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- PDB-4y9i: Structure of F420-H2 Dependent Reductase (FDR-A) msmeg_2027 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y9i
タイトルStructure of F420-H2 Dependent Reductase (FDR-A) msmeg_2027
要素Mycobacterium tuberculosis paralogous family 11
キーワードOXIDOREDUCTASE / F420 / quinone / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Ahmed, F.H. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Sequence-Structure-Function Classification of a Catalytically Diverse Oxidoreductase Superfamily in Mycobacteria.
著者: Ahmed, F.H. / Carr, P.D. / Lee, B.M. / Afriat-Jurnou, L. / Mohamed, A.E. / Hong, N.S. / Flanagan, J. / Taylor, M.C. / Greening, C. / Jackson, C.J.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacterium tuberculosis paralogous family 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1172
ポリマ－13,0221
非ポリマー951
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.490, 36.850, 77.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
詳細Monomer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterium tuberculosis paralogous family 11 / Nitroreductase / Uncharacterized protein


分子量: 13021.810 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 27-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2027, MSMEI_1982, LJ00_10110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QU01
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 20% PEGMME5000, 0.05 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Xenocs GeniX 3D Cu HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.498→26.195 Å / Num. obs: 16332 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.498→1.52 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R5Z

3r5z


解像度: 1.498→26.195 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1986 1625 5.13 %RANDOM
Rwork0.155 16330 --
obs0.1571 16330 95.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.498→26.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 0 188 1112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9091388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.815384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.178145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.498-1.54210.3341420.26742374X-RAY DIFFRACTION92
1.5421-1.59190.29141690.23142416X-RAY DIFFRACTION94
1.5919-1.64880.24191440.20462495X-RAY DIFFRACTION94
1.6488-1.71480.23121300.19062455X-RAY DIFFRACTION95
1.7148-1.79280.28151130.17622526X-RAY DIFFRACTION96
1.7928-1.88730.2381170.15412541X-RAY DIFFRACTION96
1.8873-2.00550.20641310.1452531X-RAY DIFFRACTION97
2.0055-2.16030.20061570.1552559X-RAY DIFFRACTION97
2.1603-2.37750.2381230.15062592X-RAY DIFFRACTION98
2.3775-2.72120.15211280.1482546X-RAY DIFFRACTION98
2.7212-3.42730.16521310.13882586X-RAY DIFFRACTION97
3.4273-26.19850.15041400.12662457X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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