PDB-4yai: Crystal structure of LigL in complex with NADH and GGE from Sphin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yai

タイトル

Crystal structure of LigL in complex with NADH and GGE from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

C alpha-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase/reductase SDR family

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Pereira, J.H. / Heins, R.A. / Gall, D.L. / McAndrew, R.P. / Deng, K. / Holland, K.C. / Donohue, T.J. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yai.cif.gz	323 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yai.ent.gz	268.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yai.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yai_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yai_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4yai_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	4yai_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yai	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4y98C 4y9dC 4ya6C 4yacC 4yaeC 4yagC 4yapC 4yavC 4yan C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xh1-d 1xu7-3 2irw-1 3m1a-6 3rde-1 4ohc-1 3hj1-1 5il2-d 1e03-2 5c0y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: C alpha-dehydrogenase

B: C alpha-dehydrogenase

ヘテロ分子

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.719, 72.714, 58.874
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-610- HOH

#1: タンパク質	C alpha-dehydrogenase / Calpha-dehydrogenase 分子量: 31332.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligL, SLG_33660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SUJ9
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GGE / (1S,2R)-1-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)-2-(2-methoxyphenoxy)propane-1,3-diol / (-)-erythro-GGE 分子量: 320.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% PEG 3,350 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 67529 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 29.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.6→50 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1611	1999	2.96 %
R_work	0.1398	-	-
obs	0.1404	67525	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4142	0	112	559	4813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	5882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.73	1596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6398	0.2379	144	0.2209	4686	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6398-1.6841	0.2329	141	0.2099	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6841-1.7336	0.2253	143	0.1954	4676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7336-1.7896	0.2136	141	0.1789	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7896-1.8536	0.2273	142	0.1707	4664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8536-1.9278	0.1967	141	0.1574	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9278-2.0155	0.163	145	0.1422	4713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.1218	0.1481	142	0.1316	4663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1218-2.2547	0.1765	142	0.1324	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.4288	0.1472	143	0.1291	4693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4288-2.6732	0.1551	143	0.1329	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6732-3.06	0.1706	143	0.1397	4680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.855	0.1494	144	0.1257	4713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.855-48.2681	0.1349	145	0.1319	4775	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3516	1.9851	-2.3965	3.8836	1.8006	4.6771	0.094	0.03	0.0696	-0.1667	0.0275	-0.1813	-0.159	0.2384	-0.1093	0.1159	0.0239	-0.0264	0.1748	0.0162	0.1257	53.0771	68.5337	10.1908
