PDB-4yae: Crystal structure of LigL-apo form from Sphingobium sp. strain SYK-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yae

タイトル

Crystal structure of LigL-apo form from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

C alpha-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase/reductase SDR family

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Pereira, J.H. / Heins, R.A. / Gall, D.L. / McAndrew, R.P. / Deng, K. / Holland, K.C. / Donohue, T.J. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yae.cif.gz	270.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yae.ent.gz	224.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yae_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yae_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	4yae_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	4yae_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y98C 4y9dC 4ya6C 4yacC 4yagC 4yaiC 4yapC 4yavC 4yam 4yan C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oz1-1 1b6c-2 6euj-3 6ag0-2 4at2-d 5d08-2 4ztg-d 3qgv-d 6y4g-d 7lda-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: C alpha-dehydrogenase

B: C alpha-dehydrogenase

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.645, 74.929, 56.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-319- HOH
2	1	A-385- HOH

#1: タンパク質	C alpha-dehydrogenase / Calpha-dehydrogenase 分子量: 31332.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligL, SLG_33660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SUJ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% PEG 3,350 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 66935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 17.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.602→50 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1654	2000	2.99 %
R_work	0.1498	-	-
obs	0.1503	66929	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3520	0	0	541	4061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	4850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3	1310
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.602-1.6416	0.2333	141	0.2207	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6416-1.686	0.2024	142	0.2067	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.7356	0.2382	142	0.1971	4639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7356-1.7916	0.2033	143	0.1831	4645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7916-1.8557	0.1918	142	0.1827	4594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8557-1.9299	0.2001	143	0.1618	4646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9299-2.0178	0.1741	142	0.1424	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0178-2.1242	0.1569	142	0.1342	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1242-2.2573	0.1507	144	0.1361	4669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2573-2.4315	0.1402	143	0.1317	4623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4315-2.6762	0.164	143	0.1412	4663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6762-3.0634	0.1824	143	0.1522	4645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0634-3.8593	0.1498	144	0.14	4659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8593-47.0144	0.1476	146	0.1452	4741	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4943	0.8028	-0.4778	2.0297	-0.0583	2.2758	0.0534	0.0491	-0.0656	-0.0663	0.003	-0.0328	-0.0089	0.185	-0.0147	0.1053	-0.0142	-0.007	0.1498	-0.003	0.1262	53.6969	69.6654	11.4421
2	4.1128	0.9059	-2.4472	2.8213	-1.5156	5.5456	-0.1962	-0.4151	-0.9046	0.0307	-0.1111	-0.2809	0.2522	0.456	0.0564	0.1104	0.0126	0.0097	0.2352	0.0361	0.2666	62.0135	61.6645	16.536
3	3.0651	0.8257	-0.4862	1.3757	-0.0525	1.0048	0.0333	-0.0334	-0.1103	0.0723	-0.0486	-0.1421	-0.0556	0.003	-0.0075	0.1347	-0.0272	-0.024	0.1713	0.0176	0.1406	52.6595	69.96	22.1308
4	1.005	0.7925	-0.0221	1.0521	0.0917	0.8551	0.0252	0.0115	-0.0926	0.0543	0.0044	-0.0527	0.0389	-0.0107	-0.0071	0.1132	-0.0057	-0.0119	0.1105	0.0063	0.1364	38.4288	63.5493	14.8339
5	1.7406	1.5371	0.0314	4.0178	-0.9011	0.9599	0.0176	0.0758	-0.1041	-0.051	-0.0453	-0.0875	0.0561	0.0843	-0.0035	0.0977	-0.0148	0.0041	0.1253	-0.0127	0.1203	32.9778	59.6367	9.104
6	2.4046	0.7578	0.0593	1.7865	0.5204	2.001	-0.0625	0.1839	-0.0855	-0.0189	0.0956	0.0893	-0.0215	0.0439	0.0061	0.1205	-0.0184	0.0013	0.1274	0.0193	0.0941	40.0027	71.9093	6.2372
7	2.0249	1.2012	0.2925	0.8106	0.0527	0.3881	-0.0834	0.4622	-0.105	-0.1494	0.1624	-0.02	0.0819	0.0177	-0.0254	0.1871	-0.0109	-0.004	0.2029	-0.0142	0.1218	37.0576	64.5855	-2.7801
8	2.6361	0.5257	0.4813	1.8485	0.1498	2.1584	0.0237	0.07	0.0654	0.0681	-0.056	0.1834	-0.0566	-0.1643	0.0514	0.1249	-0.0225	0.0336	0.1505	-0.0168	0.166	4.655	53.2928	15.4496
9	7.2118	1.875	3.638	2.1452	1.9274	4.8989	-0.0677	-0.3839	0.5952	0.3756	-0.2113	0.6279	-0.047	-0.5285	0.0629	0.2281	0.018	0.0741	0.2343	-0.0669	0.3329	-2.5203	59.4549	23.6779
10	3.6988	1.5252	-0.5202	1.6156	0.2051	0.4869	0.0528	-0.13	0.0588	0.2891	-0.1374	0.1684	0.0344	-0.0906	0.055	0.1943	-0.0383	0.0354	0.1725	-0.0035	0.1607	8.9021	50.1635	25.8456
11	0.784	0.6007	0.1055	1.2089	0.3351	0.6071	-0.0016	0.026	0.0581	0.0632	0.0055	0.0591	0.0011	-0.0058	0.0134	0.1102	-0.0092	0.0051	0.1187	0.0017	0.1225	20.2897	58.2832	13.4967
12	1.8707	0.8326	-0.3199	1.2288	-0.1256	0.4737	-0.1011	0.3999	0.1866	-0.1446	0.1226	0.1467	-0.0839	-0.0776	-0.0106	0.1763	-0.009	-0.0335	0.2212	0.025	0.131	17.6792	61.8918	-0.7557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 152 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 153 through 171 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 172 through 230 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 231 through 271 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 53 through 82 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 83 through 230 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 231 through 271 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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