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Donohue, T.J. / ...著者: Helmich, K.E. / Pereira, J.H. / Gall, D.L. / Heins, R.A. / McAndrew, R.P. / Bingman, C. / Deng, K. / Holland, K.C. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Donohue, T.J. / Adams, P.D. / Phillips, G.N.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-etherase
B: Beta-etherase
C: Beta-etherase
D: Beta-etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6548
ポリマ－128,4254
非ポリマー1,2294
水2,972165
1
A: Beta-etherase
B: Beta-etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8274
ポリマ－64,2132
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
2
C: Beta-etherase
D: Beta-etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8274
ポリマ－64,2132
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.006, 96.137, 126.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 81.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Beta-etherase


分子量: 32106.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
遺伝子: ligE, SLG_08660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2IN93
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Ammonium Citrate, 0.1 M MES pH 5.5, 20% PEG 3,350, 5% Isopropanol
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.593→50 Å / Num. obs: 42163 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 6.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.593→50 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 2000 4.74 %
Rwork0.2229 --
obs0.225 42158 94.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.593→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8246 0 80 165 8491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77611707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7043155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5934-2.65820.29081260.2662526X-RAY DIFFRACTION84
2.6582-2.73010.29161440.26212890X-RAY DIFFRACTION97
2.7301-2.81040.29451440.25182912X-RAY DIFFRACTION97
2.8104-2.90110.30291450.24522883X-RAY DIFFRACTION96
2.9011-3.00480.29131450.24132918X-RAY DIFFRACTION96
3.0048-3.12510.30991430.23582863X-RAY DIFFRACTION96
3.1251-3.26720.24761420.23512852X-RAY DIFFRACTION95
3.2672-3.43950.29771430.22492879X-RAY DIFFRACTION94
3.4395-3.65490.24611400.2092832X-RAY DIFFRACTION94
3.6549-3.9370.2571390.21342785X-RAY DIFFRACTION92
3.937-4.33290.2511400.20112805X-RAY DIFFRACTION92
4.3329-4.95930.25741440.1992883X-RAY DIFFRACTION95
4.9593-6.24610.24671510.21593022X-RAY DIFFRACTION99
6.2461-48.07690.2481540.21623108X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2302-0.26770.50590.7115-0.22481.64440.02570.0694-0.1679-0.411-0.04860.30580.131-0.18880.06940.3492-0.0281-0.11940.2131-0.01590.3819-19.093448.219610.1559
21.2546-0.79170.40612.63080.322.57220.18660.04760.054-0.1999-0.11150.0934-0.1719-0.2017-0.04940.2455-0.0204-0.04150.17350.05020.2427-13.648761.502919.7263
32.9761.09340.50232.07660.27424.07630.0142-0.1608-0.12450.3241-0.10810.19620.34690.18060.06220.21140.0171-0.00460.1419-0.01870.220811.864933.801840.5741
44.85830.90921.95431.9380.46624.88770.21440.14450.2357-0.0882-0.266-0.3956-0.11940.3110.00190.1472-0.010.02440.19070.03850.373114.324337.347929.8705
50.7174-0.44110.82640.5122-0.2041.30460.0046-0.01630.13670.002-0.1505-0.05920.12460.20430.1270.1678-0.03390.00490.1856-0.01550.314-0.510145.301641.8956
67.5923-1.6722-0.30322.3387-0.23460.9337-0.7958-0.07440.81960.18220.2511-0.5052-0.0314-0.25590.28750.36640.016-0.07240.2494-0.07070.39434.624452.124855.1724
71.1768-1.15030.46623.12012.44433.9192-0.05860.13060.08810.1349-0.07180.19150.08980.1350.29560.178-0.0545-0.03450.19990.01220.311-11.985839.897236.673
82.02080.3878-1.2871.55640.02273.259-0.1307-0.027-0.0427-0.04820.00080.2026-0.1395-0.10350.00450.17010.0193-0.0270.18160.01920.2902-5.977534.464740.9455
96.3717-3.0217-0.23415.0033-0.01343.43330.0143-0.743-0.11110.22080.09990.2276-0.3169-0.2029-0.09260.2055-0.0381-0.01990.1737-0.00260.1956-14.062937.205646.9096
103.2232-0.2692-0.09482.1151-1.11322.79950.0112-0.05680.1391-0.0429-0.0788-0.1671-0.08170.30310.05810.2606-0.01530.03730.18470.02820.2428-13.137613.65175.7952
110.9645-0.08830.25081.60070.40681.71260.1206-0.14740.1475-0.7223-0.0296-0.6374-0.00160.17880.00880.1756-0.02610.09240.24110.04980.2721-13.85444.313521.6318
124.25140.32660.92032.8982-2.42455.2777-0.0858-0.45730.2497-0.0961-0.4657-0.6608-0.85590.560.45120.32350.00940.09350.5065-0.03740.70153.09380.085219.0882
130.8258-0.45130.14672.3845-0.98171.4773-0.01780.1817-0.2015-0.1552-0.0629-0.0030.19070.160.06150.2087-0.00420.02550.2065-0.05770.1734-22.5691-3.240119.6714
142.22330.3723-0.67350.48260.42312.9112-0.00270.11240.03060.3397-0.181-0.08150.0416-0.04310.11350.2438-0.0390.02750.14440.00950.2947-44.088824.708340.7405
155.46690.6263-2.18471.9782-1.2555.3981-0.020.2136-0.26780.05180.07010.18970.3218-0.2591-0.06550.1905-0.0406-0.07010.1379-0.02240.344-46.718421.495929.794
161.1613-0.2462-1.38451.3692-0.11851.9894-0.0323-0.2221-0.20590.3098-0.10030.12160.4332-0.19640.11050.2344-0.10480.01260.2487-0.00030.3654-32.366510.884647.5142
172.4525-0.18221.33121.05290.0911.65460.0087-0.0549-0.06540.1835-0.0927-0.18640.03920.00450.10810.1562-0.0601-0.02230.19510.00760.2513-22.371122.889540.1279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 130 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 255 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 92 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 93 through 130 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 131 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 155 through 185 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 186 through 226 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 227 through 252 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 4 through 92 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 93 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 128 through 147 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 148 through 255 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 4 through 51 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 52 through 92 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 93 through 162 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 163 through 254 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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