2	3.9844	3.1616	-2.685	5.5159	-2.0494	1.8724	-0.0191	-0.2817	-0.4509	0.0081	-0.0491	-0.3851	0.1058	0.2546	0.1018	0.171	-0.0124	-0.0484	0.2518	-0.0043	0.2098	57.724	62.092	17.2427
3	6.668	2.4376	-1.3522	2.2527	-0.4988	1.7144	0.0224	-0.0979	-0.1737	0.0793	-0.0494	-0.1909	-0.0271	0.103	0.0593	0.2081	-0.0053	-0.0559	0.2291	0.0131	0.1659	52.677	67.8418	22.435
4	1.571	1.2044	-0.0751	2.0685	-0.1472	1.1668	0.0346	-0.0702	-0.0728	0.1433	-0.0313	-0.0659	0.0382	-0.0129	-0.0031	0.1782	0.0128	-0.0224	0.1713	-0.0057	0.1532	37.8782	61.347	17.7296
5	3.2549	3.5707	1.1799	5.6941	1.0907	2.1569	0.1116	0.0426	-0.0841	0.2186	-0.0744	-0.1122	0.0706	0.0014	-0.048	0.1369	0.0313	0.0021	0.1519	-0.0053	0.1363	38.4662	64.3075	6.7844
6	2.7771	1.9847	-0.0527	3.3373	-2.4086	3.0608	0.0565	0.0616	-0.1873	-0.1186	-0.0766	-0.0666	0.139	0.0561	-0.0053	0.1141	0.0152	-0.0104	0.1201	-0.0187	0.1225	32.6167	58.2733	9.2911
7	2.882	-1.5091	-1.2539	3.2264	3.8148	4.7616	0.037	0.1369	0.2426	0.0419	-0.0314	0.0907	-0.2376	-0.0074	0.0124	0.2219	0.0301	-0.0021	0.1666	0.0291	0.1685	37.005	75.5851	8.4714
8	3.398	0.7926	-1.9128	3.6641	-2.7435	4.3737	-0.1393	-0.192	-0.7172	-0.2985	-0.1027	-0.2623	0.7779	0.382	0.2626	0.3607	0.0599	-0.0436	0.3262	-0.0222	0.4254	45.5831	47.7295	13.1278
9	4.0668	2.0595	0.637	1.75	0.1694	0.9861	-0.1072	0.4056	0.0084	-0.2327	0.1341	0.0719	0.0534	0.006	-0.0313	0.2387	0.034	-0.0101	0.2251	0.0051	0.1263	35.6946	63.1857	-2.8138
10	2.8761	1.1472	1.083	4.4172	-0.4456	1.4687	-0.0259	0.1076	0.234	-0.0546	0.1744	0.507	0.0192	-0.349	-0.1275	0.1503	-0.0004	0.0375	0.2892	0.0737	0.2903	3.6994	51.9647	12.9575
11	2.5533	0.9217	1.107	1.8079	1.6452	1.9571	0.1224	-0.253	0.5355	0.2671	-0.1259	0.7637	-0.0661	-0.5113	-0.0027	0.2645	0.0233	0.1607	0.3832	0.028	0.4896	0.506	57.0574	23.0085
12	6.5532	-0.1679	0.7984	1.1681	-0.1281	3.5263	-0.0779	-0.3255	-0.2348	0.3069	0.07	0.6446	-0.0581	-0.6261	0.1314	0.2197	0.0166	0.1162	0.2889	0.0085	0.4343	3.1304	52.7334	23.7233
13	2.2656	1.9462	2.0561	2.1282	1.3842	2.1877	0.2128	-0.5218	-0.0816	0.3504	-0.1454	0.1028	0.1582	-0.2289	-0.081	0.2694	-0.0173	0.0384	0.2929	0.0364	0.2309	12.2086	45.9485	26.8243
14	1.0164	0.5885	-0.064	1.0984	-0.3204	0.856	0.0453	-0.0687	0.0797	0.1288	-0.0057	0.1485	-0.0312	-0.0761	-0.0359	0.157	0.0172	0.0235	0.1667	-0.0109	0.1783	19.8007	57.6363	16.3479
15	1.9505	3.0902	0.5398	8.043	2.0963	1.7927	-0.0211	0.0389	0.0153	0.0159	0.0824	0.0221	0.0034	-0.0753	-0.0452	0.1397	0.0123	-0.0117	0.1702	0.0003	0.1445	23.399	56.236	9.6478
16	1.6191	0.1172	-0.0902	1.9718	1.2384	2.4972	0.0499	-0.1276	0.571	0.1812	-0.0015	0.4014	-0.3911	-0.2735	0.02	0.2719	0.0571	0.0997	0.2479	0.02	0.4213	13.0036	68.7947	17.5081
17	4.1597	2.2713	-1.0659	2.7832	-0.7927	1.0712	-0.1329	0.3893	0.2274	-0.285	0.2373	0.3177	0.0193	-0.2187	-0.1152	0.2124	0.0099	-0.057	0.2329	0.0311	0.1467	18.4465	60.7804	-1.3246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 133 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 152 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 153 through 171 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 172 through 187 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 230 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 231 through 273 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 29 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 52 through 67 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 68 through 82 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 83 through 152 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 153 through 179 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 180 through 230 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 231 through 273 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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