PDB-4yag: Crystal structure of LigL in complex with NADH from Sphingobium s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yag

タイトル

Crystal structure of LigL in complex with NADH from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

C alpha-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase/reductase SDR family

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Pereira, J.H. / Heins, R.A. / Gall, D.L. / McAndrew, R.P. / Deng, K. / Holland, K.C. / Donohue, T.J. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yag.cif.gz	332.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yag.ent.gz	278 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yag_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yag_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4yag_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	4yag_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y98C 4y9dC 4ya6C 4yacC 4yaeC 4yaiC 4yapC 4yavC 4yam 4yan C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3byz-2 2rbe-2 3vm5-d 3ey4-1 3hfg-1 5e4r-d 6jea-d 3h6k-2 6cjn-d 2z1k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: C alpha-dehydrogenase

B: C alpha-dehydrogenase

ヘテロ分子

64 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.041, 72.816, 58.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-614- HOH

#1: タンパク質	C alpha-dehydrogenase / Calpha-dehydrogenase 分子量: 31332.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligL, SLG_33660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SUJ9
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% PEG 3,350 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 82006 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 21.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.5→50 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1544	4111	5.01 %
R_work	0.1326	-	-
obs	0.1337	81999	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4114	0	88	649	4851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.313	5812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.671	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	644
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5002-1.5179	0.2385	132	0.2267	2563	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5179-1.5364	0.2438	147	0.2073	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5364-1.5558	0.2462	132	0.2004	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5558-1.5763	0.2128	150	0.1877	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5763-1.5979	0.202	131	0.1765	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5979-1.6207	0.1915	152	0.1673	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6207-1.6449	0.1936	143	0.1662	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6449-1.6706	0.172	134	0.1582	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6706-1.698	0.2117	133	0.1614	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.698-1.7273	0.2272	152	0.1585	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7273-1.7587	0.1875	172	0.1546	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7587-1.7925	0.178	163	0.1431	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7925-1.8291	0.1661	136	0.1413	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8291-1.8689	0.1844	145	0.1314	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8689-1.9124	0.1486	131	0.1305	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9124-1.9602	0.1577	146	0.1242	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9602-2.0132	0.149	157	0.1164	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0132-2.0725	0.1262	150	0.1157	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0725-2.1394	0.1316	145	0.1119	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1394-2.2158	0.1344	136	0.1119	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2158-2.3045	0.1373	120	0.1188	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3045-2.4094	0.1534	127	0.1157	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4094-2.5364	0.1657	153	0.1206	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5364-2.6953	0.1546	131	0.1271	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6953-2.9034	0.1505	153	0.1282	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9034-3.1956	0.1553	136	0.1304	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1956-3.6578	0.1419	137	0.1231	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6578-4.6079	0.1158	147	0.1161	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6079-48.4346	0.1554	120	0.1529	2779	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.0122 Å / Origin y: 60.1402 Å / Origin z: 13.3568 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1001 Å²	0.0273 Å²	-0.0077 Å²	-	0.0794 Å²	-0.0017 Å²	-	-	0.0711 Å²
L	1.0044 °²	0.4982 °²	-0.0671 °²	-	0.8253 °²	-0.1266 °²	-	-	0.5544 °²
S	0.0326 Å °	0.0124 Å °	0.0102 Å °	0.0158 Å °	-0.005 Å °	0.0441 Å °	-0.024 Å °	-0.0298 Å °	-0.0211 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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