[日本語] English
万見
- PDB-4y9d: Crystal structure of LigD in complex with NADH from Sphingobium s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y9d
タイトルCrystal structure of LigD in complex with NADH from Sphingobium sp. strain SYK-6
要素C alpha-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase/reductase SDR family
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / C alpha-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.012 Å
データ登録者Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Pereira, J.H. / Heins, R.A. / Gall, D.L. / McAndrew, R.P. / Deng, K. / Holland, K.C. / Donohue, T.J. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Adams, P.D.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Source and taxonomy
改定 1.22016年6月1日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C alpha-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0442
ポリマ－32,3791
非ポリマー6651
水21612
1
A: C alpha-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: C alpha-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0884
ポリマ－64,7572
非ポリマー1,3312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6090 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.762, 61.762, 134.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 C alpha-dehydrogenase


分子量: 32378.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
遺伝子: ligD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2IN91
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes pH7.5, 1.5 M Lithium Sulfate / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 19774 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 26.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.012→49.712 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 34.2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 1620 10.12 %
Rwork0.2109 --
obs0.2147 16006 78.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.012→49.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1724 0 27 12 1763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0032421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.903634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.012-2.07120.37771020.3749851X-RAY DIFFRACTION57
2.0712-2.13810.44051100.3448973X-RAY DIFFRACTION65
2.1381-2.21450.35361310.33671081X-RAY DIFFRACTION73
2.2145-2.30310.31481150.27331071X-RAY DIFFRACTION71
2.3031-2.4080.30851210.24231061X-RAY DIFFRACTION70
2.408-2.53490.28251200.24151070X-RAY DIFFRACTION71
2.5349-2.69370.30011260.23881146X-RAY DIFFRACTION74
2.6937-2.90170.30151360.25751164X-RAY DIFFRACTION77
2.9017-3.19360.29711460.25821284X-RAY DIFFRACTION85
3.1936-3.65560.23371600.21411531X-RAY DIFFRACTION98
3.6556-4.60520.20041680.16781506X-RAY DIFFRACTION97
4.6052-49.72750.20221850.17131648X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2358-0.08870.08160.4704-0.20310.2468-0.0607-0.40840.0407-0.095-0.08930.00670.15840.2119-0.00030.49220.09990.06410.57120.0820.4212-21.892416.7667-20.9088
20.20420.9263-0.6314-0.018-0.49692.4624-0.236-0.19510.1529-0.2233-0.0248-0.01540.50190.1458-0.00030.46050.07740.03910.35690.02860.4535-19.358420.5416-36.6995
30.44760.2875-0.19470.33160.10080.43280.1063-0.35120.26250.0564-0.155-0.0415-0.2308-0.4336-0.00750.44670.14880.00140.4499-0.03470.5652-24.414736.7752-34.7395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 178 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 179 through 272 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る