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- PDB-4y91: Crystal Structure of a Thermotoga maritima Hfq homolog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y91
タイトルCrystal Structure of a Thermotoga maritima Hfq homolog
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Hfq / Sm protein / beta barrel / hexamer / RNA BINDING PROTEIN-RNA Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.656 Å
Model detailsFull N-terminal region could be built for chain I only; weak electron density for residues 1-7 in ...Full N-terminal region could be built for chain I only; weak electron density for residues 1-7 in this region, as well as some Ramachandran outliers and low-scoring rotamer states.
データ登録者Randolph, P.S. / Patterson, J. / Mura, C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a Thermotoga maritima Hfq homolog
著者: Patterson, J. / Randolph, P.S. / Mura, C.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_oper_list ...exptl_crystal_grow / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
N: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
O: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,30714
ポリマ－133,30714
非ポリマー00
水23413
1
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
O: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6547
ポリマ－66,6547
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
2
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
N: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6547
ポリマ－66,6547
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.080, 133.500, 206.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein Hfq


分子量: 10810.246 Da / 分子数: 12 / 断片: Tma Hfq / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: hfq, TM_0526 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYZ6
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: tri-potassium citrate, PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97879 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日 / 詳細: 300mm
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97879 Å / 相対比: 1
Reflection数: 469281 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Χ2: 0.99 / D res high: 2.65 Å / Num. obs: 32352 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 2.81 Å / Num. obs: 5090 / Rmerge(I) obs: 1.322
反射解像度: 2.656→56.03 Å / Num. obs: 27360 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.56 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 25.39 / Num. measured all: 393986
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.66-2.720.9450.6165.85801723536410.64327.2
2.72-2.80.9730.5956.914169230210150.61844.1
2.8-2.880.9820.6047.0319080218513240.62660.6
2.88-2.970.990.5348.0222546218615430.55470.6
2.97-3.070.9910.5158.725853209817520.53483.5
3.07-3.170.9950.41410.3228384201819140.42994.8
3.17-3.290.9950.39110.7629258198019800.405100
3.29-3.430.9980.24515.8527831188318830.253100
3.43-3.580.9980.20118.2327116183918390.208100
3.58-3.760.9990.12624.4525285171917190.131100
3.76-3.960.9990.13624.0724881169916990.141100
3.96-4.20.9990.08932.1922818155715570.092100
4.2-4.490.9990.06839.8621586149314930.071100
4.49-4.8510.05247.2720405141514130.05499.9
4.85-5.3110.05446.4418193127412730.05699.9
5.31-5.940.9990.06243.0816853118411850.065100
5.94-6.860.9990.05645.0214708105110510.058100
6.86-8.410.04453.34124649089080.045100
8.4-11.880.9990.03167.8395987337330.032100
11.8810.02962.9749414414380.0399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HSB

3hsb


解像度: 2.656→56.03 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 1372 5.02 %
Rwork0.1836 25978 -
obs0.1868 27350 84.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.79 Å2 / Biso mean: 29.9278 Å2 / Biso min: 6.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.656→56.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6524 240 0 13 6777
Biso mean---25.64 -
残基数----809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4799365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811094
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8782577
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6558-2.75070.2982550.224589494930
2.7507-2.86080.3214770.23211632170954
2.8608-2.9910.25621180.22142133225171
2.991-3.14870.30031460.2222671281789
3.1487-3.3460.34361550.217130403195100
3.346-3.60430.25321520.186530733225100
3.6043-3.96690.24691490.177830703219100
3.9669-4.54070.19811740.15130433217100
4.5407-5.71990.21321740.151431273301100
5.7199-56.04270.22571720.186232953467100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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